转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 63 / 137 下载 TSV

上一页 63 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G001032 Chr06 NC_080392.1:10249257-10249271promoter 内 1130-1144 bp - 2857 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 10252128-10252563(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTGGTACACGTGGCA
SmilChr05G002180 Chr05 NC_080391.1:23235538-23235552promoter 内 1113-1127 bp + 2874 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 23238426-23241639(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAATATTC
SmilChr05G002255 Chr05 NC_080391.1:24228567-24228581promoter 内 1100-1114 bp - 2887 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 24231468-24243803(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAATATTACGTGGCA
SmilChr01G002801 Chr01 NC_080387.1:46501117-46501131promoter 内 1068-1082 bp + 2919 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 46496287-46498198(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTGGTACACGTGGCA
SmilChr04G001649 Chr04 NC_080390.1:27437814-27437828promoter 内 975-989 bp - 3012 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 27431858-27434802(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGTTCCTA
SmilChr02G004477 Chr02 NC_080388.1:67167194-67167208promoter 内 959-973 bp - 3028 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 67170236-67180519(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTATCCTACGTGGCA
SmilChr01G004066 Chr01 NC_080387.1:59074980-59074994promoter 内 946-960 bp - 3041 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 59070817-59071939(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAATATTC
SmilChr01G000796 Chr01 NC_080387.1:17231485-17231499promoter 内 927-941 bp + 3060 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 17234559-17235347(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTAGGCTCC
SmilChr02G005185 Chr02 NC_080388.1:73164776-73164790promoter 内 886-900 bp + 3101 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 73167891-73170879(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAGGATAA
SmilChr08G000588 Chr08 NC_080394.1:4368497-4368511promoter 内 855-869 bp + 3132 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 4371643-4374224(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAAACACA
SmilChr01G005851 Chr01 NC_080387.1:74448533-74448547promoter 内 844-858 bp - 3143 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 74442519-74445390(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAAGATGA
SmilChr02G003132 Chr02 NC_080388.1:52356292-52356306promoter 内 791-805 bp - 3196 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 52347677-52353096(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCAGGTCAGCACC
SmilChr03G001462 Chr03 NC_080389.1:17459222-17459236promoter 内 622-636 bp - 3365 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 17462601-17463092(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATTGGACACGTGGCT
SmilChr02G005079 Chr02 NC_080388.1:72431614-72431628promoter 内 612-626 bp - 3375 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 72421915-72428239(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGATATGT
SmilChr01G000795 Chr01 NC_080387.1:17231485-17231499promoter 内 489-503 bp + 3498 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 17225327-17227987(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGAGCCTACGTGGCT
SmilChr01G000609 Chr01 NC_080387.1:13466731-13466745promoter 内 355-369 bp - 3632 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 13460631-13463099(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAGGATAA
SmilChr06G000221 Chr06 NC_080392.1:1473715-1473729promoter 内 250-264 bp + 3737 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 1477466-1478444(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAGGATAA
SmilChr08G004081 Chr08 NC_080394.1:49437333-49437347promoter 内 96-110 bp + 3891 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 49431419-49433442(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTATCCTACGTGGCA
SmilChr01G005558 Chr01 NC_080387.1:72402152-72402166promoter 内 34-48 bp + 3953 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 72395385-72398199(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TAGGGACACGTGGCC
SmilChr07G001289 Chr07 NC_080393.1:9920160-9920174promoter 内 29-43 bp - 3958 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 4 9924132-9926203(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTTTCCCACGTGGCT
SmilChr03G003362 Chr03 NC_080389.1:51965041-51965055promoter 内 3919-3933 bp - 68 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 51963163-51964973(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTGGCAAGC
SmilChr02G004391 Chr02 NC_080388.1:66257884-66257898promoter 内 3917-3931 bp - 70 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 66257968-66258586(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CCATGCCACGTGGCG
SmilChr03G004619 Chr03 NC_080389.1:63895459-63895473promoter 内 3820-3834 bp - 167 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 63895640-63897794(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACGTCCCACGTGGCC
SmilChr01G005001 Chr01 NC_080387.1:68050613-68050627promoter 内 2293-2307 bp + 1694 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 68052321-68052394(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTGGCAACT
SmilChr06G001488 Chr06 NC_080392.1:15884806-15884820promoter 内 2193-2207 bp - 1794 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 15878155-15883012(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTGGGAAAA
SmilChr04G003253 Chr04 NC_080390.1:49279342-49279356promoter 内 3931-3945 bp - 56 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 49278281-49279286(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTACTCT
SmilChr04G003208 Chr04 NC_080390.1:48936238-48936252promoter 内 3911-3925 bp - 76 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 48936328-48941246(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GACAGCCACGTGGCA
SmilChr04G003008 Chr04 NC_080390.1:46453304-46453318promoter 内 3848-3862 bp + 139 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 46448364-46453165(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GACAGCCACGTGGCA
SmilChr08G001706 Chr08 NC_080394.1:14274412-14274426promoter 内 3272-3286 bp - 715 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 14275141-14276903(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGGAGCGACGTGGCG
SmilChr01G001896 Chr01 NC_080387.1:34087241-34087255promoter 内 3221-3235 bp - 766 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 34081061-34086475(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTCACAA
SmilChr02G001666 Chr02 NC_080388.1:30930153-30930167promoter 内 2965-2979 bp - 1022 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 30931189-30935233(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAAGTTGACGTGGCT
SmilChr01G001897 Chr01 NC_080387.1:34087241-34087255promoter 内 2861-2875 bp - 1126 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 34085428-34086115(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTCACAA
SmilChr06G002091 Chr06 NC_080392.1:27692594-27692608promoter 内 2770-2784 bp - 1217 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 27686960-27691377(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCGCTCCT
SmilChr08G004926 Chr08 NC_080394.1:58175825-58175839promoter 内 2715-2729 bp + 1272 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 58171826-58174553(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATATCTGACGTGTCG
SmilChr04G001673 Chr04 NC_080390.1:27689888-27689902promoter 内 2634-2648 bp + 1353 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 27691255-27692211(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTCACAA
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