转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005433; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021978-RA_Salv SmilChr02G005433 WRKY XP_057792682.1 MP00209 CGTTGACTTTTTTTAACAT

可能结合的靶基因

9910 个结合位点 8083 个候选靶基因 第 63 / 162 下载 TSV

上一页 63 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G004397 Chr05 NC_080391.1:57397286-57397304promoter 内 791-809 bp - 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 57400496-57401676(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GACAGATTTATGGTCAACG
SmilChr05G003819 Chr05 NC_080391.1:51505454-51505472promoter 内 779-797 bp + 3204 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 51501445-51502250(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GAGGCATGCAAAGTCAAAG
SmilChr01G006042 Chr01 NC_080387.1:75947799-75947817promoter 内 758-776 bp + 3225 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 75951042-75951501(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCATAAATCTGTC
SmilChr01G005454 Chr01 NC_080387.1:71583135-71583153promoter 内 652-670 bp + 3331 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 71586484-71588692(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTTTAATTGTGCA
SmilChr04G002323 Chr04 NC_080390.1:37529783-37529801promoter 内 557-575 bp - 3426 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 37533227-37536668(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GACAGATTTATGGTCAACG
SmilChr05G002443 Chr05 NC_080391.1:26919535-26919553promoter 内 540-558 bp - 3443 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 26911650-26916092(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCATAGAACATCA
SmilChr01G006041 Chr01 NC_080387.1:75947799-75947817promoter 内 531-549 bp + 3452 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 75941861-75944347(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GACAGATTTATGGTCAACG
SmilChr08G003206 Chr08 NC_080394.1:32884432-32884450promoter 内 475-493 bp - 3508 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 32887958-32890153(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AAGTAAAACGAAGTCAACC
SmilChr06G002951 Chr06 NC_080392.1:42319623-42319641promoter 内 466-484 bp + 3517 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 42323158-42324536(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTGCTGCCGCGTC
SmilChr01G005792 Chr01 NC_080387.1:74013082-74013100promoter 内 400-418 bp + 3583 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 74016683-74025384(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTTTGACTTGTGCCAAGCA
SmilChr07G002739 Chr07 NC_080393.1:26899905-26899923promoter 内 390-408 bp + 3593 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 26895394-26896312(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTTGCAATCAAAGTCAACT
SmilChr01G004705 Chr01 NC_080387.1:65162693-65162711promoter 内 352-370 bp - 3631 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 65156414-65159062(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCGAATCTCGGAG
SmilChr07G002900 Chr07 NC_080393.1:29390133-29390151promoter 内 279-297 bp + 3704 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 29383562-29386429(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGACTTAGCAAAGTCAACT
SmilChr01G003432 Chr01 NC_080387.1:52957171-52957189promoter 内 244-262 bp + 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 52952881-52953432(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GCGCTGATACAAGTCAACT
SmilChr05G000379 Chr05 NC_080391.1:2855509-2855527promoter 内 214-232 bp - 3769 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 2849224-2851740(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCATAAATCTGTC
SmilChr01G004843 Chr01 NC_080387.1:66574223-66574241promoter 内 208-226 bp + 3775 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 66562443-66570448(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTATAGGTCGTGGTCAACG
SmilChr02G000809 Chr02 NC_080388.1:13562976-13562994promoter 内 206-224 bp + 3777 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 13556601-13559199(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGGCAAAATAGAGTCAACT
SmilChr03G003496 Chr03 NC_080389.1:53586278-53586296promoter 内 202-220 bp - 3781 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 53581454-53582497(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCATAAATCTGTC
SmilChr07G000288 Chr07 NC_080393.1:1867863-1867881promoter 内 176-194 bp + 3807 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 1863318-1864056(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGCACTAGAAAAGTCAACA
SmilChr05G003294 Chr05 NC_080391.1:43100116-43100134promoter 内 172-190 bp + 3811 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 43092449-43096305(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTCCAAAAAAAAGTCAACT
SmilChr04G000400 Chr04 NC_080390.1:4141776-4141794promoter 内 165-183 bp + 3818 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 4136911-4137958(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGACTTAGCAAAGTCAACT
SmilChr07G003356 Chr07 NC_080393.1:36047113-36047131promoter 内 155-173 bp - 3828 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 36050959-36052143(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GAGTGTGGGGGGGTCAACG
SmilChr07G004552 Chr07 NC_080393.1:58249053-58249071promoter 内 105-123 bp - 3878 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 58244564-58245175(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTGTTGTTGCTGA
SmilChr05G002990 Chr05 NC_080391.1:36610743-36610761promoter 内 91-109 bp + 3892 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 36614653-36615787(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTTTGCTCATAAC
SmilChr07G004109 Chr07 NC_080393.1:52732605-52732623promoter 内 38-56 bp - 3945 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 52724759-52728660(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTGTTGTTGCTGA
SmilChr06G001449 Chr06 NC_080392.1:15313291-15313309promoter 内 3080-3098 bp - 903 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 15309304-15312388(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTATTTGGATTGT
SmilChr04G000812 Chr04 NC_080390.1:10187725-10187743promoter 内 2502-2520 bp + 1481 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 10189224-10192705(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTTCGTTGTTGCT
SmilChr02G001483 Chr02 NC_080388.1:27814269-27814287promoter 内 1226-1244 bp + 2757 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 27807831-27811512(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GAGTACAAAAAAGTCAAAG
SmilChr05G004138 Chr05 NC_080391.1:55365286-55365304promoter 内 716-734 bp + 3267 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 55358972-55362019(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CAAGTACTGAAAGTCAACG
SmilChr01G002322 Chr01 NC_080387.1:40297126-40297144promoter 内 325-343 bp - 3658 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 40287385-40293468(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTAGCTCACCCG
SmilChr08G001297 Chr08 NC_080394.1:10335146-10335164promoter 内 3820-3838 bp - 163 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 10335327-10336949(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTCCGCAACAAAGTCAACT
SmilChr01G000939 Chr01 NC_080387.1:19891590-19891608promoter 内 3755-3773 bp - 228 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 19891836-19895713(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ATTTATGTTATGGTCAACG
SmilChr02G000336 Chr02 NC_080388.1:4253337-4253355promoter 内 3566-3584 bp - 417 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 4249585-4252920(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTTTGCTTTTTG
SmilChr02G005032 Chr02 NC_080388.1:72042597-72042615promoter 内 3556-3574 bp + 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 72038169-72042170(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AATTCAAAAAAAGTCAACA
SmilChr02G001284 Chr02 NC_080388.1:23679771-23679789promoter 内 3543-3561 bp - 440 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 23677852-23679331(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTCTTGCTGGAAA
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