转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 63 / 151 下载 TSV

上一页 63 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002605 Chr03 NC_080389.1:41436923-41436935promoter 内 1962-1974 bp - 2027 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 41438962-41444298(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGCGGTAGGTTGG
SmilChr03G002209 Chr03 NC_080389.1:34817781-34817793promoter 内 1692-1704 bp - 2297 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 34813516-34815484(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAATGTA
SmilChr01G003618 Chr01 NC_080387.1:54712351-54712363promoter 内 1604-1616 bp + 2385 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 54714748-54718095(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTACCTACTCTT
SmilChr04G003803 Chr04 NC_080390.1:54191892-54191904promoter 内 1577-1589 bp + 2412 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 54194316-54196224(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAATGCA
SmilChr02G002988 Chr02 NC_080388.1:50549403-50549415promoter 内 1568-1580 bp - 2421 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 50544261-50546982(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTACCTACTCTT
SmilChr03G002423 Chr03 NC_080389.1:38479423-38479435promoter 内 1559-1571 bp + 2430 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 38481865-38483587(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CACACCTACCCCA
SmilChr05G000767 Chr05 NC_080391.1:5966230-5966242promoter 内 1503-1515 bp + 2486 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 5962653-5963744(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATAATTAGGTAAC
SmilChr01G002079 Chr01 NC_080387.1:36739922-36739934promoter 内 1452-1464 bp - 2537 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 36742471-36743140(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCTGGTAGGTAGT
SmilChr01G002919 Chr01 NC_080387.1:47914164-47914176promoter 内 1275-1287 bp + 2714 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 47909113-47911450(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACAATTAGGTAAA
SmilChr04G000028 Chr04 NC_080390.1:293914-293926promoter 内 734-746 bp + 3255 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 297181-300907(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACTACCTACCAGC
SmilChr04G001546 Chr04 NC_080390.1:25575360-25575372promoter 内 485-497 bp - 3504 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 25570353-25571856(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACTACCTACCAGC
SmilChr01G002207 Chr01 NC_080387.1:38407165-38407177promoter 内 168-180 bp - 3821 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 38410998-38414939(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TACATTAGGTAAA
SmilChr01G002173 Chr01 NC_080387.1:37818416-37818428promoter 内 152-164 bp - 3837 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 37813497-37814579(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAATGTA
SmilChr03G001521 Chr03 NC_080389.1:18657005-18657017promoter 内 2212-2224 bp - 1777 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 4 18652653-18655228(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTAATGGC
SmilChr02G001680 Chr02 NC_080388.1:31027820-31027832promoter 内 2205-2217 bp - 1784 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 31023295-31026036(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACTACCTACTTCT
SmilChr05G000033 Chr05 NC_080391.1:160872-160884promoter 内 2083-2095 bp - 1906 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 156197-158966(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACAATT
SmilChr01G003262 Chr01 NC_080387.1:51317107-51317119promoter 内 1921-1933 bp + 2068 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 51319187-51320931(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACATCT
SmilChr01G004127 Chr01 NC_080387.1:59785715-59785727promoter 内 1904-1916 bp + 2085 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 59782533-59783630(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGTTAGGTAAT
SmilChr02G002897 Chr02 NC_080388.1:49249046-49249058promoter 内 1804-1816 bp + 2185 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 49243032-49246861(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTTGTAGGTAGG
SmilChr01G006167 Chr01 NC_080387.1:77161479-77161491promoter 内 1414-1426 bp + 2575 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 77164066-77165735(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCTACCTACATTT
SmilChr04G001389 Chr04 NC_080390.1:22575737-22575749promoter 内 3784-3796 bp - 205 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 22574303-22575532(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACAATT
SmilChr01G004803 Chr01 NC_080387.1:66241241-66241253promoter 内 3763-3775 bp - 226 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 66237564-66241015(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGCACCTACCGAA
SmilChr01G002747 Chr01 NC_080387.1:45795809-45795821promoter 内 3640-3652 bp + 349 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 45796170-45797467(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACTACCTACTTCT
SmilChr01G002137 Chr01 NC_080387.1:37351845-37351857promoter 内 3597-3609 bp - 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 37346822-37351453(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCTACCTACATCT
SmilChr02G001417 Chr02 NC_080388.1:26804153-26804165promoter 内 2868-2880 bp + 1121 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 26799343-26803032(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTATTAGGTAAC
SmilChr01G005758 Chr01 NC_080387.1:73673334-73673346promoter 内 2587-2599 bp - 1402 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 73661649-73671932(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACTACCTACTTTT
SmilChr02G002869 Chr02 NC_080388.1:48882200-48882212promoter 内 2157-2169 bp - 1832 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 48884044-48887808(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAATGTAGGTAAA
SmilChr03G000540 Chr03 NC_080389.1:5865769-5865781promoter 内 2002-2014 bp + 1987 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 5867768-5915015(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTACTATT
SmilChr02G000015 Chr02 NC_080388.1:111676-111688promoter 内 1728-1740 bp - 2261 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 113949-117234(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCCATTAGGTAAG
SmilChr05G001530 Chr05 NC_080391.1:14012994-14013006promoter 内 1564-1576 bp + 2425 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 14015431-14017879(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAACACT
SmilChr02G003185 Chr02 NC_080388.1:52996205-52996217promoter 内 1414-1426 bp - 2575 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 52998792-53001288(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAAAGTAGGTACC
SmilChr03G000881 Chr03 NC_080389.1:10010938-10010950promoter 内 933-945 bp - 3056 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 10003354-10007882(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CACACCTACCGTT
SmilChr02G004026 Chr02 NC_080388.1:62543250-62543262promoter 内 830-842 bp - 3159 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 62536394-62540091(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTCGCCTACCTCC
SmilChr02G001174 Chr02 NC_080388.1:21546957-21546969promoter 内 660-672 bp + 3329 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 21550298-21552936(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACATTT
SmilChr05G001354 Chr05 NC_080391.1:12056923-12056935promoter 内 588-600 bp - 3401 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 12060336-12060986(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGATGTAGGTAGA
SmilChr01G005371 Chr01 NC_080387.1:70925029-70925041promoter 内 446-458 bp + 3543 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 70915528-70921486(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AATTGTAGGTAAA
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