转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 65 / 137 下载 TSV

上一页 65 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G000728 Chr05 NC_080391.1:5562169-5562183promoter 内 1628-1642 bp + 2359 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 5559511-5559810(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTTTTTGACGTGGCC
SmilChr02G000700 Chr02 NC_080388.1:11189579-11189593promoter 内 1623-1637 bp + 2364 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 11191957-11196658(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTCACAA
SmilChr07G002019 Chr07 NC_080393.1:18050086-18050100promoter 内 1592-1606 bp - 2395 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 18052495-18053867(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTTTACCACGTGGCG
SmilChr02G001244 Chr02 NC_080388.1:22829996-22830010promoter 内 1534-1548 bp + 2453 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 22832463-22836275(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTCACAA
SmilChr02G000699 Chr02 NC_080388.1:11189579-11189593promoter 内 1366-1380 bp + 2621 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 11185973-11186958(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTGTGACACGTGGCA
SmilChr06G002592 Chr06 NC_080392.1:37144992-37145006promoter 内 1350-1364 bp - 2637 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 37147643-37149172(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTGTGACACGTGGCA
SmilChr05G001326 Chr05 NC_080391.1:11443436-11443450promoter 内 1280-1294 bp + 2707 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 11446157-11452769(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TCCCACGTCAGCATC
SmilChr03G004682 Chr03 NC_080389.1:64236028-64236042promoter 内 1198-1212 bp + 2789 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 64238831-64239774(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTCCACGTCAGCTTG
SmilChr08G002837 Chr08 NC_080394.1:28255528-28255542promoter 内 1183-1197 bp + 2804 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 28249603-28252724(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCGAGCGACGTGGCG
SmilChr08G004057 Chr08 NC_080394.1:49203119-49203133promoter 内 1149-1163 bp + 2838 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 49197000-49200281(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CACGCTGACGTGGAG
SmilChr08G002389 Chr08 NC_080394.1:22649715-22649729promoter 内 1105-1119 bp - 2882 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 22652611-22657883(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTGTGACACGTGGCA
SmilChr01G002698 Chr01 NC_080387.1:45250325-45250339promoter 内 1097-1111 bp - 2890 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 45245357-45247435(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTCACAA
SmilChr01G002430 Chr01 NC_080387.1:41845913-41845927promoter 内 979-993 bp + 3008 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 41837718-41842905(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCAGTACACGTGGCA
SmilChr05G002310 Chr05 NC_080391.1:24941905-24941919promoter 内 952-966 bp + 3035 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 24936549-24938870(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTGTGACACGTGGCA
SmilChr02G004088 Chr02 NC_080388.1:63167351-63167365promoter 内 931-945 bp + 3056 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 63161852-63164295(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGATGTGACGTGGAG
SmilChr05G000925 Chr05 NC_080391.1:7353320-7353334promoter 内 734-748 bp - 3253 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 7356587-7359309(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGATCTGACGTGTCG
SmilChr05G002744 Chr05 NC_080391.1:31604356-31604370promoter 内 711-725 bp - 3276 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 31607646-31610276(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATTGTCCACGTGGCC
SmilChr04G001921 Chr04 NC_080390.1:31303169-31303183promoter 内 596-610 bp + 3391 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 31294926-31299778(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTTTCCCACGTGGCT
SmilChr08G001634 Chr08 NC_080394.1:13545022-13545036promoter 内 556-570 bp + 3431 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 13548467-13550176(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCGTTTTA
SmilChr07G003693 Chr07 NC_080393.1:44460719-44460733promoter 内 538-552 bp + 3449 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 44464182-44465979(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTCACAA
SmilChr02G002665 Chr02 NC_080388.1:46144955-46144969promoter 内 493-507 bp + 3494 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 46148463-46150262(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGAAAATG
SmilChr07G001857 Chr07 NC_080393.1:16099709-16099723promoter 内 482-496 bp + 3505 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 16093324-16096204(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAAGATTACGTGGCC
SmilChr07G003439 Chr07 NC_080393.1:38053978-38053992promoter 内 309-323 bp - 3678 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 38049197-38050300(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCAGTATC
SmilChr03G004622 Chr03 NC_080389.1:63895459-63895473promoter 内 294-308 bp - 3693 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 63899166-63902492(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACGTCCCACGTGGCC
SmilChr03G002621 Chr03 NC_080389.1:41611877-41611891promoter 内 171-185 bp + 3816 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 41602122-41608061(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTGTGACACGTGGCA
SmilChr02G003636 Chr02 NC_080388.1:57734611-57734625promoter 内 3931-3945 bp + 56 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 4 57730340-57734555(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACATCCTACGTGGCA
SmilChr02G003637 Chr02 NC_080388.1:57734611-57734625promoter 内 3714-3728 bp + 273 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 4 57734898-57741109(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAGGATGT
SmilChr02G004043 Chr02 NC_080388.1:62740815-62740829promoter 内 3778-3792 bp + 209 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 62741038-62747673(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCGTTGCC
SmilChr03G002808 Chr03 NC_080389.1:44537128-44537142promoter 内 3670-3684 bp - 317 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 44529863-44536811(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCGTTGCC
SmilChr04G000792 Chr04 NC_080390.1:9791809-9791823promoter 内 3622-3636 bp + 365 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 9792188-9795654(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCAGTTCC
SmilChr07G002238 Chr07 NC_080393.1:20563438-20563452promoter 内 3186-3200 bp - 801 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 20561343-20562637(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCGTTGCC
SmilChr05G003487 Chr05 NC_080391.1:46373053-46373067promoter 内 2577-2591 bp - 1410 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 46374477-46375199(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCAACGACGTGGCA
SmilChr08G002199 Chr08 NC_080394.1:19935661-19935675promoter 内 2364-2378 bp - 1623 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 19931942-19934038(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCAGTTTC
SmilChr03G002162 Chr03 NC_080389.1:33659419-33659433promoter 内 1953-1967 bp + 2034 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 33654944-33657385(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCAACGACGTGGCA
SmilChr05G003488 Chr05 NC_080391.1:46373053-46373067promoter 内 1792-1806 bp - 2195 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 46375262-46376816(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCAACGACGTGGCA
SmilChr02G000084 Chr02 NC_080388.1:1105596-1105610promoter 内 1520-1534 bp - 2467 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 1108077-1110129(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTCTCCTACGTGGCA
SmilChr05G002291 Chr05 NC_080391.1:24750722-24750736promoter 内 1366-1380 bp + 2621 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 24753357-24754151(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCGTTGCC
SmilChr03G003005 Chr03 NC_080389.1:46884885-46884899promoter 内 532-546 bp - 3455 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 46888354-46891150(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCAACGACGTGGCA
SmilChr07G001097 Chr07 NC_080393.1:8084926-8084940promoter 内 396-410 bp + 3591 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 8078234-8081335(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGTGGTGACGTGTAA
SmilChr04G000963 Chr04 NC_080390.1:12828390-12828404promoter 内 3980-3994 bp - 7 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 12828411-12830917(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACATCCTACGTGGCA
SmilChr05G000787 Chr05 NC_080391.1:6146176-6146190promoter 内 3965-3979 bp + 22 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 6143680-6146154(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACATCCTACGTGGCA
SmilChr02G000956 Chr02 NC_080388.1:16605145-16605159promoter 内 3902-3916 bp - 85 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 16605244-16608137(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACATCCTACGTGGCA
SmilChr01G000254 Chr01 NC_080387.1:4819784-4819798promoter 内 3835-3849 bp - 152 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 4819950-4827593(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACATCCTACGTGGCA
SmilChr02G003312 Chr02 NC_080388.1:54363582-54363596promoter 内 3722-3736 bp + 265 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 54362925-54363317(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GATAAAGACGTGGCA
SmilChr05G002276 Chr05 NC_080391.1:24483151-24483165promoter 内 3711-3725 bp + 276 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 24483441-24490021(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCGTTGCC
SmilChr06G002807 Chr06 NC_080392.1:40782286-40782300promoter 内 3556-3570 bp + 431 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 40780705-40781855(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AATACTCACGTGGCC
SmilChr03G000169 Chr03 NC_080389.1:1864188-1864202promoter 内 3290-3304 bp + 697 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 1864899-1867457(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCGAAATC
SmilChr07G001635 Chr07 NC_080393.1:13751776-13751790promoter 内 3223-3237 bp - 764 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 13749995-13751012(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCGTTGCC
SmilChr06G000627 Chr06 NC_080392.1:5530497-5530511promoter 内 2870-2884 bp + 1117 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 5527278-5529380(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATTTATTACGTGGCA
SmilChr01G000244 Chr01 NC_080387.1:4529317-4529331promoter 内 2744-2758 bp - 1243 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 4526622-4528074(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGAAATCA