转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004274; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001114-RA_Salv SmilChr03G004274 MIKC_MADS XP_057799397.1 MP00080 CCAAAAAAGGAAAA

可能结合的靶基因

9850 个结合位点 6766 个候选靶基因 第 65 / 136 下载 TSV

上一页 65 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002979 Chr03 NC_080389.1:46628682-46628695promoter 内 1113-1126 bp + 2875 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 46624053-46625807(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTCTTCGCG
SmilChr04G000902 Chr04 NC_080390.1:11744812-11744825promoter 内 3985-3998 bp - 3 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 11742061-11744809(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTAAAAAAGGCAAG
SmilChr02G002364 Chr02 NC_080388.1:41419525-41419538promoter 内 3722-3735 bp - 266 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 41417183-41419259(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAACAGAAAA
SmilChr03G002489 Chr03 NC_080389.1:39574193-39574206promoter 内 3582-3595 bp + 406 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 39571282-39573787(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCTTCCTTTTTTTG
SmilChr03G001812 Chr03 NC_080389.1:24740621-24740634promoter 内 3447-3460 bp + 541 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 24738227-24740080(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTTTTTCAG
SmilChr01G005778 Chr01 NC_080387.1:73899098-73899111promoter 内 3086-3099 bp - 902 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 73900013-73902446(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCTGTTTTTGG
SmilChr03G002982 Chr03 NC_080389.1:46637651-46637664promoter 内 2941-2954 bp + 1047 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 46635513-46636604(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCTGTTTTTGG
SmilChr02G001374 Chr02 NC_080388.1:25984025-25984038promoter 内 2689-2702 bp - 1299 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 25985337-25988773(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCTGTTTTTGG
SmilChr03G001946 Chr03 NC_080389.1:27771080-27771093promoter 内 2686-2699 bp - 1302 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 27772395-27783245(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCTGTTTTTGG
SmilChr03G001900 Chr03 NC_080389.1:26554975-26554988promoter 内 2627-2640 bp + 1361 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 26542767-26553614(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCTGTTTTTGG
SmilChr01G003144 Chr01 NC_080387.1:50268404-50268417promoter 内 2549-2562 bp - 1439 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 50269856-50275081(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTTTTTCAG
SmilChr03G001768 Chr03 NC_080389.1:24159797-24159810promoter 内 2324-2337 bp + 1664 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 24161474-24163357(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CAAAAAAAGGAAGG
SmilChr01G003143 Chr01 NC_080387.1:50268404-50268417promoter 内 2303-2316 bp - 1685 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 50263143-50266719(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTGAAAAAGGAAAA
SmilChr03G002217 Chr03 NC_080389.1:34931089-34931102promoter 内 2192-2205 bp - 1796 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 34932898-34933236(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCTGTTTTTGG
SmilChr02G002031 Chr02 NC_080388.1:36558752-36558765promoter 内 2191-2204 bp - 1797 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 36560562-36561959(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCTGTTTTTGG
SmilChr01G005708 Chr01 NC_080387.1:73313621-73313634promoter 内 2084-2097 bp - 1904 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 73315538-73316278(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCTTCCTTTTTTTG
SmilChr03G001582 Chr03 NC_080389.1:20016070-20016083promoter 内 1829-1842 bp + 2159 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 20012117-20013911(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCTGTTTTTGG
SmilChr04G001528 Chr04 NC_080390.1:25195415-25195428promoter 内 1755-1768 bp - 2233 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 25197661-25197732(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CGTTCCTTTTCGGG
SmilChr01G002058 Chr01 NC_080387.1:36399081-36399094promoter 内 1378-1391 bp + 2610 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 36401704-36401810(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAACAGAAAA
SmilChr02G000805 Chr02 NC_080388.1:13427946-13427959promoter 内 1362-1375 bp - 2626 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 13425214-13425320(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAACAGAAAA
SmilChr03G000724 Chr03 NC_080389.1:8138325-8138338promoter 内 1355-1368 bp - 2633 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 8135586-8135692(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAACAGAAAA
SmilChr03G002941 Chr03 NC_080389.1:46123219-46123232promoter 内 1302-1315 bp + 2686 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 46125918-46129920(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAACAGAAAA
SmilChr02G001303 Chr02 NC_080388.1:24177022-24177035promoter 内 1294-1307 bp - 2694 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 24174222-24174328(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAACAGAAAA
SmilChr02G001406 Chr02 NC_080388.1:26655815-26655828promoter 内 1263-1276 bp - 2725 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 26650290-26653090(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTGAAAAAGGAAAA
SmilChr04G001069 Chr04 NC_080390.1:15359804-15359817promoter 内 1226-1239 bp - 2762 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 15354434-15357042(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAACAGAAAA
SmilChr01G001884 Chr01 NC_080387.1:33893230-33893243promoter 内 1199-1212 bp - 2789 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 33890335-33890441(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAACAGAAAA
SmilChr02G005118 Chr02 NC_080388.1:72683104-72683117promoter 内 600-613 bp + 3388 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 72677708-72679716(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCTTCCTTTTTTTG
SmilChr03G001769 Chr03 NC_080389.1:24159797-24159810promoter 内 341-354 bp + 3647 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 24163457-24169067(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CAAAAAAAGGAAGG
SmilChr04G000717 Chr04 NC_080390.1:8406451-8406464promoter 内 270-283 bp + 3718 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 8402635-8402733(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTTTTTCAG
SmilChr02G005548 Chr02 NC_080388.1:75460293-75460306promoter 内 237-250 bp + 3751 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 75464057-75468855(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CGCGAAGAGGAAAA
SmilChr03G002981 Chr03 NC_080389.1:46628682-46628695promoter 内 167-180 bp + 3821 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 46632516-46636803(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CGCGAAGAGGAAAA
SmilChr01G002912 Chr01 NC_080387.1:47849000-47849013promoter 内 31-44 bp + 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 47841294-47845043(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTTTTTCAG
SmilChr02G003620 Chr02 NC_080388.1:57500114-57500127promoter 内 58-71 bp + 3930 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 4 57494061-57496184(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTTTCCTTTTTTAT
SmilChr03G002560 Chr03 NC_080389.1:40782855-40782868promoter 内 2752-2765 bp - 1236 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 40776711-40781619(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCCAAAAAGGATAA
SmilChr02G004684 Chr02 NC_080388.1:69151059-69151072promoter 内 2675-2688 bp + 1313 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 69146806-69149746(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CATTCCATTTTTGG
SmilChr02G004685 Chr02 NC_080388.1:69151059-69151072promoter 内 2611-2624 bp + 1377 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 69152449-69154089(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAATGGAATG
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