转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G000836; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008579-RA_Salv SmilChr07G000836 MYB_related XP_057772437.1 MP00568 TATGGATAAGGTTAT

可能结合的靶基因

9696 个结合位点 6611 个候选靶基因 第 65 / 133 下载 TSV

上一页 65 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005495 Chr02 NC_080388.1:75109060-75109074promoter 内 850-864 bp + 3137 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 75104660-75105923(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GCCAACTTATCCTTA
SmilChr02G004227 Chr02 NC_080388.1:64491851-64491865promoter 内 834-848 bp + 3153 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 64488626-64488698(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CCAACATTATCCACG
SmilChr01G005040 Chr01 NC_080387.1:68343044-68343058promoter 内 824-838 bp + 3163 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 68336672-68339881(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGAACATTATCCATT
SmilChr01G002985 Chr01 NC_080387.1:48780533-48780547promoter 内 810-824 bp + 3177 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 48783724-48784464(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AACAGATAAGGCATG
SmilChr02G002147 Chr02 NC_080388.1:38616656-38616670promoter 内 797-811 bp + 3190 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 38611861-38613466(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CTTCCCTTATCTCAT
SmilChr01G002150 Chr01 NC_080387.1:37487804-37487818promoter 内 731-745 bp + 3256 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 37491074-37491916(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TATTGATAAGGTAAT
SmilChr02G005226 Chr02 NC_080388.1:73471133-73471147promoter 内 643-657 bp + 3344 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 73465722-73467789(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CTCTCCTTATCCCAG
SmilChr02G002426 Chr02 NC_080388.1:42238198-42238212promoter 内 618-632 bp + 3369 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 42241581-42241653(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CGGAGATAAGGTAAT
SmilChr02G005417 Chr02 NC_080388.1:74635421-74635435promoter 内 605-619 bp - 3382 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 74626092-74632039(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CATGGATAAGGCCGA
SmilChr03G000538 Chr03 NC_080389.1:5845696-5845710promoter 内 603-617 bp + 3384 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 5838410-5842312(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATAATATTATCCAAT
SmilChr01G003446 Chr01 NC_080387.1:53023711-53023725promoter 内 423-437 bp + 3564 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 53027289-53033056(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GATGGATAAGAAAAG
SmilChr02G001782 Chr02 NC_080388.1:32611367-32611381promoter 内 377-391 bp + 3610 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 32606308-32607757(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATAATATTATCCAAT
SmilChr02G004901 Chr02 NC_080388.1:71014741-71014755promoter 内 308-322 bp + 3679 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 71018434-71021100(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAATGTATA
SmilChr03G001349 Chr03 NC_080389.1:15727524-15727538promoter 内 267-281 bp + 3720 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 15731258-15734814(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAAAGATAAGGAGCA
SmilChr02G003476 Chr02 NC_080388.1:56060302-56060316promoter 内 232-246 bp + 3755 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 56064071-56065621(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAACATAAT
SmilChr01G005559 Chr01 NC_080387.1:72412759-72412773promoter 内 227-241 bp + 3760 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 72406073-72408999(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CTTATGTTATCCAGA
SmilChr02G004703 Chr02 NC_080388.1:69340188-69340202promoter 内 227-241 bp + 3760 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 69333845-69336428(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CATTACTTATCCATT
SmilChr01G005530 Chr01 NC_080387.1:72164573-72164587promoter 内 93-107 bp + 3894 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 72157631-72160679(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CTTATGTTATCCAGA
SmilChr02G001479 Chr02 NC_080388.1:27667103-27667117promoter 内 75-89 bp - 3912 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 27659998-27663191(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TACGGATAAGCTAAT
SmilChr02G000303 Chr02 NC_080388.1:3830318-3830332promoter 内 64-78 bp - 3923 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 3834255-3838689(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTCTCTTATCCCTA
SmilChr02G002634 Chr02 NC_080388.1:45714115-45714129promoter 内 32-46 bp - 3955 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 45705858-45710160(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAAGTATCT
SmilChr02G000703 Chr02 NC_080388.1:11246177-11246191promoter 内 1202-1216 bp + 2785 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 4 11234694-11243392(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CAACGCTTATCCTGA
SmilChr02G000600 Chr02 NC_080388.1:8669683-8669697promoter 内 3619-3633 bp + 368 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 8665607-8669315(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AACAACTTATCCTGA
SmilChr02G001556 Chr02 NC_080388.1:28861779-28861793promoter 内 2810-2824 bp + 1177 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 28862970-28863392(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAGGGATAAGCTTCA
SmilChr01G000275 Chr01 NC_080387.1:5459946-5459960promoter 内 2273-2287 bp - 1714 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 5461674-5465796(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AATTGCTTATCCATT
SmilChr02G001557 Chr02 NC_080388.1:28861779-28861793promoter 内 1939-1953 bp + 2048 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 28863841-28865005(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAGGGATAAGCTTCA
SmilChr03G000290 Chr03 NC_080389.1:3306212-3306226promoter 内 1575-1589 bp - 2412 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 3300698-3303800(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GGCGGATAAGGTCCG
SmilChr01G000158 Chr01 NC_080387.1:2673953-2673967promoter 内 1492-1506 bp - 2495 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 2676462-2677486(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGTCCCTTATCTTCT
SmilChr01G002643 Chr01 NC_080387.1:44697719-44697733promoter 内 1067-1081 bp + 2920 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 44700653-44702525(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATGAGATAAGGCGAT
SmilChr02G001575 Chr02 NC_080388.1:29256868-29256882promoter 内 380-394 bp - 3607 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 29251984-29253261(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAAGGATAAGACCTC
SmilChr02G005475 Chr02 NC_080388.1:74994690-74994704promoter 内 3868-3882 bp - 119 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 74994823-74996411(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGTGCCTTATCTTTT
SmilChr01G002846 Chr01 NC_080387.1:47036235-47036249promoter 内 3390-3404 bp + 597 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 47030507-47035638(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTCTCCTTATCTGAT
SmilChr01G001224 Chr01 NC_080387.1:24526311-24526325promoter 内 3224-3238 bp + 763 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 24524688-24525548(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGTCCCTTATCCCTT
SmilChr02G003564 Chr02 NC_080388.1:56815329-56815343promoter 内 3220-3234 bp - 767 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 56816110-56818288(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGAAACTTATCCCTA
SmilChr01G000593 Chr01 NC_080387.1:12922849-12922863promoter 内 2981-2995 bp + 1006 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 12914528-12921843(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AACACCTTATCAACT
SmilChr03G000362 Chr03 NC_080389.1:4051328-4051342promoter 内 2976-2990 bp - 1011 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 4052353-4053830(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTACCTTATCAAAA
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