转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G001516; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019310-RA_Salv SmilChr01G001516 bZIP XP_057803325.1 MP00648 ACACGTGG

可能结合的靶基因

9939 个结合位点 6170 个候选靶基因 第 66 / 124 下载 TSV

上一页 66 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002139 Chr04 NC_080390.1:34400253-34400260promoter 内 156-163 bp - 3838 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 3 34394168-34396415(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr01G002457 Chr01 NC_080387.1:42181733-42181740promoter 内 140-147 bp + 3854 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 3 42185594-42186616(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr03G001962 Chr03 NC_080389.1:28107669-28107676promoter 内 50-57 bp + 3944 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 3 28111620-28116633(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr04G000452 Chr04 NC_080390.1:4808017-4808024promoter 内 11-18 bp - 3983 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 3 4800931-4804034(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr02G001210 Chr02 NC_080388.1:22286359-22286366promoter 内 3992-3999 bp - 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 22283444-22286357(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr02G001211 Chr02 NC_080388.1:22303254-22303261promoter 内 3992-3999 bp - 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 22300368-22303252(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr04G003887 Chr04 NC_080390.1:54688205-54688212promoter 内 3992-3999 bp - 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 54684630-54688203(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr05G002883 Chr05 NC_080391.1:34534723-34534730promoter 内 3992-3999 bp + 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 34534732-34535544(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr04G001984 Chr04 NC_080390.1:32137952-32137959promoter 内 3990-3997 bp + 4 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 32137963-32142732(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr02G000789 Chr02 NC_080388.1:12986185-12986192promoter 内 3989-3996 bp - 5 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 12985385-12986180(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr06G000821 Chr06 NC_080392.1:7729701-7729708promoter 内 3989-3996 bp - 5 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 7727242-7729696(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr03G003203 Chr03 NC_080389.1:49582077-49582084promoter 内 3986-3993 bp - 8 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 49579324-49582069(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr07G000357 Chr07 NC_080393.1:2444947-2444954promoter 内 3985-3992 bp + 9 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 2444963-2446952(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr04G001816 Chr04 NC_080390.1:29650537-29650544promoter 内 3980-3987 bp + 14 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 29650558-29652353(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr05G001415 Chr05 NC_080391.1:12772504-12772511promoter 内 3977-3984 bp + 17 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 12772528-12790312(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr04G003567 Chr04 NC_080390.1:52049386-52049393promoter 内 3968-3975 bp + 26 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 52049419-52053391(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr05G001955 Chr05 NC_080391.1:19992067-19992074promoter 内 3968-3975 bp + 26 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 19992100-19994899(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr04G003131 Chr04 NC_080390.1:47905407-47905414promoter 内 3966-3973 bp - 28 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 47903741-47905379(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr05G000126 Chr05 NC_080391.1:1015354-1015361promoter 内 3959-3966 bp + 35 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 1015396-1017731(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr02G003118 Chr02 NC_080388.1:52206803-52206810promoter 内 3958-3965 bp - 36 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 52204851-52206767(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr01G001313 Chr01 NC_080387.1:26109633-26109640promoter 内 3957-3964 bp - 37 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 26102816-26109596(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr02G002228 Chr02 NC_080388.1:39631042-39631049promoter 内 3955-3962 bp - 39 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 39625323-39631003(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr05G000179 Chr05 NC_080391.1:1413301-1413308promoter 内 3955-3962 bp + 39 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 1413347-1417718(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr04G001103 Chr04 NC_080390.1:15788303-15788310promoter 内 3954-3961 bp - 40 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 15785082-15788263(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr04G002351 Chr04 NC_080390.1:37948062-37948069promoter 内 3951-3958 bp - 43 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 37946001-37948019(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr04G002704 Chr04 NC_080390.1:42563743-42563750promoter 内 3950-3957 bp + 44 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 42563794-42565621(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr01G003236 Chr01 NC_080387.1:51116464-51116471promoter 内 3948-3955 bp + 46 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 51116517-51117513(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr01G002877 Chr01 NC_080387.1:47356733-47356740promoter 内 3947-3954 bp + 47 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 47356787-47358080(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr05G001631 Chr05 NC_080391.1:15238017-15238024promoter 内 3947-3954 bp - 47 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 15234079-15237970(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr06G002877 Chr06 NC_080392.1:41585414-41585421promoter 内 3945-3952 bp + 49 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 41585470-41587903(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr01G006039 Chr01 NC_080387.1:75890309-75890316promoter 内 3944-3951 bp - 50 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 75886241-75890259(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr02G004338 Chr02 NC_080388.1:65630192-65630199promoter 内 3942-3949 bp - 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 65619917-65630140(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr02G004796 Chr02 NC_080388.1:70153611-70153618promoter 内 3941-3948 bp - 53 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 70148259-70153558(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr03G002604 Chr03 NC_080389.1:41429577-41429584promoter 内 3941-3948 bp + 53 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 41429637-41432804(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr03G002592 Chr03 NC_080389.1:41229284-41229291promoter 内 3937-3944 bp + 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 41229348-41233430(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr05G004125 Chr05 NC_080391.1:55160207-55160214promoter 内 3937-3944 bp - 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 55155072-55160150(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr05G004126 Chr05 NC_080391.1:55178292-55178299promoter 内 3937-3944 bp - 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 55173329-55178235(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
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