靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr01G001516; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00019310-RA_Salv |
SmilChr01G001516 |
bZIP | XP_057803325.1 |
MP00648 |
ACACGTGG |
9939 个结合位点 6170 个候选靶基因 第 66 / 124 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr04G002139 |
Chr04 | NC_080390.1:34400253-34400260promoter 内 156-163 bp |
- | 3838 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 3 | 34394168-34396415(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr01G002457 |
Chr01 | NC_080387.1:42181733-42181740promoter 内 140-147 bp |
+ | 3854 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 3 | 42185594-42186616(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr03G001962 |
Chr03 | NC_080389.1:28107669-28107676promoter 内 50-57 bp |
+ | 3944 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 3 | 28111620-28116633(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr04G000452 |
Chr04 | NC_080390.1:4808017-4808024promoter 内 11-18 bp |
- | 3983 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 3 | 4800931-4804034(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr02G001210 |
Chr02 | NC_080388.1:22286359-22286366promoter 内 3992-3999 bp |
- | 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 22283444-22286357(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr02G001211 |
Chr02 | NC_080388.1:22303254-22303261promoter 内 3992-3999 bp |
- | 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 22300368-22303252(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr04G003887 |
Chr04 | NC_080390.1:54688205-54688212promoter 内 3992-3999 bp |
- | 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 54684630-54688203(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr05G002883 |
Chr05 | NC_080391.1:34534723-34534730promoter 内 3992-3999 bp |
+ | 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 34534732-34535544(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr04G001984 |
Chr04 | NC_080390.1:32137952-32137959promoter 内 3990-3997 bp |
+ | 4 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 32137963-32142732(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr02G000789 |
Chr02 | NC_080388.1:12986185-12986192promoter 内 3989-3996 bp |
- | 5 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 12985385-12986180(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr06G000821 |
Chr06 | NC_080392.1:7729701-7729708promoter 内 3989-3996 bp |
- | 5 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 7727242-7729696(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr03G003203 |
Chr03 | NC_080389.1:49582077-49582084promoter 内 3986-3993 bp |
- | 8 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 49579324-49582069(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr07G000357 |
Chr07 | NC_080393.1:2444947-2444954promoter 内 3985-3992 bp |
+ | 9 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 2444963-2446952(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr04G001816 |
Chr04 | NC_080390.1:29650537-29650544promoter 内 3980-3987 bp |
+ | 14 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 29650558-29652353(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr05G001415 |
Chr05 | NC_080391.1:12772504-12772511promoter 内 3977-3984 bp |
+ | 17 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 12772528-12790312(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr04G003567 |
Chr04 | NC_080390.1:52049386-52049393promoter 内 3968-3975 bp |
+ | 26 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 52049419-52053391(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr05G001955 |
Chr05 | NC_080391.1:19992067-19992074promoter 内 3968-3975 bp |
+ | 26 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 19992100-19994899(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr04G003131 |
Chr04 | NC_080390.1:47905407-47905414promoter 内 3966-3973 bp |
- | 28 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 47903741-47905379(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr05G000126 |
Chr05 | NC_080391.1:1015354-1015361promoter 内 3959-3966 bp |
+ | 35 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 1015396-1017731(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr02G003118 |
Chr02 | NC_080388.1:52206803-52206810promoter 内 3958-3965 bp |
- | 36 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 52204851-52206767(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr01G001313 |
Chr01 | NC_080387.1:26109633-26109640promoter 内 3957-3964 bp |
- | 37 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 26102816-26109596(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr02G002228 |
Chr02 | NC_080388.1:39631042-39631049promoter 内 3955-3962 bp |
- | 39 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 39625323-39631003(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr05G000179 |
Chr05 | NC_080391.1:1413301-1413308promoter 内 3955-3962 bp |
+ | 39 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 1413347-1417718(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr04G001103 |
Chr04 | NC_080390.1:15788303-15788310promoter 内 3954-3961 bp |
- | 40 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 15785082-15788263(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr04G002351 |
Chr04 | NC_080390.1:37948062-37948069promoter 内 3951-3958 bp |
- | 43 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 37946001-37948019(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr04G002704 |
Chr04 | NC_080390.1:42563743-42563750promoter 内 3950-3957 bp |
+ | 44 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 42563794-42565621(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr01G003236 |
Chr01 | NC_080387.1:51116464-51116471promoter 内 3948-3955 bp |
+ | 46 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 51116517-51117513(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr01G002877 |
Chr01 | NC_080387.1:47356733-47356740promoter 内 3947-3954 bp |
+ | 47 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 47356787-47358080(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr05G001631 |
Chr05 | NC_080391.1:15238017-15238024promoter 内 3947-3954 bp |
- | 47 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 15234079-15237970(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr06G002877 |
Chr06 | NC_080392.1:41585414-41585421promoter 内 3945-3952 bp |
+ | 49 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 41585470-41587903(+) |
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- | 50 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 75886241-75890259(-) |
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MP00648 |
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- | 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 65619917-65630140(-) |
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+ | 53 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 41429637-41432804(+) |
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- | 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 55173329-55178235(-) |
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MP00648 |
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