转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G000836; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008579-RA_Salv SmilChr07G000836 MYB_related XP_057772437.1 MP00568 TATGGATAAGGTTAT

可能结合的靶基因

9696 个结合位点 6611 个候选靶基因 第 67 / 133 下载 TSV

上一页 67 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003163 Chr01 NC_080387.1:50438913-50438927promoter 内 1489-1503 bp + 2498 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 50441425-50448394(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AATGGATAATGTATT
SmilChr01G002666 Chr01 NC_080387.1:44886709-44886723promoter 内 1404-1418 bp - 2583 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 44883300-44884126(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGCGGATAAGCATGC
SmilChr03G000752 Chr03 NC_080389.1:8588621-8588635promoter 内 1279-1293 bp - 2708 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 8591343-8605619(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACTTCATTATCCACA
SmilChr02G000095 Chr02 NC_080388.1:1242562-1242576promoter 内 1247-1261 bp - 2740 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 1236911-1239822(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGAGGATAAGTCGTG
SmilChr03G001000 Chr03 NC_080389.1:11325168-11325182promoter 内 1126-1140 bp + 2861 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 11321347-11322307(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AACACCTTATCAACT
SmilChr03G000010 Chr03 NC_080389.1:115726-115740promoter 内 1118-1132 bp + 2869 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 110983-112857(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TAATCCTTATCATCA
SmilChr01G005429 Chr01 NC_080387.1:71455726-71455740promoter 内 1075-1089 bp + 2912 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 71458652-71461641(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTGGATAAGCTGCA
SmilChr01G004924 Chr01 NC_080387.1:67303794-67303808promoter 内 1066-1080 bp - 2921 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 67306729-67311568(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTTCATTATCCACA
SmilChr02G005103 Chr02 NC_080388.1:72576632-72576646promoter 内 924-938 bp - 3063 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 72570454-72573569(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGGAGATAAGGCCAC
SmilChr02G002764 Chr02 NC_080388.1:47703621-47703635promoter 内 918-932 bp + 3069 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 47698071-47700552(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GATTCCTTATCCATC
SmilChr02G002107 Chr02 NC_080388.1:37771675-37771689promoter 内 729-743 bp + 3258 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 37774947-37777949(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGGGGATAAGAGCAA
SmilChr01G004388 Chr01 NC_080387.1:62057421-62057435promoter 内 700-714 bp - 3287 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 62048214-62054134(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AATGGATAAGAGCAC
SmilChr01G004073 Chr01 NC_080387.1:59137504-59137518promoter 内 623-637 bp + 3364 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 59127187-59134140(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CGGATCTTATCCTCC
SmilChr01G002592 Chr01 NC_080387.1:44040839-44040853promoter 内 565-579 bp - 3422 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 44036941-44037417(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TAAAGATAAGGGCTT
SmilChr03G001460 Chr03 NC_080389.1:17448256-17448270promoter 内 484-498 bp + 3503 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 17442779-17444753(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CTGTCATTATCCACA
SmilChr01G002085 Chr01 NC_080387.1:36823407-36823421promoter 内 473-487 bp + 3514 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 36818949-36819893(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AACACCTTATCAACT
SmilChr01G001934 Chr01 NC_080387.1:34530592-34530606promoter 内 421-435 bp - 3566 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 34523682-34527026(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTGGATAAAGTTAA
SmilChr02G004283 Chr02 NC_080388.1:65076628-65076642promoter 内 371-385 bp + 3616 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 65071183-65073012(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AACACCTTATCAACT
SmilChr01G000207 Chr01 NC_080387.1:3619205-3619219promoter 内 205-219 bp + 3782 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 3611556-3615423(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CCTATGTTATCCAGA
SmilChr01G005711 Chr01 NC_080387.1:73327675-73327689promoter 内 98-112 bp - 3889 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 73331578-73334536(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTCCCCTTATCTTGA
SmilChr01G003344 Chr01 NC_080387.1:52221102-52221116promoter 内 33-47 bp - 3954 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 52214949-52217148(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGATGATAAGGTGAT
SmilChr01G003178 Chr01 NC_080387.1:50568239-50568253promoter 内 2362-2376 bp + 1625 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 4 50563449-50566614(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GTAGCCTTATCTTCC
SmilChr02G002668 Chr02 NC_080388.1:46183356-46183370promoter 内 432-446 bp - 3555 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 4 46186925-46187875(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GCGGCCTTATCTCCA
SmilChr02G003636 Chr02 NC_080388.1:57737432-57737446promoter 内 1110-1124 bp + 2877 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 57730340-57734555(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATATCATTATCCAGA
SmilChr01G003298 Chr01 NC_080387.1:51663662-51663676promoter 内 910-924 bp + 3077 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 51666753-51674549(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GTAGGATAAGATGTA
SmilChr02G001933 Chr02 NC_080388.1:34743360-34743374promoter 内 715-729 bp + 3272 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 34746646-34746781(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTGGATAACAATAT
SmilChr01G004806 Chr01 NC_080387.1:66261710-66261724promoter 内 3807-3821 bp - 180 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 66261904-66264810(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTAGCTTATCCCGA
SmilChr03G001088 Chr03 NC_080389.1:12580793-12580807promoter 内 3713-3727 bp - 274 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 12581081-12582292(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTTACTTATCCTTA
SmilChr01G000460 Chr01 NC_080387.1:9425975-9425989promoter 内 3660-3674 bp + 327 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 9423489-9425648(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACGTCCTTATCTGTA
SmilChr02G005105 Chr02 NC_080388.1:72580587-72580601promoter 内 3527-3541 bp - 460 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 72581061-72585279(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTCAGCTTATCCCAT
SmilChr01G005196 Chr01 NC_080387.1:69647360-69647374promoter 内 3321-3335 bp - 666 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 69646200-69646694(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGTGGATAATGGTGT
SmilChr02G003994 Chr02 NC_080388.1:62278354-62278368promoter 内 3315-3329 bp - 672 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 62259906-62277682(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TATGGATAAGTCAAT
SmilChr03G000373 Chr03 NC_080389.1:4168617-4168631promoter 内 2950-2964 bp + 1037 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 4164639-4167580(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GTAACCTTATCACCA
SmilChr02G005489 Chr02 NC_080388.1:75071534-75071548promoter 内 2545-2559 bp + 1442 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 75065089-75070092(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TACATCTTATCCTAC
SmilChr01G004726 Chr01 NC_080387.1:65441691-65441705promoter 内 1726-1740 bp + 2261 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 65438511-65439430(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCTCTCTTATCCCAA
SmilChr01G002313 Chr01 NC_080387.1:40123926-40123940promoter 内 1652-1666 bp + 2335 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 40115931-40121591(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAAATATTATCCAAA
SmilChr02G001293 Chr02 NC_080388.1:23820094-23820108promoter 内 1629-1643 bp + 2358 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 23815193-23817736(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGCAGCTTATCCTTA
SmilChr01G003993 Chr01 NC_080387.1:58357725-58357739promoter 内 1618-1632 bp - 2369 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 58360108-58362362(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGGAGCTTATCCATA
SmilChr01G002877 Chr01 NC_080387.1:47354342-47354356promoter 内 1556-1570 bp - 2431 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 47356787-47358080(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GTCCCCTTATCTATT
SmilChr01G001190 Chr01 NC_080387.1:24049290-24049304promoter 内 1440-1454 bp + 2547 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 24051851-24054332(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCGAGATAAGGTCTC
SmilChr03G001164 Chr03 NC_080389.1:13410936-13410950promoter 内 805-819 bp + 3182 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 13414132-13416298(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGGAGATAAGGGATT
SmilChr01G001189 Chr01 NC_080387.1:24049290-24049304promoter 内 631-645 bp + 3356 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 24044763-24045934(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GAGACCTTATCTCGA
SmilChr02G000052 Chr02 NC_080388.1:702087-702101promoter 内 368-382 bp - 3619 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 694513-698468(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGCGGATAAGCTCTA
SmilChr01G002073 Chr01 NC_080387.1:36637289-36637303promoter 内 340-354 bp + 3647 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 36630279-36633642(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CTGTACTTATCCTTA
SmilChr02G004803 Chr02 NC_080388.1:70209951-70209965promoter 内 99-113 bp + 3888 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 70213853-70216172(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATGAGATAAGGCCTG
SmilChr02G004340 Chr02 NC_080388.1:65640950-65640964promoter 内 94-108 bp + 3893 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 65644857-65647214(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTGGATAATGTATA
SmilChr02G000842 Chr02 NC_080388.1:14325310-14325324promoter 内 3890-3904 bp - 97 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 14322299-14325213(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCGAGATAAGGAGGT
SmilChr02G004879 Chr02 NC_080388.1:70877615-70877629promoter 内 3831-3845 bp + 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 70876207-70877459(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATAGCATTATCCAAT
SmilChr01G001693 Chr01 NC_080387.1:31147484-31147498promoter 内 3700-3714 bp - 287 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 31147785-31148333(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAGATCTTATCCAAC
SmilChr02G003828 Chr02 NC_080388.1:59940431-59940445promoter 内 3470-3484 bp + 517 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 59940962-59943265(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTTGATAAGGATTG