转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G001791; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007112-RA_Salv SmilChr02G001791 TCP XP_057795933.1 MP00062 GGGACCAC

可能结合的靶基因

7249 个结合位点 6454 个候选靶基因 第 68 / 130 下载 TSV

上一页 68 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G000693 Chr07 NC_080393.1:4728876-4728883promoter 内 2984-2991 bp - 1010 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 4729893-4735521(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr07G001633 Chr07 NC_080393.1:13717302-13717309promoter 内 2984-2991 bp - 1010 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 13708680-13716292(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr05G004275 Chr05 NC_080391.1:56556786-56556793promoter 内 2983-2990 bp - 1011 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 56551739-56555775(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr02G003583 Chr02 NC_080388.1:56992077-56992084promoter 内 2982-2989 bp - 1012 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 56988998-56991065(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr04G002090 Chr04 NC_080390.1:33715943-33715950promoter 内 2982-2989 bp - 1012 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 33713612-33714931(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr05G001797 Chr05 NC_080391.1:17720659-17720666promoter 内 2980-2987 bp - 1014 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 17715703-17719645(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr03G003778 Chr03 NC_080389.1:56927415-56927422promoter 内 2979-2986 bp - 1015 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 56925858-56926400(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr05G000963 Chr05 NC_080391.1:7773714-7773721promoter 内 2979-2986 bp + 1015 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 7774736-7776203(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr06G003153 Chr06 NC_080392.1:44538573-44538580promoter 内 2977-2984 bp - 1017 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 44533848-44537556(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr03G002481 Chr03 NC_080389.1:39397536-39397543promoter 内 2976-2983 bp - 1018 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 39393354-39396518(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr08G004712 Chr08 NC_080394.1:56549596-56549603promoter 内 2976-2983 bp + 1018 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 56545405-56548578(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr03G000282 Chr03 NC_080389.1:3238058-3238065promoter 内 2973-2980 bp + 1021 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 3207949-3237037(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr08G004334 Chr08 NC_080394.1:52999971-52999978promoter 内 2973-2980 bp + 1021 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 52995227-52998950(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr03G001658 Chr03 NC_080389.1:21534937-21534944promoter 内 2972-2979 bp - 1022 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 21533286-21533915(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr01G000542 Chr01 NC_080387.1:11126072-11126079promoter 内 2971-2978 bp + 1023 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 11124162-11125049(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr05G000590 Chr05 NC_080391.1:4454096-4454103promoter 内 2971-2978 bp + 1023 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 4455126-4457191(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr02G000244 Chr02 NC_080388.1:3147793-3147800promoter 内 2966-2973 bp + 1028 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 3148828-3151320(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr02G001610 Chr02 NC_080388.1:29968400-29968407promoter 内 2966-2973 bp + 1028 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 29969435-29972595(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr01G005838 Chr01 NC_080387.1:74396338-74396345promoter 内 2963-2970 bp - 1031 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 74390692-74395307(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr08G002080 Chr08 NC_080394.1:18699797-18699804promoter 内 2961-2968 bp + 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 18695230-18698764(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr08G003463 Chr08 NC_080394.1:37233328-37233335promoter 内 2959-2966 bp + 1035 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 37231026-37232293(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr04G000579 Chr04 NC_080390.1:6444548-6444555promoter 内 2958-2965 bp - 1036 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 6441485-6443512(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr07G000960 Chr07 NC_080393.1:6922295-6922302promoter 内 2957-2964 bp - 1037 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 6914880-6921258(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr07G001935 Chr07 NC_080393.1:16759332-16759339promoter 内 2957-2964 bp + 1037 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 16760376-16763325(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr01G005235 Chr01 NC_080387.1:69929902-69929909promoter 内 2956-2963 bp + 1038 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 69928344-69928864(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr02G002213 Chr02 NC_080388.1:39373735-39373742promoter 内 2955-2962 bp - 1039 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 39374781-39375809(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr06G001834 Chr06 NC_080392.1:21534895-21534902promoter 内 2955-2962 bp + 1039 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 21535941-21538858(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr07G002893 Chr07 NC_080393.1:29269737-29269744promoter 内 2955-2962 bp + 1039 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 29270783-29271181(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr01G000189 Chr01 NC_080387.1:3238020-3238027promoter 内 2954-2961 bp - 1040 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 3239067-3240349(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr06G002424 Chr06 NC_080392.1:34983505-34983512promoter 内 2954-2961 bp + 1040 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 34984552-34989775(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr07G004227 Chr07 NC_080393.1:54506829-54506836promoter 内 2953-2960 bp + 1041 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 54507877-54516451(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr02G003435 Chr02 NC_080388.1:55586344-55586351promoter 内 2949-2956 bp - 1045 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 55587396-55589165(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr01G005504 Chr01 NC_080387.1:71906139-71906146promoter 内 2948-2955 bp + 1046 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 71903118-71905093(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr05G004210 Chr05 NC_080391.1:55979048-55979055promoter 内 2948-2955 bp - 1046 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 55976254-55978002(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr03G001013 Chr03 NC_080389.1:11635063-11635070promoter 内 2947-2954 bp - 1047 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 11636117-11637926(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr04G001927 Chr04 NC_080390.1:31377838-31377845promoter 内 2947-2954 bp + 1047 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 31378892-31380915(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr04G002187 Chr04 NC_080390.1:35350677-35350684promoter 内 2946-2953 bp - 1048 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 35342142-35349629(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr07G002058 Chr07 NC_080393.1:18723007-18723014promoter 内 2946-2953 bp - 1048 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 18716210-18721959(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr01G000029 Chr01 NC_080387.1:545620-545627promoter 内 2944-2951 bp + 1050 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 543996-544570(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr04G001055 Chr04 NC_080390.1:15019672-15019679promoter 内 2943-2950 bp + 1051 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 15020730-15023338(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr02G005482 Chr02 NC_080388.1:75032749-75032756promoter 内 2941-2948 bp + 1053 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 75029459-75031696(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr05G000066 Chr05 NC_080391.1:325682-325689promoter 内 2941-2948 bp + 1053 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 323560-324629(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr07G003922 Chr07 NC_080393.1:49521510-49521517promoter 内 2941-2948 bp + 1053 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 49522570-49526791(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr06G000495 Chr06 NC_080392.1:4065575-4065582promoter 内 2940-2947 bp + 1054 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 4066636-4070413(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr01G002637 Chr01 NC_080387.1:44666745-44666752promoter 内 2939-2946 bp - 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 44659943-44665690(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr07G001295 Chr07 NC_080393.1:9944223-9944230promoter 内 2936-2943 bp + 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 9941828-9943165(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr07G003075 Chr07 NC_080393.1:32381066-32381073promoter 内 2936-2943 bp - 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 32382131-32382676(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr06G002980 Chr06 NC_080392.1:42615191-42615198promoter 内 2935-2942 bp + 1059 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 42616257-42617413(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr07G000042 Chr07 NC_080393.1:184407-184414promoter 内 2933-2940 bp + 1061 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 181448-183346(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr02G000016 Chr02 NC_080388.1:123527-123534promoter 内 2931-2938 bp - 1063 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 124597-127887(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT