转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002757; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00005037-RA_Salv SmilChr04G002757 MIKC_MADS XP_057807158.1 MP00272 ACTTTCCTTTTTTGG

可能结合的靶基因

9889 个结合位点 7172 个候选靶基因 第 7 / 144 下载 TSV

上一页 7 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003785 Chr03 NC_080389.1:56972520-56972534promoter 内 2173-2187 bp - 1814 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 56965623-56970706(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCTTTTTGGG
SmilChr05G003147 Chr05 NC_080391.1:40223149-40223163promoter 内 2167-2181 bp + 1820 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 40224983-40225652(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCTTTTTGGG
SmilChr01G003666 Chr01 NC_080387.1:55089765-55089779promoter 内 2156-2170 bp + 1831 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 55080249-55087934(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAAGA
SmilChr03G003787 Chr03 NC_080389.1:56972520-56972534promoter 内 2149-2163 bp - 1838 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 56969406-56970682(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCTTTTTGGG
SmilChr05G000846 Chr05 NC_080391.1:6680955-6680969promoter 内 2131-2145 bp - 1856 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 6682825-6684999(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAAGA
SmilChr01G005179 Chr01 NC_080387.1:69516305-69516319promoter 内 2109-2123 bp - 1878 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 69518197-69522787(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAAGA
SmilChr01G005121 Chr01 NC_080387.1:69015714-69015728promoter 内 2097-2111 bp - 1890 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 69017618-69022027(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAAGA
SmilChr05G002285 Chr05 NC_080391.1:24603850-24603864promoter 内 2094-2108 bp - 1893 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 24595185-24601957(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCTTTTTGGG
SmilChr04G003565 Chr04 NC_080390.1:52022132-52022146promoter 内 2090-2104 bp + 1897 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 52024043-52024115(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCTTTTTGGG
SmilChr03G003724 Chr03 NC_080389.1:56259661-56259675promoter 内 2050-2064 bp + 1937 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 56261612-56264124(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCTTTTTGGG
SmilChr05G001256 Chr05 NC_080391.1:10689999-10690013promoter 内 2037-2051 bp - 1950 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 10691963-10699580(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAAGA
SmilChr05G001973 Chr05 NC_080391.1:20370291-20370305promoter 内 1911-1925 bp - 2076 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 20372381-20374936(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAAGA
SmilChr05G000095 Chr05 NC_080391.1:555530-555544promoter 内 1904-1918 bp - 2083 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 557627-558726(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAAGA
SmilChr01G003573 Chr01 NC_080387.1:54298356-54298370promoter 内 1900-1914 bp - 2087 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 54294405-54296269(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCTTTTTGGG
SmilChr01G001278 Chr01 NC_080387.1:25579992-25580006promoter 内 1787-1801 bp - 2200 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 25577118-25577792(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCTTTTTGGG
SmilChr03G000999 Chr03 NC_080389.1:11322354-11322368promoter 内 1743-1757 bp + 2244 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 11318754-11320110(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAAGA
SmilChr03G001459 Chr03 NC_080389.1:17434578-17434592promoter 内 1659-1673 bp - 2328 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 17430410-17432250(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCTTTTTGGG
SmilChr05G004258 Chr05 NC_080391.1:56388725-56388739promoter 内 1627-1641 bp - 2360 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 56382501-56386365(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCTTTTTGGG
SmilChr04G003684 Chr04 NC_080390.1:53266780-53266794promoter 内 1623-1637 bp + 2364 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 53261147-53264416(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAAGA
SmilChr04G002669 Chr04 NC_080390.1:42076984-42076998promoter 内 1617-1631 bp - 2370 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 42070498-42074614(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCTTTTTGGG
SmilChr03G000166 Chr03 NC_080389.1:1818084-1818098promoter 内 1606-1620 bp - 2381 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 1820479-1822311(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAAGA
SmilChr01G005405 Chr01 NC_080387.1:71309687-71309701promoter 内 1562-1576 bp - 2425 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 71305825-71307262(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCTTTTTGGG
SmilChr03G002765 Chr03 NC_080389.1:43945816-43945830promoter 内 1533-1547 bp + 2454 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 43948284-43949415(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCTTTTTGGG
SmilChr01G003322 Chr01 NC_080387.1:51925548-51925562promoter 内 1515-1529 bp + 2472 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 51920813-51923076(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAAGA
SmilChr02G003233 Chr02 NC_080388.1:53604407-53604421promoter 内 1505-1519 bp - 2482 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 53600462-53601925(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCTTTTTGGG
SmilChr01G001007 Chr01 NC_080387.1:21188390-21188404promoter 内 1431-1445 bp - 2556 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 21190960-21191082(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAAGA
SmilChr05G002060 Chr05 NC_080391.1:21474867-21474881promoter 内 1420-1434 bp + 2567 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 21470801-21472300(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAAGA
SmilChr04G002422 Chr04 NC_080390.1:38858662-38858676promoter 内 1394-1408 bp + 2593 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 38861269-38866050(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCTTTTTGGG
SmilChr02G002714 Chr02 NC_080388.1:46981195-46981209promoter 内 1392-1406 bp + 2595 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 46983804-46987494(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCTTTTTGGG
SmilChr01G001279 Chr01 NC_080387.1:25579992-25580006promoter 内 1351-1365 bp - 2636 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 25582642-25586589(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAAGA
SmilChr03G001049 Chr03 NC_080389.1:12221887-12221901promoter 内 1351-1365 bp - 2636 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 12216912-12219251(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCTTTTTGGG
SmilChr06G000400 Chr06 NC_080392.1:3228996-3229010promoter 内 1351-1365 bp - 2636 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 3224979-3226360(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCTTTTTGGG
SmilChr01G001681 Chr01 NC_080387.1:31012084-31012098promoter 内 1346-1360 bp - 2641 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 31008781-31009443(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCTTTTTGGG
SmilChr03G000354 Chr03 NC_080389.1:3972899-3972913promoter 内 1343-1357 bp - 2644 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 3969357-3970255(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCTTTTTGGG
SmilChr03G002650 Chr03 NC_080389.1:42162521-42162535promoter 内 1304-1318 bp + 2683 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 42165218-42170027(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCTTTTTGGG
SmilChr03G000165 Chr03 NC_080389.1:1818084-1818098promoter 内 1262-1276 bp - 2725 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 1813038-1815359(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCTTTTTGGG
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