转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004106; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002787-RA_Salv SmilChr05G004106 WRKY XP_057810779.1 MP00260 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9706 个结合位点 5932 个候选靶基因 第 7 / 119 下载 TSV

上一页 7 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002719 Chr01 NC_080387.1:45467595-45467605promoter 内 2457-2467 bp + 1534 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 45469139-45471381(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAG
SmilChr02G002019 Chr02 NC_080388.1:36420191-36420201promoter 内 2456-2466 bp + 1535 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 36421736-36426106(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAG
SmilChr01G003491 Chr01 NC_080387.1:53461708-53461718promoter 内 2450-2460 bp + 1541 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 53457578-53460167(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTTT
SmilChr01G001050 Chr01 NC_080387.1:21845710-21845720promoter 内 2440-2450 bp + 1551 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 21847271-21850188(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAG
SmilChr02G003251 Chr02 NC_080388.1:53810786-53810796promoter 内 2327-2337 bp + 1664 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 53804462-53809122(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTTT
SmilChr02G002020 Chr02 NC_080388.1:36431313-36431323promoter 内 2193-2203 bp - 1798 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 36426847-36429515(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAG
SmilChr02G002299 Chr02 NC_080388.1:40579015-40579025promoter 内 2183-2193 bp - 1808 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 40580833-40588306(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTTT
SmilChr01G003259 Chr01 NC_080387.1:51291744-51291754promoter 内 2179-2189 bp + 1812 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 51293566-51296314(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAG
SmilChr01G003753 Chr01 NC_080387.1:55908793-55908803promoter 内 2045-2055 bp + 1946 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 55910749-55913422(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAG
SmilChr02G001637 Chr02 NC_080388.1:30375640-30375650promoter 内 2041-2051 bp - 1950 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 30377600-30380213(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGTTGACTTAT
SmilChr01G002311 Chr01 NC_080387.1:40086318-40086328promoter 内 1962-1972 bp + 2029 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 40088357-40090827(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAG
SmilChr02G003542 Chr02 NC_080388.1:56583698-56583708promoter 内 1960-1970 bp - 2031 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 56585739-56586593(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTTT
SmilChr02G002611 Chr02 NC_080388.1:45306134-45306144promoter 内 1833-1843 bp + 2158 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 45302269-45303976(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTTT
SmilChr01G003201 Chr01 NC_080387.1:50785475-50785485promoter 内 1825-1835 bp + 2166 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 50787651-50788924(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAG
SmilChr01G002417 Chr01 NC_080387.1:41587382-41587392promoter 内 1767-1777 bp - 2224 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 41561379-41585158(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAG
SmilChr01G002482 Chr01 NC_080387.1:42558220-42558230promoter 内 1625-1635 bp - 2366 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 42554436-42555854(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAG
SmilChr02G003788 Chr02 NC_080388.1:59524591-59524601promoter 内 1560-1570 bp + 2431 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 59527032-59529805(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAG
SmilChr01G000812 Chr01 NC_080387.1:17542590-17542600promoter 内 1530-1540 bp - 2461 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 17538360-17540129(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ATAAGTCAACG
SmilChr01G005052 Chr01 NC_080387.1:68467413-68467423promoter 内 1479-1489 bp - 2512 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 68469935-68470707(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTTT
SmilChr02G002365 Chr02 NC_080388.1:41448883-41448893promoter 内 1476-1486 bp - 2515 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 41451408-41452333(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTTT
SmilChr01G002544 Chr01 NC_080387.1:43528217-43528227promoter 内 1414-1424 bp + 2577 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 43525559-43525640(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTTT
SmilChr01G003258 Chr01 NC_080387.1:51291744-51291754promoter 内 1264-1274 bp + 2727 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 51287959-51289017(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTTT
SmilChr01G004512 Chr01 NC_080387.1:63231986-63231996promoter 内 1237-1247 bp + 2754 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 63234750-63236316(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAG
SmilChr02G000841 Chr02 NC_080388.1:14256267-14256277promoter 内 1227-1237 bp + 2764 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 14259041-14261920(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAG
SmilChr02G003601 Chr02 NC_080388.1:57249629-57249639promoter 内 1221-1231 bp - 2770 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 57243195-57246859(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAG
SmilChr01G004075 Chr01 NC_080387.1:59193091-59193101promoter 内 1183-1193 bp - 2808 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 59195909-59201102(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTTT
SmilChr02G003551 Chr02 NC_080388.1:56659004-56659014promoter 内 1065-1075 bp - 2926 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 56650319-56656078(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAG
SmilChr01G004337 Chr01 NC_080387.1:61495392-61495402promoter 内 885-895 bp - 3106 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 61489743-61492286(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAG
SmilChr01G005666 Chr01 NC_080387.1:72962298-72962308promoter 内 767-777 bp + 3224 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 72965532-72967767(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAG
SmilChr01G003657 Chr01 NC_080387.1:55008054-55008064promoter 内 722-732 bp - 3269 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 55011333-55013487(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTTT
SmilChr01G002041 Chr01 NC_080387.1:36089391-36089401promoter 内 716-726 bp - 3275 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 36082558-36086116(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAG
SmilChr01G005957 Chr01 NC_080387.1:75256668-75256678promoter 内 623-633 bp - 3368 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 75260046-75263014(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTTT
SmilChr02G003604 Chr02 NC_080388.1:57299364-57299374promoter 内 504-514 bp - 3487 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 57284584-57295877(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAG
SmilChr02G003605 Chr02 NC_080388.1:57299457-57299467promoter 内 457-467 bp + 3534 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 57303001-57304523(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAG
SmilChr02G003311 Chr02 NC_080388.1:54356844-54356854promoter 内 395-405 bp + 3596 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 54360450-54361312(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAG
SmilChr02G002914 Chr02 NC_080388.1:49446289-49446299promoter 内 386-396 bp + 3605 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 49449904-49450771(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAG
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