转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 70 / 128 下载 TSV

上一页 70 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G004106 Chr04 NC_080390.1:56020322-56020336promoter 内 2999-3013 bp - 988 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 56016397-56019334(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCGCGA
SmilChr04G003726 Chr04 NC_080390.1:53595558-53595572promoter 内 2860-2874 bp - 1127 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 53590583-53594431(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGACCCCACCGCCA
SmilChr05G001394 Chr05 NC_080391.1:12508413-12508427promoter 内 2520-2534 bp - 1467 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 12509894-12510662(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAAGGTG
SmilChr01G001652 Chr01 NC_080387.1:30587572-30587586promoter 内 3784-3798 bp + 203 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 30584215-30587369(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGATTG
SmilChr01G003433 Chr01 NC_080387.1:52958252-52958266promoter 内 3476-3490 bp + 511 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 52954056-52957741(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCGCCGC
SmilChr04G003388 Chr04 NC_080390.1:50441469-50441483promoter 内 3304-3318 bp + 683 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 50442166-50443160(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACGCCTCCACCGTCT
SmilChr04G003389 Chr04 NC_080390.1:50441469-50441483promoter 内 1876-1890 bp + 2111 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 50443594-50446240(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACGCCTCCACCGTCT
SmilChr01G006010 Chr01 NC_080387.1:75655576-75655590promoter 内 1507-1521 bp + 2480 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 75658070-75662073(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAACCTCCACCGCCG
SmilChr03G002843 Chr03 NC_080389.1:44976914-44976928promoter 内 778-792 bp - 3209 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 44971882-44973705(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CACCTTCCACCGCCG
SmilChr01G005311 Chr01 NC_080387.1:70364879-70364893promoter 内 475-489 bp + 3512 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 70360251-70361367(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGCGGC
SmilChr06G001490 Chr06 NC_080392.1:15927947-15927961promoter 内 445-459 bp - 3542 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 15922133-15924405(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAACCACCACCGCCC
SmilChr01G004411 Chr01 NC_080387.1:62210577-62210591promoter 内 90-104 bp - 3897 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 62214488-62219697(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGCGGCGA
SmilChr04G002540 Chr04 NC_080390.1:40667867-40667881promoter 内 3971-3985 bp + 16 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 40667897-40668488(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGGCGCCACCGCCC
SmilChr06G003243 Chr06 NC_080392.1:45122101-45122115promoter 内 3970-3984 bp - 17 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 45122132-45125587(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGCGGCGA
SmilChr08G001889 Chr08 NC_080394.1:16395333-16395347promoter 内 3767-3781 bp - 220 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 16395567-16396396(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAGTTGG
SmilChr06G003238 Chr06 NC_080392.1:45088456-45088470promoter 内 3707-3721 bp + 280 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 45081906-45088176(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGCTC
SmilChr02G001063 Chr02 NC_080388.1:18936206-18936220promoter 内 3593-3607 bp - 394 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 18936614-18940083(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGTAG
SmilChr03G001705 Chr03 NC_080389.1:22634093-22634107promoter 内 3570-3584 bp - 417 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 22634524-22635551(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGTCGA
SmilChr05G001479 Chr05 NC_080391.1:13564848-13564862promoter 内 3098-3112 bp + 889 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 13565751-13571047(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTCTTCCACCGCCA
SmilChr07G002927 Chr07 NC_080393.1:29631251-29631265promoter 内 3092-3106 bp + 895 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 29632160-29634763(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCCACCACCGCCA
SmilChr01G001584 Chr01 NC_080387.1:29863545-29863559promoter 内 3015-3029 bp + 972 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 29864531-29866855(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGTCGCCACCGCTA
SmilChr04G003017 Chr04 NC_080390.1:46554316-46554330promoter 内 2996-3010 bp + 991 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 46555321-46556903(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGTCGCCACCGCTG
SmilChr04G004144 Chr04 NC_080390.1:56197141-56197155promoter 内 2959-2973 bp - 1028 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 56198183-56201929(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCGGTGGAGGAGG
SmilChr07G001965 Chr07 NC_080393.1:17178777-17178791promoter 内 2955-2969 bp + 1032 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 17179823-17179904(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CACCTTCCACCGCCG
SmilChr04G001384 Chr04 NC_080390.1:22509876-22509890promoter 内 2889-2903 bp + 1098 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 22510988-22514581(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGTCGCCACCGCAG
SmilChr04G002383 Chr04 NC_080390.1:38372919-38372933promoter 内 2869-2883 bp - 1118 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 38369075-38371801(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACGTCCACCGTCG
SmilChr01G001708 Chr01 NC_080387.1:31501905-31501919promoter 内 2834-2848 bp + 1153 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 31503072-31504277(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAACCACCACCGCCG
SmilChr02G000082 Chr02 NC_080388.1:1079680-1079694promoter 内 2741-2755 bp + 1246 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 1080940-1082744(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCCGTCACCGCCG
SmilChr05G001936 Chr05 NC_080391.1:19704463-19704477promoter 内 2739-2753 bp + 1248 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 19705725-19708507(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGGCGCCACCGCTC
SmilChr05G002843 Chr05 NC_080391.1:33860049-33860063promoter 内 2725-2739 bp - 1262 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 33861325-33870252(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGTTA
SmilChr02G000698 Chr02 NC_080388.1:11120468-11120482promoter 内 2707-2721 bp + 1280 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 11114974-11119188(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGCCA
SmilChr08G001855 Chr08 NC_080394.1:15937056-15937070promoter 内 2428-2442 bp - 1559 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 15938629-15940076(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAAGGTG
SmilChr03G004449 Chr03 NC_080389.1:62622716-62622730promoter 内 2390-2404 bp + 1597 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 62624327-62627720(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGGCGCCACCGCTG
SmilChr02G001399 Chr02 NC_080388.1:26573810-26573824promoter 内 2264-2278 bp + 1723 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 26575547-26585582(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CACCTTCCACCGCCG
SmilChr02G002629 Chr02 NC_080388.1:45644117-45644131promoter 内 2236-2250 bp + 1751 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 45640897-45642366(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGGCT
SmilChr01G001430 Chr01 NC_080387.1:27950068-27950082promoter 内 2179-2193 bp + 1808 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 27946848-27948260(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGGCT
SmilChr02G001362 Chr02 NC_080388.1:25534694-25534708promoter 内 2115-2129 bp + 1872 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 25531465-25532822(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGGCT
SmilChr03G003044 Chr03 NC_080389.1:47344236-47344250promoter 内 2027-2041 bp + 1960 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 47340689-47342276(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GTGCGGTGGCGGCGG
SmilChr08G003523 Chr08 NC_080394.1:37838665-37838679promoter 内 1988-2002 bp + 1999 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 37836183-37836666(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGTTG
SmilChr01G000332 Chr01 NC_080387.1:6768948-6768962promoter 内 1720-1734 bp - 2267 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 6771229-6774681(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGCCGGTGG
SmilChr02G004037 Chr02 NC_080388.1:62674878-62674892promoter 内 1685-1699 bp + 2302 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 62664740-62672576(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAAGGTG
SmilChr03G003492 Chr03 NC_080389.1:53491817-53491831promoter 内 1665-1679 bp - 2322 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 53484523-53489495(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CACCTTCCACCGCCG
SmilChr08G002752 Chr08 NC_080394.1:27183447-27183461promoter 内 1435-1449 bp - 2552 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 27177960-27180895(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGCCCGCCACCGCCG
SmilChr08G003062 Chr08 NC_080394.1:30767320-30767334promoter 内 1322-1336 bp + 2665 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 30769999-30772942(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCCACCACCGCCA
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SmilChr08G001445 Chr08 NC_080394.1:11613365-11613379promoter 内 1211-1225 bp + 2776 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 11616155-11617321(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTACCACCACCGCCC
SmilChr02G002207 Chr02 NC_080388.1:39335655-39335669promoter 内 1131-1145 bp - 2856 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 39330199-39332799(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CACCTTCCACCGCCG
SmilChr02G002683 Chr02 NC_080388.1:46482216-46482230promoter 内 1092-1106 bp - 2895 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 46474207-46479321(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CACCTTCCACCGCCG
SmilChr03G000417 Chr03 NC_080389.1:4496975-4496989promoter 内 990-1004 bp - 2997 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 4499986-4500669(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGACCG