转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 70 / 135 下载 TSV

上一页 70 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005475 Chr01 NC_080387.1:71743464-71743478promoter 内 1135-1149 bp - 2852 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 71734846-71740612(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGCTTCTTATCCAT
SmilChr02G002346 Chr02 NC_080388.1:41238328-41238342promoter 内 1073-1087 bp + 2914 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 41234565-41235414(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTAGATAAGGGGAAA
SmilChr02G001200 Chr02 NC_080388.1:22144367-22144381promoter 内 1064-1078 bp - 2923 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 22140193-22141444(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGATTCTTATCCCT
SmilChr02G000610 Chr02 NC_080388.1:8915530-8915544promoter 内 1052-1066 bp - 2935 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 8918479-8918931(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTGATAAGGAAAGT
SmilChr02G000372 Chr02 NC_080388.1:4710166-4710180promoter 内 1049-1063 bp + 2938 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 4713118-4719768(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTCTTCCTTATCATA
SmilChr02G003248 Chr02 NC_080388.1:53747707-53747721promoter 内 1045-1059 bp - 2942 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 53743126-53744765(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACTTTCCTTATCAAA
SmilChr01G000885 Chr01 NC_080387.1:18897642-18897656promoter 内 995-1009 bp - 2992 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 18882476-18894650(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATTTTCTTATCCCA
SmilChr01G001755 Chr01 NC_080387.1:32280799-32280813promoter 内 946-960 bp - 3041 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 32270976-32277758(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACTTTCCTTATCAAA
SmilChr01G004383 Chr01 NC_080387.1:62007562-62007576promoter 内 935-949 bp - 3052 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 62010628-62013104(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGCTAAAC
SmilChr01G004110 Chr01 NC_080387.1:59612325-59612339promoter 内 914-928 bp + 3073 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 59608054-59609252(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTGATAAGGAAAGT
SmilChr03G001640 Chr03 NC_080389.1:21161589-21161603promoter 内 863-877 bp + 3124 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 21157842-21158465(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATGACATC
SmilChr02G004139 Chr02 NC_080388.1:63672453-63672467promoter 内 857-871 bp + 3130 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 63668533-63669323(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTGATAAGGAAAGT
SmilChr01G001179 Chr01 NC_080387.1:23846939-23846953promoter 内 734-748 bp + 3253 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 23836130-23843686(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAAGATGAGGTTAAG
SmilChr01G000432 Chr01 NC_080387.1:8653526-8653540promoter 内 697-711 bp + 3290 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 8643226-8650236(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATAGATAAGGCTTAC
SmilChr02G003827 Chr02 NC_080388.1:59930674-59930688promoter 内 569-583 bp - 3418 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 59934106-59935911(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAGAGTAAC
SmilChr02G001393 Chr02 NC_080388.1:26463352-26463366promoter 内 536-550 bp - 3451 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 26466817-26470187(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGAACACT
SmilChr01G004795 Chr01 NC_080387.1:66177986-66178000promoter 内 523-537 bp + 3464 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 66181464-66183723(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACTGCCTTATCTCC
SmilChr01G003245 Chr01 NC_080387.1:51186838-51186852promoter 内 378-392 bp + 3609 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 51190461-51192069(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGAAGCTTATCCTA
SmilChr01G005151 Chr01 NC_080387.1:69301084-69301098promoter 内 324-338 bp - 3663 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 69287163-69297421(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACTTTCCTTATCAAA
SmilChr02G005143 Chr02 NC_080388.1:72842003-72842017promoter 内 300-314 bp + 3687 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 72835906-72838316(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATATTTTC
SmilChr01G002961 Chr01 NC_080387.1:48511322-48511336promoter 内 184-198 bp - 3803 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 48506974-48507519(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACTTTCCTTATCAAA
SmilChr01G004864 Chr01 NC_080387.1:66781286-66781300promoter 内 128-142 bp - 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 66774740-66777427(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCCCGCCTTATCTTT
SmilChr01G002071 Chr01 NC_080387.1:36578061-36578075promoter 内 93-107 bp - 3894 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 36581969-36584586(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGACCATC
SmilChr01G004841 Chr01 NC_080387.1:66546129-66546143promoter 内 75-89 bp + 3912 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 66534842-66542217(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAGATAAGGAGAAA
SmilChr01G005259 Chr01 NC_080387.1:70083866-70083880promoter 内 71-85 bp - 3916 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 70079283-70079950(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGTCGCCTTATCCAA
SmilChr01G001756 Chr01 NC_080387.1:32280799-32280813promoter 内 69-83 bp - 3918 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 32284731-32285862(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTGATAAGGAAAGT
SmilChr01G004072 Chr01 NC_080387.1:59129403-59129417promoter 内 66-80 bp + 3921 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 59120898-59125482(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAAGATAAGGATTCG
SmilChr01G001529 Chr01 NC_080387.1:29285921-29285935promoter 内 2360-2374 bp + 1627 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 16 29287562-29290363(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTATTGTTATCCTT
SmilChr02G001825 Chr02 NC_080388.1:33284158-33284172promoter 内 3118-3132 bp - 869 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 9 33281548-33283289(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATCACTCTTATCCAA
SmilChr01G003250 Chr01 NC_080387.1:51216568-51216582promoter 内 1013-1027 bp + 2974 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 5 51219556-51221377(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGTCCTTATCCCT
SmilChr02G000498 Chr02 NC_080388.1:6862736-6862750promoter 内 2499-2513 bp - 1488 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 4 6864238-6867223(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGCTTGCA
SmilChr01G001139 Chr01 NC_080387.1:23187826-23187840promoter 内 3475-3489 bp + 512 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 23188352-23191802(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GACGACGTTATCCTA
SmilChr01G000610 Chr01 NC_080387.1:13493599-13493613promoter 内 3451-3465 bp - 536 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 13489710-13493063(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GACGACGTTATCCTA
SmilChr02G000669 Chr02 NC_080388.1:10333473-10333487promoter 内 3205-3219 bp - 782 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 10334269-10336147(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGAAAAGA
SmilChr03G002340 Chr03 NC_080389.1:36890026-36890040promoter 内 2920-2934 bp + 1067 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 36885893-36888959(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATGATAAGGAGAAT
SmilChr01G000301 Chr01 NC_080387.1:5911228-5911242promoter 内 2644-2658 bp + 1343 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 5906524-5909885(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGCTTGCA
SmilChr03G002734 Chr03 NC_080389.1:43439080-43439094promoter 内 1404-1418 bp + 2583 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 43441677-43449727(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTGCCCCTTATCTTC
SmilChr02G001316 Chr02 NC_080388.1:24477288-24477302promoter 内 676-690 bp + 3311 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 24470867-24473977(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGCTTGCA
SmilChr02G005011 Chr02 NC_080388.1:71905865-71905879promoter 内 548-562 bp + 3439 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 71909318-71912747(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACTTCATTATCCTT
SmilChr01G002552 Chr01 NC_080387.1:43613182-43613196promoter 内 276-290 bp + 3711 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 43616907-43618214(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATTTTCTTATCCGA
SmilChr02G004873 Chr02 NC_080388.1:70815993-70816007promoter 内 3813-3827 bp + 174 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 70807608-70815819(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATGATAAGGTAACT
SmilChr01G005540 Chr01 NC_080387.1:72230712-72230726promoter 内 3660-3674 bp + 327 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 72229168-72230385(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGATGCCT
SmilChr02G001841 Chr02 NC_080388.1:33559671-33559685promoter 内 3512-3526 bp + 475 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 33560160-33563864(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GACGACGTTATCCTA
SmilChr02G003630 Chr02 NC_080388.1:57642594-57642608promoter 内 3397-3411 bp + 590 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 57636422-57642004(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATAAAGAG
SmilChr01G001438 Chr01 NC_080387.1:28050025-28050039promoter 内 3341-3355 bp - 646 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 28049219-28049379(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGAGATCTTATCCAA
SmilChr03G000833 Chr03 NC_080389.1:9559184-9559198promoter 内 3260-3274 bp + 727 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 9556772-9558457(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGATAAGAAATTG
SmilChr02G000935 Chr02 NC_080388.1:16331474-16331488promoter 内 2725-2739 bp + 1262 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 16332750-16336805(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAAACCCTTATCTCC
SmilChr01G000277 Chr01 NC_080387.1:5477786-5477800promoter 内 2690-2704 bp - 1297 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 5471634-5476489(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGCATCTTATCCCT
SmilChr02G003115 Chr02 NC_080388.1:52141517-52141531promoter 内 2344-2358 bp + 1643 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 52139768-52139874(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGGGATAAGCTTCAA
SmilChr01G002327 Chr01 NC_080387.1:40416683-40416697promoter 内 2281-2295 bp + 1706 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 40413969-40414977(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATGATAAGGTGGTC