转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000741; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002054-RA_Salv SmilChr05G000741 ARF XP_057764423.1 MP00021 TTGTCGGAAA

可能结合的靶基因

9812 个结合位点 7629 个候选靶基因 第 71 / 153 下载 TSV

上一页 71 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002606 Chr01 NC_080387.1:44250723-44250732promoter 内 1745-1754 bp - 2247 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 44252979-44255412(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 AGTCCGACAC
SmilChr02G004519 Chr02 NC_080388.1:67712933-67712942promoter 内 1703-1712 bp + 2289 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 67710207-67710644(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 AGTCCGACAC
SmilChr03G000514 Chr03 NC_080389.1:5527241-5527250promoter 内 1689-1698 bp - 2303 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 5529553-5551350(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACGCCGACAA
SmilChr04G003712 Chr04 NC_080390.1:53420175-53420184promoter 内 1637-1646 bp - 2355 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 53422539-53424369(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACGCCGACAA
SmilChr03G001339 Chr03 NC_080389.1:15626173-15626182promoter 内 1318-1327 bp + 2674 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 15628856-15634931(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGACT
SmilChr03G000888 Chr03 NC_080389.1:10131264-10131273promoter 内 1205-1214 bp + 2787 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 10134060-10138604(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGCGT
SmilChr04G002555 Chr04 NC_080390.1:40864556-40864565promoter 内 1204-1213 bp + 2788 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 40867353-40870508(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGCGT
SmilChr01G000051 Chr01 NC_080387.1:827604-827613promoter 内 1180-1189 bp + 2812 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 823676-824792(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 AGTCCGACAC
SmilChr01G002738 Chr01 NC_080387.1:45696735-45696744promoter 内 1022-1031 bp + 2970 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 45699714-45699833(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGACT
SmilChr03G004088 Chr03 NC_080389.1:59782483-59782492promoter 内 788-797 bp + 3204 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 59775918-59779279(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 AGTCCGACAC
SmilChr02G003230 Chr02 NC_080388.1:53572148-53572157promoter 内 587-596 bp + 3405 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 53575562-53577213(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGACT
SmilChr02G000824 Chr02 NC_080388.1:13861656-13861665promoter 内 455-464 bp - 3537 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 13854850-13858119(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGACT
SmilChr04G003047 Chr04 NC_080390.1:47013038-47013047promoter 内 430-439 bp - 3562 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 47004320-47009476(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGACT
SmilChr01G001951 Chr01 NC_080387.1:34723681-34723690promoter 内 334-343 bp + 3658 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 34727348-34728983(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGACT
SmilChr04G003168 Chr04 NC_080390.1:48303740-48303749promoter 内 269-278 bp + 3723 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 48307472-48311809(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGACT
SmilChr04G001896 Chr04 NC_080390.1:30984874-30984883promoter 内 252-261 bp - 3740 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 30980469-30981134(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGCGT
SmilChr03G000988 Chr03 NC_080389.1:11190290-11190299promoter 内 237-246 bp - 3755 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 11194054-11216604(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACGCCGACAA
SmilChr01G000737 Chr01 NC_080387.1:16344486-16344495promoter 内 157-166 bp - 3835 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 16337692-16340651(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGCGT
SmilChr04G002977 Chr04 NC_080390.1:46161466-46161475promoter 内 145-154 bp + 3847 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 46156568-46157619(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACGCCGACAA
SmilChr01G001466 Chr01 NC_080387.1:28449122-28449131promoter 内 114-123 bp + 3878 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 28453009-28456605(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGCGT
SmilChr01G001487 Chr01 NC_080387.1:28662081-28662090promoter 内 99-108 bp + 3893 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 28653686-28658188(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 AGTCCGACAC
SmilChr04G003526 Chr04 NC_080390.1:51638940-51638949promoter 内 91-100 bp + 3901 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 51642850-51644662(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGACT
SmilChr05G002024 Chr05 NC_080391.1:21003256-21003265promoter 内 70-79 bp - 3922 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 21007187-21010120(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACGCCGACAA
SmilChr01G005821 Chr01 NC_080387.1:74214761-74214770promoter 内 69-78 bp - 3923 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 74207215-74210838(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGACT
SmilChr01G005179 Chr01 NC_080387.1:69514229-69514238promoter 内 33-42 bp - 3959 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 69518197-69522787(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 AGTCCGACAC
SmilChr02G001869 Chr02 NC_080388.1:33985631-33985640promoter 内 31-40 bp - 3961 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 33979922-33981670(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGACT
SmilChr01G000386 Chr01 NC_080387.1:7970132-7970141promoter 内 3183-3192 bp - 809 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 7966289-7969323(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGATA
SmilChr03G003263 Chr03 NC_080389.1:50546327-50546336promoter 内 3787-3796 bp - 205 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 50546541-50558684(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TATCCGACAC
SmilChr01G005341 Chr01 NC_080387.1:70627740-70627749promoter 内 3142-3151 bp + 850 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 70628599-70630450(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGATA
SmilChr01G000216 Chr01 NC_080387.1:3783022-3783031promoter 内 2944-2953 bp + 1048 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 3784079-3786946(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGATA
SmilChr05G000782 Chr05 NC_080391.1:6101683-6101692promoter 内 2928-2937 bp + 1064 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 6098239-6100619(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TATCCGACAC
SmilChr02G003712 Chr02 NC_080388.1:58701203-58701212promoter 内 2923-2932 bp + 1069 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 58696385-58700134(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TATCCGACAC
SmilChr01G000317 Chr01 NC_080387.1:6167681-6167690promoter 内 2095-2104 bp + 1897 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 6163128-6165784(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TATCCGACAC
SmilChr03G003822 Chr03 NC_080389.1:57275505-57275514promoter 内 1527-1536 bp - 2465 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 57265123-57273040(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGATA
SmilChr01G002793 Chr01 NC_080387.1:46445021-46445030promoter 内 1479-1488 bp - 2513 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 46437765-46442508(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGATA
SmilChr01G005313 Chr01 NC_080387.1:70386694-70386703promoter 内 1350-1359 bp - 2642 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 70389345-70389935(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TATCCGACAC
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