转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 71 / 134 下载 TSV

上一页 71 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G002115 Chr05 NC_080391.1:22200625-22200639promoter 内 1374-1388 bp + 2613 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 22203252-22205949(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGACACCGACATTA
SmilChr04G004066 Chr04 NC_080390.1:55785879-55785893promoter 内 1232-1246 bp + 2755 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 55779818-55783124(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCGTGTCGGCGTGCA
SmilChr04G004068 Chr04 NC_080390.1:55785879-55785893promoter 内 815-829 bp + 3172 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 55789065-55793398(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGCACGCCGACACGA
SmilChr01G002624 Chr01 NC_080387.1:44514734-44514748promoter 内 398-412 bp + 3589 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 44508084-44511145(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAATGTCGGCACAAA
SmilChr06G003022 Chr06 NC_080392.1:43078087-43078101promoter 内 3971-3985 bp - 16 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 43078117-43082287(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CATTGTCGGCAAAGC
SmilChr06G000814 Chr06 NC_080392.1:7683496-7683510promoter 内 3869-3883 bp + 118 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 7679903-7683378(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAGTGTCGGCGAGCC
SmilChr03G004751 Chr03 NC_080389.1:64595084-64595098promoter 内 3828-3842 bp + 159 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 64595257-64596262(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CACCTGCCGACACTA
SmilChr01G004041 Chr01 NC_080387.1:58823446-58823460promoter 内 3825-3839 bp + 162 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 58823622-58827516(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGGCTACCGACATTT
SmilChr03G002709 Chr03 NC_080389.1:43048186-43048200promoter 内 3744-3758 bp + 243 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 43048443-43049618(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTTGTGCCGACGTGG
SmilChr08G000919 Chr08 NC_080394.1:6792826-6792840promoter 内 3686-3700 bp - 301 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 6793141-6793905(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACATGTCGGTAATTT
SmilChr04G003204 Chr04 NC_080390.1:48877802-48877816promoter 内 3663-3677 bp + 324 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 48878140-48878934(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTTTGACCGACATTA
SmilChr03G000617 Chr03 NC_080389.1:6814378-6814392promoter 内 3645-3659 bp - 342 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 6812419-6814036(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAATTACCGACATTG
SmilChr07G002048 Chr07 NC_080393.1:18602964-18602978promoter 内 3608-3622 bp - 379 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 18601491-18602585(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTTGTGCCGACGTGG
SmilChr01G001953 Chr01 NC_080387.1:34742517-34742531promoter 内 3578-3592 bp + 409 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 34739024-34742108(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATATGTCGGCACGTC
SmilChr04G000410 Chr04 NC_080390.1:4287342-4287356promoter 内 3555-3569 bp - 432 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 4285069-4286910(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTCTTGCCGACACAA
SmilChr07G004578 Chr07 NC_080393.1:58569443-58569457promoter 内 3532-3546 bp - 455 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 58569912-58570741(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCACGTCGGCAAATT
SmilChr05G002673 Chr05 NC_080391.1:30207461-30207475promoter 内 3523-3537 bp + 464 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 30206002-30206997(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTTTGTCGGCAGTGC
SmilChr04G000278 Chr04 NC_080390.1:2547569-2547583promoter 内 3509-3523 bp + 478 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 2548061-2548459(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGTTGCCGACGAGA
SmilChr04G003012 Chr04 NC_080390.1:46520156-46520170promoter 内 3496-3510 bp - 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 46518724-46519665(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTTTGACCGACATTA
SmilChr02G003236 Chr02 NC_080388.1:53635780-53635794promoter 内 3457-3471 bp - 530 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 53636324-53638451(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGGCGTCGGCAGCCT
SmilChr08G000810 Chr08 NC_080394.1:5964558-5964572promoter 内 3426-3440 bp + 561 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 5965133-5969214(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCACAACCGACATAC
SmilChr08G003037 Chr08 NC_080394.1:30549238-30549252promoter 内 3425-3439 bp - 562 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 30547976-30548676(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTACAACCGACATCA
SmilChr03G002355 Chr03 NC_080389.1:37178105-37178119promoter 内 3400-3414 bp + 587 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 37173624-37177518(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCATGTCGGTCTAAA
SmilChr01G001856 Chr01 NC_080387.1:33513333-33513347promoter 内 3375-3389 bp + 612 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 33511321-33512721(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGAGGTCGGCATTGG
SmilChr08G002878 Chr08 NC_080394.1:28679812-28679826promoter 内 3343-3357 bp - 644 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 28680470-28681361(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAATGTCGGCTACTA
SmilChr04G002224 Chr04 NC_080390.1:35964382-35964396promoter 内 3335-3349 bp - 652 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 35965048-35967050(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGTGTCGGCCCGCA
SmilChr07G001431 Chr07 NC_080393.1:11110284-11110298promoter 内 3274-3288 bp - 713 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 11111011-11112702(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGGTGTCGGCCTCGC
SmilChr02G001713 Chr02 NC_080388.1:31519166-31519180promoter 内 3212-3226 bp + 775 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 31519955-31524235(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTTCTGCCGACGTTG
SmilChr03G000327 Chr03 NC_080389.1:3733052-3733066promoter 内 3186-3200 bp - 801 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 3733867-3734983(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAATGTCGGCCTTGC
SmilChr02G004595 Chr02 NC_080388.1:68465972-68465986promoter 内 3065-3079 bp - 922 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 68466908-68473833(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTGTGTCGGCAAGCC
SmilChr01G004168 Chr01 NC_080387.1:60181906-60181920promoter 内 3045-3059 bp - 942 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 60182862-60184442(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGTTGTCGGCACAGT
SmilChr04G001307 Chr04 NC_080390.1:20862207-20862221promoter 内 3026-3040 bp + 961 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 20859819-20861246(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTGTGTCGGCACCGT
SmilChr01G005539 Chr01 NC_080387.1:72225164-72225178promoter 内 3021-3035 bp + 966 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 72226144-72227093(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCAATGCCGACCTCC
SmilChr08G003711 Chr08 NC_080394.1:41697449-41697463promoter 内 2928-2942 bp - 1059 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 41698522-41705140(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCTTGTCGGCCATGT
SmilChr06G001512 Chr06 NC_080392.1:16181235-16181249promoter 内 2832-2846 bp + 1155 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 16182404-16184746(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTGTGGCCGACACAC
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