转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005012; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013472-RA_Salv SmilChr02G005012 TALE XP_057792191.1 MP00670 AGTGACGGCA

可能结合的靶基因

9906 个结合位点 7758 个候选靶基因 第 72 / 156 下载 TSV

上一页 72 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002944 Chr03 NC_080389.1:46176227-46176236promoter 内 1826-1835 bp - 2166 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 46168929-46174061(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GTTGACGGCG
SmilChr03G001622 Chr03 NC_080389.1:20795821-20795830promoter 内 1824-1833 bp - 2168 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 20789933-20793653(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGGT
SmilChr06G000792 Chr06 NC_080392.1:7454912-7454921promoter 内 1820-1829 bp + 2172 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 7457093-7462208(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGGA
SmilChr05G003701 Chr05 NC_080391.1:50106783-50106792promoter 内 1816-1825 bp - 2176 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 50108968-50111515(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCAAC
SmilChr06G000770 Chr06 NC_080392.1:7196282-7196291promoter 内 1800-1809 bp + 2192 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 7198483-7202522(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GTTGACGGCG
SmilChr04G002925 Chr04 NC_080390.1:45521902-45521911promoter 内 1789-1798 bp + 2203 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 45518617-45519699(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCATT
SmilChr05G003144 Chr05 NC_080391.1:40110918-40110927promoter 内 1787-1796 bp - 2205 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 40105641-40108713(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGGT
SmilChr03G000340 Chr03 NC_080389.1:3869487-3869496promoter 内 1785-1794 bp + 2207 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 3859136-3867280(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCAAC
SmilChr01G004409 Chr01 NC_080387.1:62183516-62183525promoter 内 1777-1786 bp - 2215 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 62185740-62186561(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TCCCGTCACT
SmilChr05G004305 Chr05 NC_080391.1:56767780-56767789promoter 内 1704-1713 bp - 2288 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 56760473-56765492(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AATGACGGCT
SmilChr05G000246 Chr05 NC_080391.1:1894569-1894578promoter 内 1703-1712 bp + 2289 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 1881277-1892280(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCAAT
SmilChr05G003983 Chr05 NC_080391.1:53629270-53629279promoter 内 1693-1702 bp - 2299 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 53626158-53626971(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGGT
SmilChr04G003600 Chr04 NC_080390.1:52438628-52438637promoter 内 1680-1689 bp - 2312 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 52435289-52436316(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AATGACGGCT
SmilChr04G002223 Chr04 NC_080390.1:35923822-35923831promoter 内 1672-1681 bp + 2320 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 35919337-35921502(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCATT
SmilChr02G004542 Chr02 NC_080388.1:67992159-67992168promoter 内 1668-1677 bp - 2324 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 67988961-67989835(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGGA
SmilChr01G004825 Chr01 NC_080387.1:66417270-66417279promoter 内 1625-1634 bp - 2367 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 66419646-66425315(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCATT
SmilChr01G001003 Chr01 NC_080387.1:21117925-21117934promoter 内 1624-1633 bp - 2368 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 21120302-21128904(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCAAC
SmilChr06G001998 Chr06 NC_080392.1:25514861-25514870promoter 内 1619-1628 bp - 2373 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 25511895-25512488(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GTTGACGGCG
SmilChr05G001764 Chr05 NC_080391.1:17357298-17357307promoter 内 1618-1627 bp - 2374 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 17359681-17362463(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCATT
SmilChr04G000762 Chr04 NC_080390.1:9300609-9300618promoter 内 1612-1621 bp + 2380 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 9302998-9308636(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGGT
SmilChr05G001336 Chr05 NC_080391.1:11759320-11759329promoter 内 1570-1579 bp + 2422 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 11761751-11762999(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GTTGACGGCG
SmilChr04G000969 Chr04 NC_080390.1:13018729-13018738promoter 内 1567-1576 bp - 2425 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 13021163-13023931(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ACCCGTCACC
SmilChr02G001574 Chr02 NC_080388.1:29244368-29244377promoter 内 1564-1573 bp + 2428 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 29239110-29241940(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ACCCGTCACC
SmilChr05G000523 Chr05 NC_080391.1:4017304-4017313promoter 内 1551-1560 bp - 2441 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 4012772-4014863(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GTTGACGGCG
SmilChr05G001700 Chr05 NC_080391.1:16205674-16205683promoter 内 1546-1555 bp - 2446 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 16208129-16212518(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCAAC
SmilChr03G000388 Chr03 NC_080389.1:4292091-4292100promoter 内 1528-1537 bp - 2464 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 4294564-4296912(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCATT
SmilChr01G001829 Chr01 NC_080387.1:33233758-33233767promoter 内 1523-1532 bp - 2469 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 33227865-33231289(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGGA
SmilChr04G001345 Chr04 NC_080390.1:21816841-21816850promoter 内 1463-1472 bp + 2529 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 21811613-21814312(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCAAC
SmilChr05G002834 Chr05 NC_080391.1:33670365-33670374promoter 内 1460-1469 bp + 2532 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 33672906-33673379(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GTTGACGGCC
SmilChr05G001631 Chr05 NC_080391.1:15240511-15240520promoter 内 1451-1460 bp - 2541 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 15234079-15237970(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGGA
SmilChr03G003220 Chr03 NC_080389.1:49837875-49837884promoter 内 1402-1411 bp - 2590 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 49833183-49835285(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GTTGACGGCG
SmilChr05G000476 Chr05 NC_080391.1:3657242-3657251promoter 内 1385-1394 bp + 2607 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 3659858-3662144(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGGT
SmilChr06G001302 Chr06 NC_080392.1:13553082-13553091promoter 内 1383-1392 bp + 2609 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 13555700-13556164(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ATTGACGGCT
SmilChr03G001511 Chr03 NC_080389.1:18523487-18523496promoter 内 1375-1384 bp - 2617 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 18517639-18520870(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AATGACGGCT
SmilChr05G004141 Chr05 NC_080391.1:55375735-55375744promoter 内 1363-1372 bp - 2629 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 55371173-55373106(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ATTGACGGCT
SmilChr03G000820 Chr03 NC_080389.1:9402872-9402881promoter 内 1341-1350 bp + 2651 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 9397138-9400221(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGCCGTCAAC
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