转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 73 / 142 下载 TSV

上一页 73 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G003388 Chr05 NC_080391.1:44908232-44908246promoter 内 2797-2811 bp + 1190 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 44909436-44910312(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATACCTACCCCACC
SmilChr08G001837 Chr08 NC_080394.1:15740526-15740540promoter 内 2740-2754 bp - 1247 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 15741787-15742274(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTGAGGTAGGTAGT
SmilChr02G001738 Chr02 NC_080388.1:31947150-31947164promoter 内 2706-2720 bp + 1281 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 31948445-31952967(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTACCAT
SmilChr05G002295 Chr05 NC_080391.1:24785858-24785872promoter 内 2611-2625 bp - 1376 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 24783298-24784482(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATACCTACCGAAAC
SmilChr01G004006 Chr01 NC_080387.1:58442407-58442421promoter 内 2491-2505 bp - 1496 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 58443917-58449671(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTCGTGGTAGTTATG
SmilChr05G002733 Chr05 NC_080391.1:31466809-31466823promoter 内 2479-2493 bp + 1508 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 31468331-31469217(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTGCCGA
SmilChr01G000722 Chr01 NC_080387.1:16151680-16151694promoter 内 2401-2415 bp - 1586 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 16148191-16150094(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATACCTACCGAAAC
SmilChr03G002909 Chr03 NC_080389.1:45854429-45854443promoter 内 2376-2390 bp - 1611 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 45856054-45858775(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTTTCGGTAGGTATA
SmilChr03G004013 Chr03 NC_080389.1:59118853-59118867promoter 内 2369-2383 bp + 1618 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 59110313-59117235(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAAGTGGTAGTTGCA
SmilChr02G001737 Chr02 NC_080388.1:31947150-31947164promoter 内 2365-2379 bp + 1622 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 31944839-31945528(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGGTAGTAGGTGAA
SmilChr08G001305 Chr08 NC_080394.1:10417421-10417435promoter 内 2365-2379 bp + 1622 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 10411894-10415799(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGCAGTTGGG
SmilChr01G002920 Chr01 NC_080387.1:47974493-47974507promoter 内 2347-2361 bp - 1640 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 47970777-47972853(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCAAACA
SmilChr01G000907 Chr01 NC_080387.1:19146643-19146657promoter 内 2221-2235 bp + 1766 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 19142241-19144877(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAGGGAGTAGGTGGA
SmilChr06G001675 Chr06 NC_080392.1:19017103-19017117promoter 内 2183-2197 bp + 1804 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 19018921-19023592(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTAACCATTC
SmilChr07G004667 Chr07 NC_080393.1:59578394-59578408promoter 内 2121-2135 bp + 1866 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 59580274-59586853(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTACCTACCAAATT
SmilChr07G003063 Chr07 NC_080393.1:32036991-32037005promoter 内 2092-2106 bp + 1895 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 32038900-32041591(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACACCTACCACATG
SmilChr08G002926 Chr08 NC_080394.1:29327622-29327636promoter 内 1924-1938 bp + 2063 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 29323178-29325559(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCATGGTAGGTAGA
SmilChr08G002566 Chr08 NC_080394.1:24996500-24996514promoter 内 1904-1918 bp + 2083 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 24998597-25000654(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTCGGT
SmilChr05G003981 Chr05 NC_080391.1:53621325-53621339promoter 内 1852-1866 bp + 2135 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 53611395-53619190(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TAAACGGTAGGTAGA
SmilChr05G002883 Chr05 NC_080391.1:34532545-34532559promoter 内 1814-1828 bp + 2173 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 34534732-34535544(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATACCTACCGAAAC
SmilChr03G003601 Chr03 NC_080389.1:54649117-54649131promoter 内 1773-1787 bp + 2214 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 54645464-54646903(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTGGTGGTAGTTGCT
SmilChr08G000673 Chr08 NC_080394.1:4997760-4997774promoter 内 1721-1735 bp - 2266 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 4989685-4995494(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTGAAC
SmilChr08G002565 Chr08 NC_080394.1:24996500-24996514promoter 内 1712-1726 bp + 2275 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 24991426-24994225(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCGAGGTAGGTGTA
SmilChr08G001978 Chr08 NC_080394.1:17498542-17498556promoter 内 1683-1697 bp + 2304 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 17493079-17496238(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGAGTGGTAGGTAAT
SmilChr08G002484 Chr08 NC_080394.1:23746378-23746392promoter 内 1678-1692 bp + 2309 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 23748701-23750736(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTAACTACCACATG
SmilChr02G004747 Chr02 NC_080388.1:69681973-69681987promoter 内 1627-1641 bp - 2360 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 69674212-69679613(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACAACTACCACATC
SmilChr05G004043 Chr05 NC_080391.1:54400782-54400796promoter 内 1600-1614 bp - 2387 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 54403183-54406583(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTCTGGTAGGTACA
SmilChr01G002939 Chr01 NC_080387.1:48175430-48175444promoter 内 1557-1571 bp + 2430 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 48165428-48173000(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTTTCGGTAGGTATA
SmilChr02G001860 Chr02 NC_080388.1:33829194-33829208promoter 内 1531-1545 bp + 2456 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 33825683-33826738(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CAGAGGGTAGGTAGA
SmilChr01G001644 Chr01 NC_080387.1:30473093-30473107promoter 内 1346-1360 bp - 2641 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 30468589-30470452(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATACCTACCGAAAC
SmilChr06G002180 Chr06 NC_080392.1:30039334-30039348promoter 内 1312-1326 bp - 2675 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 30042023-30043574(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTATTAGTAGGTGGA
SmilChr07G002937 Chr07 NC_080393.1:29745644-29745658promoter 内 1244-1258 bp - 2743 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 29748401-29752422(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TAGACGGTAGGTAAA
SmilChr01G003540 Chr01 NC_080387.1:54000079-54000093promoter 内 1207-1221 bp - 2780 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 53997176-53997299(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTACCTACCCCTTT
SmilChr05G003367 Chr05 NC_080391.1:44499468-44499482promoter 内 1204-1218 bp - 2783 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 44493274-44496685(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTGCCGT
SmilChr04G001268 Chr04 NC_080390.1:20152250-20152264promoter 内 1139-1153 bp + 2848 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 20140238-20149402(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTTCGGTAGGTATA
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SmilChr08G001314 Chr08 NC_080394.1:10478016-10478030promoter 内 923-937 bp - 3064 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 10468061-10474952(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATACCTACCGAAAC
SmilChr01G003538 Chr01 NC_080387.1:54000079-54000093promoter 内 832-846 bp - 3155 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 53996803-53996924(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTACCTACCCCTTT
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