转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 74 / 134 下载 TSV

上一页 74 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002760 Chr02 NC_080388.1:47667130-47667144promoter 内 823-837 bp + 3164 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 47655880-47663966(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTACACTT
SmilChr03G002842 Chr03 NC_080389.1:44968824-44968838promoter 内 823-837 bp + 3164 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 44963780-44965660(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGATATA
SmilChr02G004393 Chr02 NC_080388.1:66276604-66276618promoter 内 779-793 bp - 3208 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 66266627-66273396(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGTGTAATGATAAT
SmilChr02G004855 Chr02 NC_080388.1:70709469-70709483promoter 内 760-774 bp + 3227 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 70702516-70706242(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATCATATAT
SmilChr02G000243 Chr02 NC_080388.1:3131840-3131854promoter 内 715-729 bp + 3272 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 3135126-3138047(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGTGTAATGATAAT
SmilChr01G002718 Chr01 NC_080387.1:45463524-45463538promoter 内 695-709 bp + 3292 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 45457532-45460232(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTACACTT
SmilChr02G001468 Chr02 NC_080388.1:27412657-27412671promoter 内 628-642 bp + 3359 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 27407029-27409298(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCATTCAT
SmilChr01G005087 Chr01 NC_080387.1:68730260-68730274promoter 内 600-614 bp - 3387 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 68733661-68735754(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AACATCATTACTCTC
SmilChr01G003984 Chr01 NC_080387.1:58289934-58289948promoter 内 535-549 bp + 3452 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 58283943-58286482(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTACACTT
SmilChr01G005292 Chr01 NC_080387.1:70248378-70248392promoter 内 529-543 bp + 3458 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 70251850-70252761(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGTGTAATGATAAT
SmilChr02G005598 Chr02 NC_080388.1:75713141-75713155promoter 内 491-505 bp - 3496 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 75708951-75709645(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTTGGTAATGATAAT
SmilChr01G001122 Chr01 NC_080387.1:22829370-22829384promoter 内 445-459 bp + 3542 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 22832926-22840584(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGTGTAATGATAAT
SmilChr03G002068 Chr03 NC_080389.1:31589039-31589053promoter 内 293-307 bp - 3694 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 31585239-31585345(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATATATGATGATTAA
SmilChr02G002656 Chr02 NC_080388.1:46000951-46000965promoter 内 269-283 bp + 3718 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 45994844-45997233(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCCATCATTATGAAT
SmilChr02G000649 Chr02 NC_080388.1:9844359-9844373promoter 内 247-261 bp + 3740 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 9836147-9840619(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATCACCCAG
SmilChr01G005221 Chr01 NC_080387.1:69764375-69764389promoter 内 185-199 bp + 3802 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 69768191-69768685(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAGGAGATGATTAT
SmilChr01G005085 Chr01 NC_080387.1:68730260-68730274promoter 内 171-185 bp - 3816 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 68724846-68726444(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAGAGTAATGATGTT
SmilChr01G005709 Chr01 NC_080387.1:73318768-73318782promoter 内 57-71 bp + 3930 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 73322712-73323531(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATTTAATGATTAA
SmilChr02G000806 Chr02 NC_080388.1:13445431-13445445promoter 内 19-33 bp + 3968 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 13449413-13452449(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CAACCCAATGATTAT
SmilChr01G000052 Chr01 NC_080387.1:836637-836651promoter 内 6-20 bp + 3981 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 830932-832656(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTGTTTGT
SmilChr03G000428 Chr03 NC_080389.1:4665445-4665459promoter 内 2894-2908 bp + 1093 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 3 4657135-4664352(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTGGGATT
SmilChr02G004362 Chr02 NC_080388.1:65906479-65906493promoter 内 2026-2040 bp - 1961 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 3 65908454-65910029(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATCATTGCAAGT
SmilChr03G003161 Chr03 NC_080389.1:48965519-48965533promoter 内 1927-1941 bp + 2060 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 3 48967593-48969350(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACTTGCAATGATTGA
SmilChr02G002440 Chr02 NC_080388.1:42633529-42633543promoter 内 1541-1555 bp + 2446 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 3 42635989-42642031(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAAAAAAATGATTAC
SmilChr02G003434 Chr02 NC_080388.1:55581776-55581790promoter 内 1377-1391 bp + 2610 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 3 55571670-55579166(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTGGAACT
SmilChr03G001898 Chr03 NC_080389.1:26527786-26527800promoter 内 146-160 bp + 3841 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 3 26518850-26523945(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGGTCAA
SmilChr01G001008 Chr01 NC_080387.1:21199708-21199722promoter 内 3610-3624 bp + 377 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 21200099-21203029(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAGAAAATGATTAC
SmilChr02G002796 Chr02 NC_080388.1:48056044-48056058promoter 内 3544-3558 bp - 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 48039990-48055601(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAAGTAATAATGAC
SmilChr03G003242 Chr03 NC_080389.1:50318386-50318400promoter 内 3008-3022 bp + 979 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 50312171-50317407(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTAGTCAT
SmilChr02G003897 Chr02 NC_080388.1:61055091-61055105promoter 内 2900-2914 bp - 1087 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 61056192-61058680(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACTATCATTACTTTT
SmilChr01G002162 Chr01 NC_080387.1:37628503-37628517promoter 内 2837-2851 bp - 1150 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 37629667-37631655(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCATAGCC
SmilChr02G001819 Chr02 NC_080388.1:33065620-33065634promoter 内 2644-2658 bp - 1343 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 33060162-33064277(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGGTACAATGATTAT
SmilChr01G004780 Chr01 NC_080387.1:65968381-65968395promoter 内 2617-2631 bp + 1370 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 65969765-65985461(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAGCCCAATGATTAA
SmilChr01G003741 Chr01 NC_080387.1:55716313-55716327promoter 内 2574-2588 bp - 1413 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 55717740-55721386(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTATCATC
SmilChr02G005080 Chr02 NC_080388.1:72428630-72428644promoter 内 2502-2516 bp + 1485 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 72430129-72430892(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACTTGCAATGATTGA
SmilChr03G001533 Chr03 NC_080389.1:19183971-19183985promoter 内 2355-2369 bp + 1632 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 19179169-19182339(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATCATTGCACTG
SmilChr01G001744 Chr01 NC_080387.1:32129448-32129462promoter 内 2299-2313 bp - 1688 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 32127392-32127760(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CAAACCAATGATTAA
SmilChr01G002741 Chr01 NC_080387.1:45712252-45712266promoter 内 1895-1909 bp - 2092 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 45714358-45719100(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTAGAAGA
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SmilChr01G002122 Chr01 NC_080387.1:37227895-37227909promoter 内 1400-1414 bp + 2587 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 37222854-37225308(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATGATTACTTGA
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SmilChr02G004968 Chr02 NC_080388.1:71580830-71580844promoter 内 243-257 bp - 3744 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 71584588-71591206(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CAAATCATTACAATC
SmilChr01G006171 Chr01 NC_080387.1:77206082-77206096promoter 内 226-240 bp - 3761 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 77209857-77211371(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAATCATTGCCTTC
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