转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001606; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016473-RA_Salv SmilChr03G001606 WRKY XP_057802772.1 MP00539 TCGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9848 个结合位点 7338 个候选靶基因 第 74 / 147 下载 TSV

上一页 74 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001734 Chr04 NC_080390.1:28579565-28579578promoter 内 1133-1146 bp - 2855 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 28573260-28576710(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTTGACCAAAAC
SmilChr03G002864 Chr03 NC_080389.1:45262850-45262863promoter 内 1119-1132 bp - 2869 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 45258469-45259981(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTGTTGACTTCACC
SmilChr02G004162 Chr02 NC_080388.1:63954488-63954501promoter 内 1011-1024 bp - 2977 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 63947914-63951511(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGTTTGACTTTTCT
SmilChr01G003999 Chr01 NC_080387.1:58399419-58399432promoter 内 930-943 bp + 3058 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 58395409-58396361(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CGTATAGTCAACAA
SmilChr03G002314 Chr03 NC_080389.1:36417128-36417141promoter 内 918-931 bp + 3070 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 36410888-36414058(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AATACAGTCAACCG
SmilChr01G004134 Chr01 NC_080387.1:59853973-59853986promoter 内 885-898 bp + 3103 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 59857089-59858572(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGTTTGACTTTTCT
SmilChr03G001062 Chr03 NC_080389.1:12335148-12335161promoter 内 860-873 bp - 3128 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 12331670-12332020(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CAGTTGACTCTTCT
SmilChr04G000891 Chr04 NC_080390.1:11430428-11430441promoter 内 858-871 bp - 3130 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 11425226-11427298(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTTGACCAAAAC
SmilChr02G002353 Chr02 NC_080388.1:41320109-41320122promoter 内 839-852 bp - 3149 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 41314921-41316960(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTGTTGACTACTTC
SmilChr02G002274 Chr02 NC_080388.1:40208361-40208374promoter 内 838-851 bp + 3150 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 40198518-40205211(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTCCTAGTCAACGA
SmilChr02G004561 Chr02 NC_080388.1:68120079-68120092promoter 内 814-827 bp + 3174 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 68123266-68124433(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GAGTTGACTTTAAA
SmilChr03G001386 Chr03 NC_080389.1:16371511-16371524promoter 内 620-633 bp - 3368 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 16374892-16384279(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGTGTGGTCAACGA
SmilChr01G003342 Chr01 NC_080387.1:52201450-52201463promoter 内 595-608 bp + 3393 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 52204856-52207135(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATGTTGACTTTGAA
SmilChr02G002752 Chr02 NC_080388.1:47548470-47548483promoter 内 535-548 bp + 3453 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 47542130-47545017(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGAAGAGTCAACTG
SmilChr03G003662 Chr03 NC_080389.1:55457575-55457588promoter 内 535-548 bp + 3453 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 55450913-55454122(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTTAAAGTCAAAGC
SmilChr02G002672 Chr02 NC_080388.1:46300842-46300855promoter 内 521-534 bp - 3467 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 46295891-46297375(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACTCCCTA
SmilChr01G004774 Chr01 NC_080387.1:65932236-65932249promoter 内 508-521 bp + 3480 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 65926426-65928756(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGTCAGGTCAACGT
SmilChr02G005588 Chr02 NC_080388.1:75670004-75670017promoter 内 374-387 bp - 3614 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 75673631-75675457(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTAACAGTCAACCC
SmilChr01G002202 Chr01 NC_080387.1:38320082-38320095promoter 内 201-214 bp - 3787 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 38323882-38326237(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCATTAGTCAACCA
SmilChr03G001758 Chr03 NC_080389.1:23939629-23939642promoter 内 181-194 bp + 3807 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 23931409-23935822(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGACAGTCAACAC
SmilChr03G001097 Chr03 NC_080389.1:12646762-12646775promoter 内 158-171 bp - 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 12650605-12651730(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AATATAGTCAACCT
SmilChr04G003079 Chr04 NC_080390.1:47405405-47405418promoter 内 126-139 bp + 3862 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 47399044-47401543(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTATAAGTCAAAGC
SmilChr01G002115 Chr01 NC_080387.1:37191406-37191419promoter 内 99-112 bp - 3889 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 37184435-37187517(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCATTGACTTTGGA
SmilChr01G003262 Chr01 NC_080387.1:51315260-51315273promoter 内 74-87 bp + 3914 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 51319187-51320931(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CGGTTGACTTCAGC
SmilChr01G003506 Chr01 NC_080387.1:53638364-53638377promoter 内 3175-3188 bp - 813 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 53639190-53642825(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCACTAGTCAACCG
SmilChr01G001350 Chr01 NC_080387.1:26787176-26787189promoter 内 3079-3092 bp + 909 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 26782969-26786267(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCACTAGTCAACCG
SmilChr01G000733 Chr01 NC_080387.1:16294085-16294098promoter 内 2655-2668 bp - 1333 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 16289859-16292752(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCATTGACTTTATA
SmilChr02G000240 Chr02 NC_080388.1:3098119-3098132promoter 内 2175-2188 bp - 1813 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 3099945-3104334(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCACTAGTCAACCG
SmilChr01G000492 Chr01 NC_080387.1:9977732-9977745promoter 内 2035-2048 bp - 1953 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 9972478-9975779(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTTGACTGAAAT
SmilChr02G003197 Chr02 NC_080388.1:53132308-53132321promoter 内 1556-1569 bp + 2432 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 53134753-53138329(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CGGTTGACTAGTGC
SmilChr01G000018 Chr01 NC_080387.1:376132-376145promoter 内 1264-1277 bp - 2724 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 371113-373408(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACATTGACTTTTTA
SmilChr01G002106 Chr01 NC_080387.1:37083647-37083660promoter 内 1029-1042 bp + 2959 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 37078139-37080688(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCACTAGTCAACCG
SmilChr03G000249 Chr03 NC_080389.1:2935505-2935518promoter 内 463-476 bp - 3525 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 2939043-2943253(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACCCCGGTCAACGC
SmilChr03G003192 Chr03 NC_080389.1:49394200-49394213promoter 内 389-402 bp - 3599 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 49377779-49390601(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTGTGTT
SmilChr03G003062 Chr03 NC_080389.1:47570812-47570825promoter 内 3974-3987 bp + 14 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 47570839-47573613(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTTTTGACTTTTTG
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