转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003114; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00015526-RA_Salv SmilChr04G003114 C2H2 XP_057809538.1 MP00592 AAGAAAACGACAAAAAA

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8519 个候选靶基因 第 74 / 171 下载 TSV

上一页 74 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000017 Chr01 NC_080387.1:366490-366506promoter 内 2853-2869 bp - 1132 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 367638-370713(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATTTCGTA
SmilChr02G002425 Chr02 NC_080388.1:42237243-42237259promoter 内 2843-2859 bp + 1142 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 42238401-42241061(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TACGAAATGACAAAAAA
SmilChr05G000915 Chr05 NC_080391.1:7258032-7258048promoter 内 2836-2852 bp - 1149 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 7256398-7256883(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 ACCCAAAAGACAAAAAA
SmilChr08G001474 Chr08 NC_080394.1:11906937-11906953promoter 内 2807-2823 bp + 1178 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 11905676-11905759(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCGGATTGAG
SmilChr08G000063 Chr08 NC_080394.1:367599-367615promoter 内 2796-2812 bp + 1189 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 364351-366410(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AATTTTGTCGTCATATT
SmilChr08G002152 Chr08 NC_080394.1:19403179-19403195promoter 内 2787-2803 bp - 1198 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 19396467-19401981(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TCCAAAATGACAAAAAT
SmilChr07G002560 Chr07 NC_080393.1:24348385-24348401promoter 内 2782-2798 bp + 1203 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 24344487-24347182(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TATTTTGTCATTTTTTT
SmilChr08G004473 Chr08 NC_080394.1:54364742-54364758promoter 内 2771-2787 bp + 1214 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 54361769-54363528(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCATTTTTGG
SmilChr01G005752 Chr01 NC_080387.1:73597038-73597054promoter 内 2755-2771 bp - 1230 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 73593282-73595808(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TACGAAATGACAAAAAA
SmilChr04G002361 Chr04 NC_080390.1:38101301-38101317promoter 内 2730-2746 bp - 1255 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 38102572-38102871(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATTTTGAT
SmilChr01G005751 Chr01 NC_080387.1:73591106-73591122promoter 内 2716-2732 bp + 1269 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 73588147-73589837(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AATTTTGTCGTCATATT
SmilChr07G003956 Chr07 NC_080393.1:50147359-50147375promoter 内 2693-2709 bp - 1292 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 50148667-50156310(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCTTCATTTT
SmilChr04G000759 Chr04 NC_080390.1:9260323-9260339promoter 内 2692-2708 bp + 1293 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 9256773-9259030(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TATTTTGTCATTTTTTT
SmilChr02G004511 Chr02 NC_080388.1:67641137-67641153promoter 内 2678-2694 bp - 1307 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 67638530-67639830(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TTGAAAATGACAAAAAA
SmilChr07G000233 Chr07 NC_080393.1:1508016-1508032promoter 内 2675-2691 bp - 1310 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 1509342-1512772(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCATTTTTGG
SmilChr08G002534 Chr08 NC_080394.1:24583513-24583529promoter 内 2658-2674 bp - 1327 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 24581141-24582186(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AAAAAAATGACAAAATA
SmilChr03G000919 Chr03 NC_080389.1:10493525-10493541promoter 内 2629-2645 bp + 1356 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 10494897-10518912(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AAAATGAAGACAAAAAT
SmilChr07G002609 Chr07 NC_080393.1:25076433-25076449promoter 内 2603-2619 bp - 1382 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 25077831-25080783(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TATTTTGTCTTCTAGGT
SmilChr01G000459 Chr01 NC_080387.1:9400293-9400309promoter 内 2587-2603 bp - 1398 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 9401707-9405133(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCTTCAACGG
SmilChr01G001385 Chr01 NC_080387.1:27260677-27260693promoter 内 2584-2600 bp - 1401 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 27258469-27259276(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CGTTAAACGACAAACTT
SmilChr01G005567 Chr01 NC_080387.1:72462181-72462197promoter 内 2547-2563 bp - 1438 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 72458824-72460743(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CTCAAAATGACAAAAAC
SmilChr08G003182 Chr08 NC_080394.1:32551191-32551207promoter 内 2536-2552 bp + 1449 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 32552656-32561997(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TACGAAATGACAAAAAA
SmilChr06G001368 Chr06 NC_080392.1:14316104-14316120promoter 内 2527-2543 bp + 1458 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 14311667-14314646(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TATTTTGTCATTTTTTT
SmilChr06G001405 Chr06 NC_080392.1:14758861-14758877promoter 内 2522-2538 bp + 1463 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 14754438-14757398(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TATTTTGTCATTTTTTT
SmilChr02G005154 Chr02 NC_080388.1:72905624-72905640promoter 内 2518-2534 bp + 1467 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 72907107-72915812(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CCGCAAAGGACAAAAAC
SmilChr08G004596 Chr08 NC_080394.1:55557628-55557644promoter 内 2498-2514 bp - 1487 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 55559131-55561307(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 GATTTTGTCGTGAACTG
SmilChr01G003737 Chr01 NC_080387.1:55697860-55697876promoter 内 2493-2509 bp + 1492 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 55699368-55701398(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CCGCAAAGGACAAAAAC
SmilChr07G001556 Chr07 NC_080393.1:12684525-12684541promoter 内 2493-2509 bp - 1492 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 12681256-12683033(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CCGCAAAGGACAAAAAC
SmilChr02G000605 Chr02 NC_080388.1:8809901-8809917promoter 内 2484-2500 bp + 1501 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 8811418-8819629(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CAGAAGGAGACAAAATT
SmilChr03G004296 Chr03 NC_080389.1:61369362-61369378promoter 内 2410-2426 bp + 1575 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 61370953-61373457(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 GACTATAGGACAAAAAC
SmilChr06G002055 Chr06 NC_080392.1:27077815-27077831promoter 内 2365-2381 bp + 1620 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 27079451-27082371(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CCGCAAAGGACAAAAAC
SmilChr08G001113 Chr08 NC_080394.1:8636344-8636360promoter 内 2316-2332 bp - 1669 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 8633853-8634675(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TAATAACCGACAAAAGA
SmilChr07G004103 Chr07 NC_080393.1:52600448-52600464promoter 内 2304-2320 bp - 1681 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 52578023-52598767(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 ACAGAAAAGACAAAACA
SmilChr03G001016 Chr03 NC_080389.1:11675177-11675193promoter 内 2295-2311 bp + 1690 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 11676883-11677709(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CCGCAAAGGACAAAAAC
SmilChr02G000268 Chr02 NC_080388.1:3473197-3473213promoter 内 2294-2310 bp - 1691 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 3474904-3475671(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TTCGTTGTCGTTTTCTT
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