转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000741; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002054-RA_Salv SmilChr05G000741 ARF XP_057764423.1 MP00021 TTGTCGGAAA

可能结合的靶基因

9812 个结合位点 7629 个候选靶基因 第 74 / 153 下载 TSV

上一页 74 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000961 Chr04 NC_080390.1:12795329-12795338promoter 内 1785-1794 bp - 2207 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 12792148-12793122(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAGA
SmilChr04G004103 Chr04 NC_080390.1:56001933-56001942promoter 内 1710-1719 bp + 2282 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 55993535-55999651(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TCTCCGACAG
SmilChr04G002065 Chr04 NC_080390.1:33379859-33379868promoter 内 1698-1707 bp - 2294 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 33375366-33377565(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAGA
SmilChr03G001332 Chr03 NC_080389.1:15561671-15561680promoter 内 1694-1703 bp - 2298 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 15559292-15559373(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAGA
SmilChr03G001414 Chr03 NC_080389.1:16794257-16794266promoter 内 1690-1699 bp + 2302 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 16796568-16796649(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAGA
SmilChr01G005569 Chr01 NC_080387.1:72529426-72529435promoter 内 1687-1696 bp + 2305 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 72469292-72527121(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TCTCCGACAG
SmilChr02G004324 Chr02 NC_080388.1:65544476-65544485promoter 内 1609-1618 bp - 2383 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 65539701-65542093(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAAG
SmilChr01G003272 Chr01 NC_080387.1:51434606-51434615promoter 内 1562-1571 bp + 2430 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 51428178-51432176(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTTCCGACAG
SmilChr01G003853 Chr01 NC_080387.1:56808684-56808693promoter 内 1562-1571 bp + 2430 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 56802521-56806254(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTTCCGACAG
SmilChr03G003330 Chr03 NC_080389.1:51587873-51587882promoter 内 1554-1563 bp + 2438 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 51583607-51585435(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GCTCCGACAT
SmilChr03G003178 Chr03 NC_080389.1:49237535-49237544promoter 内 1527-1536 bp - 2465 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 49240009-49241631(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GCTCCGACAT
SmilChr04G003100 Chr04 NC_080390.1:47599149-47599158promoter 内 1518-1527 bp - 2474 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 47590595-47596675(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGAGC
SmilChr03G002164 Chr03 NC_080389.1:33678780-33678789promoter 内 1514-1523 bp + 2478 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 33681267-33685915(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAAG
SmilChr01G003813 Chr01 NC_080387.1:56514754-56514763promoter 内 1506-1515 bp - 2486 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 56517249-56520956(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTTCCGACAG
SmilChr04G003088 Chr04 NC_080390.1:47507327-47507336promoter 内 1505-1514 bp - 2487 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 47503546-47504840(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAGA
SmilChr01G001934 Chr01 NC_080387.1:34529526-34529535promoter 内 1492-1501 bp + 2500 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 34523682-34527026(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TCTCCGACAG
SmilChr02G004326 Chr02 NC_080388.1:65544476-65544485promoter 内 1490-1499 bp - 2502 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 65546987-65548788(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTTCCGACAG
SmilChr01G000009 Chr01 NC_080387.1:192146-192155promoter 内 1387-1396 bp + 2605 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 194760-197696(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAAG
SmilChr02G002664 Chr02 NC_080388.1:46139827-46139836promoter 内 1387-1396 bp - 2605 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 46134287-46137222(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAAG
SmilChr01G002803 Chr01 NC_080387.1:46568087-46568096promoter 内 1342-1351 bp - 2650 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 46570746-46573227(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TCTCCGACAG
SmilChr04G000132 Chr04 NC_080390.1:1145758-1145767promoter 内 1265-1274 bp + 2727 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 1135253-1143031(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GCTCCGACAT
SmilChr02G005449 Chr02 NC_080388.1:74849539-74849548promoter 内 1088-1097 bp - 2904 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 74843521-74846635(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAAG
SmilChr05G000224 Chr05 NC_080391.1:1758098-1758107promoter 内 1035-1044 bp - 2957 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 1752819-1755141(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAGA
SmilChr05G002123 Chr05 NC_080391.1:22302879-22302888promoter 内 1001-1010 bp + 2991 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 22305879-22311853(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAGA
SmilChr04G001237 Chr04 NC_080390.1:19393461-19393470promoter 内 893-902 bp - 3099 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 19385278-19390362(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGAGC
SmilChr01G002630 Chr01 NC_080387.1:44604066-44604075promoter 内 882-891 bp - 3110 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 44600885-44600956(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAGA
SmilChr01G003285 Chr01 NC_080387.1:51541512-51541521promoter 内 877-886 bp - 3115 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 51535512-51538397(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAGA
SmilChr02G004041 Chr02 NC_080388.1:62728903-62728912promoter 内 873-882 bp - 3119 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 62719642-62725784(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGAGC
SmilChr03G001939 Chr03 NC_080389.1:27570685-27570694promoter 内 847-856 bp + 3145 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 27564948-27567540(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TCTCCGACAG
SmilChr05G002349 Chr05 NC_080391.1:25471283-25471292promoter 内 822-831 bp - 3170 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 25464829-25468113(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGAGC
SmilChr01G004028 Chr01 NC_080387.1:58695423-58695432promoter 内 783-792 bp + 3209 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 58698641-58701201(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGAGC
SmilChr01G000785 Chr01 NC_080387.1:17063370-17063379promoter 内 741-750 bp + 3251 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 17066630-17072528(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAGA
SmilChr03G001429 Chr03 NC_080389.1:16957067-16957076promoter 内 711-720 bp + 3281 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 16947341-16953786(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TCTCCGACAG
SmilChr01G003581 Chr01 NC_080387.1:54382104-54382113promoter 内 560-569 bp + 3432 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 54376761-54378672(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TCTCCGACAG
SmilChr05G000522 Chr05 NC_080391.1:4004942-4004951promoter 内 538-547 bp - 3454 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 4008405-4011669(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TCTCCGACAG
SmilChr04G001543 Chr04 NC_080390.1:25531450-25531459promoter 内 517-526 bp + 3475 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 25524323-25527975(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TCTCCGACAG
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SmilChr05G000047 Chr05 NC_080391.1:218706-218715promoter 内 176-185 bp - 3816 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 222531-225167(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GCTCCGACAT
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