转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 74 / 151 下载 TSV

上一页 74 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001184 Chr04 NC_080390.1:17985844-17985856promoter 内 2733-2745 bp + 1256 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 17987112-17989627(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACAATA
SmilChr02G000399 Chr02 NC_080388.1:4933414-4933426promoter 内 2697-2709 bp + 1292 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 4934718-4938827(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAACATA
SmilChr01G000601 Chr01 NC_080387.1:13069818-13069830promoter 内 2684-2696 bp - 1305 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 13065988-13068513(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACAATA
SmilChr01G000070 Chr01 NC_080387.1:1201440-1201452promoter 内 2676-2688 bp + 1313 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 1202765-1205423(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACAATA
SmilChr02G000746 Chr02 NC_080388.1:12085979-12085991promoter 内 2650-2662 bp - 1339 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 12082227-12084640(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACAATA
SmilChr05G001460 Chr05 NC_080391.1:13331213-13331225promoter 内 2613-2625 bp + 1376 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 13332601-13334116(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACATTA
SmilChr01G000319 Chr01 NC_080387.1:6219275-6219287promoter 内 2588-2600 bp - 1401 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 6216030-6217874(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACTACCTACTTCA
SmilChr03G003135 Chr03 NC_080389.1:48599475-48599487promoter 内 2570-2582 bp + 1419 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 48583252-48598056(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGTGGTAGGTATC
SmilChr04G001171 Chr04 NC_080390.1:17533519-17533531promoter 内 2564-2576 bp + 1425 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 17534956-17537932(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACAATA
SmilChr01G004578 Chr01 NC_080387.1:63826646-63826658promoter 内 2550-2562 bp + 1439 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 63819762-63825207(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTAGTAGGTAAT
SmilChr03G003563 Chr03 NC_080389.1:54274434-54274446promoter 内 2529-2541 bp - 1460 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 54270485-54272974(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTACTTCA
SmilChr02G004914 Chr02 NC_080388.1:71124832-71124844promoter 内 2526-2538 bp + 1463 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 71126307-71126386(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CATACCTACTTTC
SmilChr04G001388 Chr04 NC_080390.1:22557043-22557055promoter 内 2498-2510 bp - 1491 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 22551800-22555552(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTACACAT
SmilChr03G004251 Chr03 NC_080389.1:60985749-60985761promoter 内 2471-2483 bp + 1518 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 60980244-60984231(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGTTAGGTAAT
SmilChr03G001017 Chr03 NC_080389.1:11705908-11705920promoter 内 2433-2445 bp - 1556 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 11707476-11708342(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATGTTAGGTAAT
SmilChr04G000870 Chr04 NC_080390.1:11023958-11023970promoter 内 2395-2407 bp - 1594 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 11018975-11022364(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAACATA
SmilChr03G000800 Chr03 NC_080389.1:9150278-9150290promoter 内 2392-2404 bp + 1597 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 9151887-9154565(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAACATA
SmilChr05G001599 Chr05 NC_080391.1:14724106-14724118promoter 内 2261-2273 bp - 1728 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 14718376-14722378(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTACACAT
SmilChr03G000418 Chr03 NC_080389.1:4507933-4507945promoter 内 2207-2219 bp - 1782 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 4505141-4506151(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAACTCA
SmilChr02G001248 Chr02 NC_080388.1:22929729-22929741promoter 内 2143-2155 bp + 1846 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 22931587-22932753(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAACATA
SmilChr05G001280 Chr05 NC_080391.1:10957623-10957635promoter 内 2135-2147 bp + 1854 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 10959489-10962672(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACATTA
SmilChr02G002049 Chr02 NC_080388.1:36883492-36883504promoter 内 2119-2131 bp + 1870 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 36879878-36881622(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTAGGTAGGTTAG
SmilChr03G003149 Chr03 NC_080389.1:48816784-48816796promoter 内 2077-2089 bp + 1912 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 48818708-48824247(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GATACCTACCACC
SmilChr02G003029 Chr02 NC_080388.1:50995252-50995264promoter 内 2074-2086 bp + 1915 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 50997179-51002895(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTACTACA
SmilChr03G003137 Chr03 NC_080389.1:48599475-48599487promoter 内 2070-2082 bp + 1919 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 48601406-48607011(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GATACCTACCACC
SmilChr03G000416 Chr03 NC_080389.1:4499377-4499389promoter 内 2053-2065 bp - 1936 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 4496579-4497441(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAACTCA
SmilChr04G003913 Chr04 NC_080390.1:54853922-54853934promoter 内 2040-2052 bp - 1949 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 54855883-54859870(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGATGTAGGTAGA
SmilChr03G000685 Chr03 NC_080389.1:7647463-7647475promoter 内 2026-2038 bp - 1963 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 7643049-7645500(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACTACCTACTTTA
SmilChr03G004288 Chr03 NC_080389.1:61286864-61286876promoter 内 2011-2023 bp + 1978 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 61282888-61284886(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GATTTTAGGTAAG
SmilChr04G000880 Chr04 NC_080390.1:11197449-11197461promoter 内 1907-1919 bp - 2082 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 11199543-11203389(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTAGGTAGGTTAG
SmilChr03G002916 Chr03 NC_080389.1:45909618-45909630promoter 内 1781-1793 bp - 2208 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 45911838-45916057(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GATTTTAGGTAAG
SmilChr02G005359 Chr02 NC_080388.1:74312909-74312921promoter 内 1688-1700 bp - 2301 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 74307777-74310608(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAACACA
SmilChr01G002235 Chr01 NC_080387.1:38876862-38876874promoter 内 1681-1693 bp + 2308 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 38879182-38881841(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTACTATA
SmilChr03G000843 Chr03 NC_080389.1:9623111-9623123promoter 内 1666-1678 bp - 2323 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 9617494-9620788(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTAACCTACCCAA
SmilChr01G000229 Chr01 NC_080387.1:4270920-4270932promoter 内 1652-1664 bp + 2337 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 4268096-4268583(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATGTTAGGTAAT
SmilChr03G001959 Chr03 NC_080389.1:28084195-28084207promoter 内 1573-1585 bp - 2416 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 28080979-28081779(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACAATA
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SmilChr03G001960 Chr03 NC_080389.1:28084195-28084207promoter 内 1507-1519 bp - 2482 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 28086689-28096713(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATTGTAGGTAAA
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