转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007215-RA_Salv SmilChr01G003955 WRKY XP_057779712.1 MP00450 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 75 / 161 下载 TSV

上一页 75 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G002260 Chr07 NC_080393.1:20812109-20812122promoter 内 1592-1605 bp - 2396 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 20807590-20809713(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CACTTTGACTTTCC
SmilChr04G001168 Chr04 NC_080390.1:17399881-17399894promoter 内 1403-1416 bp - 2585 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 17402479-17402584(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CTATAGTCAACGCA
SmilChr01G001841 Chr01 NC_080387.1:33347405-33347418promoter 内 1268-1281 bp + 2720 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 33350138-33352410(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAGGTTGACTTCGT
SmilChr08G000075 Chr08 NC_080394.1:435208-435221promoter 内 806-819 bp + 3182 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 438403-442039(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTCTTTGACTTTAA
SmilChr04G000273 Chr04 NC_080390.1:2530663-2530676promoter 内 752-765 bp + 3236 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 2517537-2527427(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCCAAGTCAACGAT
SmilChr01G005861 Chr01 NC_080387.1:74550057-74550070promoter 内 233-246 bp + 3755 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 74534652-74546302(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAAAGTCAAATGT
SmilChr03G000981 Chr03 NC_080389.1:11083673-11083686promoter 内 3987-4000 bp - 1 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 11083687-11088021(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATAAGTCAACACT
SmilChr03G000196 Chr03 NC_080389.1:2222869-2222882promoter 内 3947-3960 bp + 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 2222923-2228958(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACATTTGACTTTTC
SmilChr02G005315 Chr02 NC_080388.1:74038982-74038995promoter 内 3927-3940 bp - 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 74039056-74041937(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAGAAGTCAACACA
SmilChr03G000930 Chr03 NC_080389.1:10620443-10620456promoter 内 3923-3936 bp - 65 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 10620521-10654750(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATAAGTCAACACT
SmilChr03G000457 Chr03 NC_080389.1:4869678-4869691promoter 内 3856-3869 bp + 132 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 4865793-4869546(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATAAGTCAACACT
SmilChr01G003207 Chr01 NC_080387.1:50856577-50856590promoter 内 3745-3758 bp - 243 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 50856833-50858826(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTTAAGTCAACGGA
SmilChr07G002507 Chr07 NC_080393.1:23780168-23780181promoter 内 3592-3605 bp + 396 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 23780577-23781203(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTTGTTGACTTTAT
SmilChr02G003941 Chr02 NC_080388.1:61555938-61555951promoter 内 3547-3560 bp + 441 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 61556392-61633213(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CGCGTTGACCTCTC
SmilChr03G000509 Chr03 NC_080389.1:5488736-5488749promoter 内 3527-3540 bp - 461 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 5489210-5490217(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATAAGTCAACACT
SmilChr03G000983 Chr03 NC_080389.1:11146540-11146553promoter 内 3499-3512 bp - 489 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 11147042-11148049(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATAAGTCAACACT
SmilChr04G000074 Chr04 NC_080390.1:691284-691297promoter 内 3413-3426 bp + 575 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 691872-693812(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTAGTTGACTTCTA
SmilChr07G000993 Chr07 NC_080393.1:7230572-7230585promoter 内 3356-3369 bp + 632 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 7228743-7229940(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAGAAGTCAAAGCT
SmilChr02G000564 Chr02 NC_080388.1:7968614-7968627promoter 内 3212-3225 bp + 776 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 7961432-7967838(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CACAAGTCAACTGC
SmilChr05G001494 Chr05 NC_080391.1:13709130-13709143promoter 内 3195-3208 bp - 793 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 13709936-13711337(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAAAGTCAAACGT
SmilChr03G000934 Chr03 NC_080389.1:10649651-10649664promoter 内 3134-3147 bp - 854 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 10647369-10648797(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTAGTTGACTTCTA
SmilChr06G001547 Chr06 NC_080392.1:16772505-16772518promoter 内 3111-3124 bp + 877 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 16773395-16778041(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CTTGTTGACTTTAG
SmilChr03G002776 Chr03 NC_080389.1:44174577-44174590promoter 内 3079-3092 bp + 909 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 44165206-44173668(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAATGTCAACGAG
SmilChr07G000836 Chr07 NC_080393.1:5940782-5940795promoter 内 3074-3087 bp - 914 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 5937321-5939868(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CTTGTTGACTTTAG
SmilChr02G002762 Chr02 NC_080388.1:47686503-47686516promoter 内 3021-3034 bp + 967 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 47680166-47685536(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAAAGTCAAAGAA
SmilChr01G002734 Chr01 NC_080387.1:45691836-45691849promoter 内 3007-3020 bp - 981 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 45692830-45692988(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAGAGTCAACGGC
SmilChr03G000943 Chr03 NC_080389.1:10709404-10709417promoter 内 2934-2947 bp - 1054 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 10707604-10708350(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGTGTTGACTTATT
SmilChr03G000946 Chr03 NC_080389.1:10741315-10741328promoter 内 2934-2947 bp - 1054 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 10739515-10740261(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGTGTTGACTTATT
SmilChr03G003690 Chr03 NC_080389.1:55841042-55841055promoter 内 2895-2908 bp + 1093 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 55838321-55839949(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTTAAGTCAACGAT
SmilChr03G001796 Chr03 NC_080389.1:24571710-24571723promoter 内 2856-2869 bp - 1132 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 24572855-24575792(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAGAAGTCAACCAA
SmilChr03G000894 Chr03 NC_080389.1:10246834-10246847promoter 内 2813-2826 bp + 1175 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 10242286-10245659(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GACAAGTCAACCCC
SmilChr07G004441 Chr07 NC_080393.1:57054602-57054615promoter 内 2812-2825 bp + 1176 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 57053343-57053426(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAGAGGTCAACGGG
SmilChr04G000266 Chr04 NC_080390.1:2420093-2420106promoter 内 2795-2808 bp + 1193 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 2421299-2425399(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCGTTTGACTTTTT
SmilChr06G002219 Chr06 NC_080392.1:31050091-31050104promoter 内 2711-2724 bp + 1277 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 31047295-31048814(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAGAAGTCAAAGCT
SmilChr01G006146 Chr01 NC_080387.1:76949813-76949826promoter 内 2703-2716 bp + 1285 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 76947294-76948528(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GACAAGTCAACCCC
SmilChr07G002506 Chr07 NC_080393.1:23780168-23780181promoter 内 2678-2691 bp + 1310 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 23774065-23778858(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATAAAGTCAACAAA
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