转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005344; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016717-RA_Salv SmilChr01G005344 MYB XP_057788686.1 MP00296 AAAAAATTGGATAAGGATAAG

可能结合的靶基因

9873 个结合位点 8304 个候选靶基因 第 75 / 167 下载 TSV

上一页 75 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003463 Chr02 NC_080388.1:55919232-55919252promoter 内 635-655 bp - 3346 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 55922598-55931701(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATATTCTTATCCTCGTCACC
SmilChr03G000610 Chr03 NC_080389.1:6744471-6744491promoter 内 634-654 bp - 3347 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 6747838-6749580(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTCCGACTTATCCAAAATAAC
SmilChr01G004331 Chr01 NC_080387.1:61459638-61459658promoter 内 629-649 bp + 3352 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 61454574-61456286(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGGATGTTTATCCAATTTACT
SmilChr04G003809 Chr04 NC_080390.1:54249546-54249566promoter 内 614-634 bp - 3367 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 54252933-54255552(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATAAGCTTATCCAAATACCC
SmilChr03G000818 Chr03 NC_080389.1:9374932-9374952promoter 内 595-615 bp + 3386 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 9378338-9380847(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GTTATTTTGGATAAGTCGGAG
SmilChr05G003002 Chr05 NC_080391.1:37159481-37159501promoter 内 588-608 bp - 3393 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 37162894-37166439(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTCCGACTTATCCAAAATAAC
SmilChr07G004590 Chr07 NC_080393.1:58708214-58708234promoter 内 565-585 bp + 3416 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 58702698-58704798(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTATTACTTATCCTTTCTTGT
SmilChr01G004000 Chr01 NC_080387.1:58409430-58409450promoter 内 554-574 bp + 3427 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 58404496-58406003(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTCTTCCTTATCTTTTAATTA
SmilChr06G002582 Chr06 NC_080392.1:37050035-37050055promoter 内 550-570 bp - 3431 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 37045143-37046604(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACTTCATTGGATAAGGGTCAG
SmilChr08G000207 Chr08 NC_080394.1:1409525-1409545promoter 内 546-566 bp - 3435 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 1404517-1406090(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GATTTAGTGGATAAGATAGAT
SmilChr04G000707 Chr04 NC_080390.1:8246486-8246506promoter 内 400-420 bp - 3581 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 8241816-8242905(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GTTATTTTGGATAAGTCGGAG
SmilChr02G001808 Chr02 NC_080388.1:32915723-32915743promoter 内 390-410 bp - 3591 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 32910261-32912132(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AACTATAAAGATAAGGAAAAT
SmilChr01G001546 Chr01 NC_080387.1:29451596-29451616promoter 内 364-384 bp + 3617 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 29455233-29455428(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAGAGAGCGGATAAGACCATG
SmilChr02G003484 Chr02 NC_080388.1:56108826-56108846promoter 内 336-356 bp + 3645 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 56105110-56105181(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATGACCCTTATCCTAGTTTTC
SmilChr03G003915 Chr03 NC_080389.1:58244374-58244394promoter 内 329-349 bp - 3652 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 58248046-58251686(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATATTTTTATCCAATTAGTA
SmilChr02G000323 Chr02 NC_080388.1:4047320-4047340promoter 内 305-325 bp + 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 4051016-4054345(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GTTATTTTGGATAAGTCGGAG
SmilChr04G002588 Chr04 NC_080390.1:41292190-41292210promoter 内 265-285 bp - 3716 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 41295926-41299896(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGATTATTATCCAAATCTTA
SmilChr02G000325 Chr02 NC_080388.1:4082925-4082945promoter 内 194-214 bp + 3787 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 4086732-4089943(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GTTATTTTGGATAAGTCGGAG
SmilChr03G000031 Chr03 NC_080389.1:385495-385515promoter 内 164-184 bp + 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 379389-381678(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATAATGTTATCCACTTTTCT
SmilChr07G001765 Chr07 NC_080393.1:14952234-14952254promoter 内 135-155 bp + 3846 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 14956100-14960046(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GTTATTTTGGATAAGTCGGAG
SmilChr06G000281 Chr06 NC_080392.1:1936952-1936972promoter 内 120-140 bp - 3861 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 1930628-1933091(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GTCAGATAGGATAAGATTTAT
SmilChr05G002999 Chr05 NC_080391.1:37078469-37078489promoter 内 103-123 bp + 3878 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 37082367-37086010(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATATAAATGGATAATTATAGG
SmilChr05G003345 Chr05 NC_080391.1:44012350-44012370promoter 内 89-109 bp - 3892 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 44003931-44008458(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACACATCTGGATAAGTTTGAT
SmilChr04G003311 Chr04 NC_080390.1:49845941-49845961promoter 内 87-107 bp - 3894 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 49841414-49842047(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTGAAGTGGATAAGGCACGT
SmilChr04G003663 Chr04 NC_080390.1:53093161-53093181promoter 内 43-63 bp - 3938 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 53087306-53089223(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGTTATTGGATAATGTTACT
SmilChr01G005392 Chr01 NC_080387.1:71211911-71211931promoter 内 28-48 bp - 3953 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 71205989-71207958(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACACATCTGGATAAGTTTGAT
SmilChr06G001837 Chr06 NC_080392.1:21588097-21588117promoter 内 18-38 bp + 3963 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 21581953-21584134(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTTTGCTTATCCTTAGTTGT
SmilChr04G000485 Chr04 NC_080390.1:5239213-5239233promoter 内 9-29 bp - 3972 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 5233806-5235241(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCAAATGTGGATAATGAGCAT
SmilChr02G002434 Chr02 NC_080388.1:42396785-42396805promoter 内 2061-2081 bp - 1920 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 3 42391965-42394865(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATGAGAAAGGATAAGAGCAGG
SmilChr05G003428 Chr05 NC_080391.1:45519741-45519761promoter 内 1581-1601 bp - 2400 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 3 45514433-45517341(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCGGAAATGGATAAAGAGTAT
SmilChr01G001050 Chr01 NC_080387.1:21844808-21844828promoter 内 1538-1558 bp + 2443 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 3 21847271-21850188(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCGGAAATGGATAAAGAGTAT
SmilChr01G000183 Chr01 NC_080387.1:3141025-3141045promoter 内 1426-1446 bp + 2555 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 3 3143600-3146417(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCGGAAATGGATAAAGAGTAT
SmilChr04G001302 Chr04 NC_080390.1:20724143-20724163promoter 内 1194-1214 bp + 2787 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 3 20726950-20729795(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCGGAAATGGATAAAGAGTAT
SmilChr03G000561 Chr03 NC_080389.1:6098988-6099008promoter 内 1093-1113 bp + 2888 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 3 6101896-6104054(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCGGAAATGGATAAAGAGTAT
SmilChr05G001433 Chr05 NC_080391.1:13076358-13076378promoter 内 1085-1105 bp - 2896 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 3 13071265-13073462(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCGGAAATGGATAAAGAGTAT
SmilChr06G000883 Chr06 NC_080392.1:8387356-8387376promoter 内 766-786 bp + 3215 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 3 8380231-8384141(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CGTAAATTTATCCAATATGCT
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