转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007215-RA_Salv SmilChr01G003955 WRKY XP_057779712.1 MP00450 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 76 / 161 下载 TSV

上一页 76 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004818 Chr02 NC_080388.1:70315444-70315457promoter 内 2246-2259 bp + 1742 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 70312072-70313702(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CACAAGTCAACTGC
SmilChr02G002144 Chr02 NC_080388.1:38566032-38566045promoter 内 2113-2126 bp + 1875 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 38567920-38571160(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACCTTTGACTTCTG
SmilChr05G003052 Chr05 NC_080391.1:38278669-38278682promoter 内 2081-2094 bp + 1907 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 38276181-38276762(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAACC
SmilChr03G002222 Chr03 NC_080389.1:35027699-35027712promoter 内 2023-2036 bp + 1965 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 34986555-35025734(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAGAAGTCAAAGGT
SmilChr03G002797 Chr03 NC_080389.1:44460994-44461007promoter 内 1963-1976 bp + 2025 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 44463032-44463935(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGAGTTGACTTGTG
SmilChr05G001489 Chr05 NC_080391.1:13658272-13658285promoter 内 1960-1973 bp + 2028 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 13655594-13656244(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACTAAGTCAACTCA
SmilChr03G000984 Chr03 NC_080389.1:11146540-11146553promoter 内 1948-1961 bp - 2040 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 11148593-11149969(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATAAGTCAACACT
SmilChr04G001440 Chr04 NC_080390.1:23617212-23617225promoter 内 1910-1923 bp + 2078 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 23619303-23621727(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AACTTTGACTTTAT
SmilChr01G002735 Chr01 NC_080387.1:45691836-45691849promoter 内 1908-1921 bp - 2080 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 45693929-45694047(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAGAGTCAACGGC
SmilChr05G000919 Chr05 NC_080391.1:7293185-7293198promoter 内 1790-1803 bp - 2198 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 7295396-7298681(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAAAGTCAAAGAA
SmilChr02G000237 Chr02 NC_080388.1:3018607-3018620promoter 内 1786-1799 bp - 2202 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 3020822-3022040(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAATAGTCAACTCA
SmilChr07G004191 Chr07 NC_080393.1:53928399-53928412promoter 内 1777-1790 bp + 2211 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 53930623-53936857(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTTGTTGACTTTAT
SmilChr05G003122 Chr05 NC_080391.1:39884056-39884069promoter 内 1715-1728 bp - 2273 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 39878714-39881783(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGTTTTGACTTTTT
SmilChr03G002036 Chr03 NC_080389.1:30718923-30718936promoter 内 1629-1642 bp + 2359 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 30721295-30721639(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGCGTTGACTATAG
SmilChr07G002919 Chr07 NC_080393.1:29570984-29570997promoter 内 1612-1625 bp - 2376 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 29565595-29568608(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACGGTTGACTATTT
SmilChr05G003165 Chr05 NC_080391.1:40430772-40430785promoter 内 1601-1614 bp + 2387 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 40425987-40428385(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAAAGTCAAAGAA
SmilChr01G003032 Chr01 NC_080387.1:49355473-49355486promoter 内 1562-1575 bp - 2426 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 49357912-49361275(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAACC
SmilChr07G002814 Chr07 NC_080393.1:28171617-28171630promoter 内 1488-1501 bp - 2500 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 28174130-28175488(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAGAGGTCAACGAC
SmilChr02G001508 Chr02 NC_080388.1:28104557-28104570promoter 内 1477-1490 bp + 2511 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 28107081-28108787(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACATTTGACTTTTC
SmilChr02G002199 Chr02 NC_080388.1:39224045-39224058promoter 内 1458-1471 bp + 2530 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 39226588-39227571(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGCGTTGACTATAG
SmilChr07G002291 Chr07 NC_080393.1:21186297-21186310promoter 内 1447-1460 bp + 2541 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 21188851-21193200(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGGGTTGACTTGTG
SmilChr07G004569 Chr07 NC_080393.1:58490359-58490372promoter 内 1439-1452 bp + 2549 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 58484152-58487810(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATAAAGTCAAAGTT
SmilChr05G003547 Chr05 NC_080391.1:47390550-47390563promoter 内 1424-1437 bp - 2564 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 47393127-47394923(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAACGA
SmilChr03G000510 Chr03 NC_080389.1:5488736-5488749promoter 内 1416-1429 bp - 2572 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 5491321-5492306(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATAAGTCAACACT
SmilChr05G002352 Chr05 NC_080391.1:25531778-25531791promoter 内 1391-1404 bp + 2597 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 25534388-25540884(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACCTTTGACTTCTG
SmilChr06G000913 Chr06 NC_080392.1:8638062-8638075promoter 内 1364-1377 bp - 2624 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 8634629-8635438(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACCTTTGACTTCTG
SmilChr03G000967 Chr03 NC_080389.1:10937748-10937761promoter 内 1248-1261 bp + 2740 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 10940501-10942103(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCAGTTGACTTATC
SmilChr01G003865 Chr01 NC_080387.1:56894528-56894541promoter 内 1242-1255 bp - 2746 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 56897287-56900336(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAATAGTCAACTCA
SmilChr01G006148 Chr01 NC_080387.1:76949813-76949826promoter 内 1232-1245 bp + 2756 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 76952582-76955077(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGGGTTGACTTGTC
SmilChr07G004033 Chr07 NC_080393.1:51508287-51508300promoter 内 1102-1115 bp + 2886 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 51511186-51512423(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTGGTTGACTTCTA
SmilChr05G000293 Chr05 NC_080391.1:2232109-2232122promoter 内 1020-1033 bp + 2968 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 2235090-2237980(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTCTTTGACTTTCA
SmilChr05G000131 Chr05 NC_080391.1:1064156-1064169promoter 内 1018-1031 bp + 2970 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 1067139-1070320(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGCTTTGACTTCGG
SmilChr07G001473 Chr07 NC_080393.1:11575642-11575655promoter 内 960-973 bp - 3028 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 11571098-11572614(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAGTTGACTATTT
SmilChr05G003699 Chr05 NC_080391.1:50101202-50101215promoter 内 954-967 bp + 3034 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 50097133-50098168(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAGAAGTCAACACA
SmilChr03G002404 Chr03 NC_080389.1:38131519-38131532promoter 内 898-911 bp + 3090 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 38126882-38128429(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CTAAAGTCAACAAG
SmilChr07G003473 Chr07 NC_080393.1:38947851-38947864promoter 内 819-832 bp + 3169 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 38951033-38953195(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTAGTTGACTTCTA
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