转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002953; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011004-RA_Salv SmilChr04G002953 ARF XP_057809314.1 MP00033 TTTGTCGGC

可能结合的靶基因

9827 个结合位点 7406 个候选靶基因 第 76 / 149 下载 TSV

上一页 76 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004388 Chr01 NC_080387.1:62054469-62054477promoter 内 3658-3666 bp - 335 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 62048214-62054134(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AATGTCGGC
SmilChr01G005262 Chr01 NC_080387.1:70093026-70093034promoter 内 3646-3654 bp - 347 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 70093381-70095030(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACATT
SmilChr01G000982 Chr01 NC_080387.1:20791660-20791668promoter 内 3623-3631 bp - 370 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 20792038-20795706(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACATT
SmilChr01G001630 Chr01 NC_080387.1:30366237-30366245promoter 内 3617-3625 bp + 376 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 30366621-30368468(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AATGTCGGC
SmilChr02G002547 Chr02 NC_080388.1:44322305-44322313promoter 内 3614-3622 bp + 379 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 44322692-44324379(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AATGTCGGC
SmilChr02G003688 Chr02 NC_080388.1:58281386-58281394promoter 内 3554-3562 bp + 439 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 58274625-58280947(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACATT
SmilChr01G002566 Chr01 NC_080387.1:43767717-43767725promoter 内 3449-3457 bp - 544 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 43764827-43767173(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AATGTCGGC
SmilChr01G005971 Chr01 NC_080387.1:75385313-75385321promoter 内 3443-3451 bp + 550 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 75385871-75386831(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AATGTCGGC
SmilChr01G004011 Chr01 NC_080387.1:58525008-58525016promoter 内 3387-3395 bp - 606 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 58522849-58524402(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AATGTCGGC
SmilChr01G002550 Chr01 NC_080387.1:43605103-43605111promoter 内 3352-3360 bp + 641 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 43605752-43610948(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AATGTCGGC
SmilChr04G002795 Chr04 NC_080390.1:43809709-43809717promoter 内 3349-3357 bp - 644 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 43810361-43814888(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACATT
SmilChr02G003906 Chr02 NC_080388.1:61123626-61123634promoter 内 3325-3333 bp + 668 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 61124302-61124374(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AATGTCGGC
SmilChr04G001954 Chr04 NC_080390.1:31729493-31729501promoter 内 3325-3333 bp + 668 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 31730169-31732306(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AATGTCGGC
SmilChr01G004967 Chr01 NC_080387.1:67780252-67780260promoter 内 3277-3285 bp - 716 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 67780976-67783807(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACATT
SmilChr03G000327 Chr03 NC_080389.1:3733053-3733061promoter 内 3187-3195 bp + 806 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 3733867-3734983(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AATGTCGGC
SmilChr04G001807 Chr04 NC_080390.1:29559465-29559473promoter 内 3177-3185 bp - 816 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 29555573-29558649(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AATGTCGGC
SmilChr04G000476 Chr04 NC_080390.1:5078250-5078258promoter 内 3106-3114 bp + 887 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 5079145-5082259(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AATGTCGGC
SmilChr01G004581 Chr01 NC_080387.1:63857318-63857326promoter 内 3094-3102 bp - 899 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 63852750-63856419(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AATGTCGGC
SmilChr02G001391 Chr02 NC_080388.1:26406566-26406574promoter 内 3047-3055 bp - 946 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 26402064-26405620(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AATGTCGGC
SmilChr02G004332 Chr02 NC_080388.1:65589827-65589835promoter 内 3039-3047 bp - 954 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 65590789-65592409(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACATT
SmilChr03G003085 Chr03 NC_080389.1:47909292-47909300promoter 内 2900-2908 bp - 1093 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 47898724-47908199(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AATGTCGGC
SmilChr02G004820 Chr02 NC_080388.1:70317441-70317449promoter 内 2761-2769 bp + 1232 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 70318681-70323365(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AATGTCGGC
SmilChr02G005173 Chr02 NC_080388.1:73037041-73037049promoter 内 2746-2754 bp + 1247 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 73031943-73035794(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACATT
SmilChr03G002179 Chr03 NC_080389.1:33868556-33868564promoter 内 2715-2723 bp - 1278 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 33863274-33867278(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AATGTCGGC
SmilChr01G002079 Chr01 NC_080387.1:36741125-36741133promoter 内 2655-2663 bp - 1338 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 36742471-36743140(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACATT
SmilChr03G002597 Chr03 NC_080389.1:41273602-41273610promoter 内 2597-2605 bp + 1396 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 41262782-41272206(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACATT
SmilChr01G001928 Chr01 NC_080387.1:34452867-34452875promoter 内 2476-2484 bp + 1517 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 34449221-34451350(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACATT
SmilChr01G004541 Chr01 NC_080387.1:63562516-63562524promoter 内 2475-2483 bp + 1518 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 63559863-63560998(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACATT
SmilChr02G002426 Chr02 NC_080388.1:42239999-42240007promoter 内 2419-2427 bp - 1574 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 42241581-42241653(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACATT
SmilChr03G001626 Chr03 NC_080389.1:20916580-20916588promoter 内 2410-2418 bp + 1583 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 20918171-20918276(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AATGTCGGC
SmilChr02G000990 Chr02 NC_080388.1:17421028-17421036promoter 内 2387-2395 bp - 1606 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 17418789-17419422(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AATGTCGGC
SmilChr01G003809 Chr01 NC_080387.1:56464887-56464895promoter 内 2379-2387 bp + 1614 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 56461262-56463273(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACATT
SmilChr01G002408 Chr01 NC_080387.1:41551128-41551136promoter 内 2330-2338 bp - 1663 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 41455579-41549465(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AATGTCGGC
SmilChr01G001305 Chr01 NC_080387.1:25999169-25999177promoter 内 2270-2278 bp - 1723 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 26000900-26005209(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACATT
SmilChr02G003778 Chr02 NC_080388.1:59473066-59473074promoter 内 2259-2267 bp + 1734 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 59468707-59471332(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACATT
SmilChr02G003646 Chr02 NC_080388.1:57842426-57842434promoter 内 2161-2169 bp + 1832 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 57829536-57840594(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACATT
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