转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003973; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011986-RA_Salv SmilChr04G003973 HD-ZIP XP_057805857.1 MP00013 TAATGATTGG

可能结合的靶基因

9712 个结合位点 5927 个候选靶基因 第 76 / 119 下载 TSV

上一页 76 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001198 Chr01 NC_080387.1:24132442-24132451promoter 内 1193-1202 bp + 2799 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 24128820-24129643(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTT
SmilChr01G000469 Chr01 NC_080387.1:9583213-9583222promoter 内 1192-1201 bp + 2800 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 9586022-9587586(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGA
SmilChr02G004160 Chr02 NC_080388.1:63926181-63926190promoter 内 1182-1191 bp + 2810 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 63919134-63923371(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTT
SmilChr01G005885 Chr01 NC_080387.1:74769885-74769894promoter 内 1168-1177 bp + 2824 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 74763545-74767061(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATAT
SmilChr02G000989 Chr02 NC_080388.1:17406646-17406655promoter 内 1163-1172 bp + 2829 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 17409484-17412883(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GGATGATTGC
SmilChr02G000586 Chr02 NC_080388.1:8428393-8428402promoter 内 1144-1153 bp - 2848 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 8431250-8434837(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTT
SmilChr01G001246 Chr01 NC_080387.1:24976407-24976416promoter 内 1140-1149 bp + 2852 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 24971229-24973555(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTT
SmilChr01G005359 Chr01 NC_080387.1:70813791-70813800promoter 内 1136-1145 bp + 2856 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 70809376-70810935(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTT
SmilChr02G001529 Chr02 NC_080388.1:28521338-28521347promoter 内 1133-1142 bp - 2859 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 28524206-28524312(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTT
SmilChr02G001355 Chr02 NC_080388.1:25317920-25317929promoter 内 1128-1137 bp - 2864 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 25306259-25315056(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGA
SmilChr01G005864 Chr01 NC_080387.1:74582460-74582469promoter 内 1111-1120 bp + 2881 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 74579473-74579579(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTT
SmilChr01G005863 Chr01 NC_080387.1:74576605-74576614promoter 内 1110-1119 bp + 2882 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 74573617-74573723(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTT
SmilChr01G001634 Chr01 NC_080387.1:30400446-30400455promoter 内 1066-1075 bp + 2926 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 30392990-30397520(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTT
SmilChr02G000285 Chr02 NC_080388.1:3649503-3649512promoter 内 1062-1071 bp - 2930 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 3641492-3646573(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGA
SmilChr02G002197 Chr02 NC_080388.1:39207550-39207559promoter 内 1007-1016 bp + 2985 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 39210544-39212004(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGA
SmilChr02G002196 Chr02 NC_080388.1:39193941-39193950promoter 内 1004-1013 bp + 2988 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 39196938-39198398(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGA
SmilChr01G005681 Chr01 NC_080387.1:73081622-73081631promoter 内 961-970 bp + 3031 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 73074860-73078591(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTT
SmilChr02G002491 Chr02 NC_080388.1:43345931-43345940promoter 内 936-945 bp - 3056 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 43336395-43342875(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGA
SmilChr01G003734 Chr01 NC_080387.1:55634228-55634237promoter 内 935-944 bp - 3057 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 55629769-55631171(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGA
SmilChr01G005105 Chr01 NC_080387.1:68846206-68846215promoter 内 856-865 bp + 3136 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 68838134-68843070(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTT
SmilChr01G002469 Chr01 NC_080387.1:42421498-42421507promoter 内 752-761 bp - 3240 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 42417303-42418258(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGA
SmilChr01G005080 Chr01 NC_080387.1:68667827-68667836promoter 内 750-759 bp + 3242 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 68671078-68671149(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 ATATGATTGG
SmilChr02G003399 Chr02 NC_080388.1:55143259-55143268promoter 内 694-703 bp + 3298 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 55138377-55139961(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTT
SmilChr02G003469 Chr02 NC_080388.1:56004855-56004864promoter 内 688-697 bp + 3304 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 55986963-56001551(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTT
SmilChr01G004510 Chr01 NC_080387.1:63192761-63192770promoter 内 643-652 bp + 3349 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 63184665-63189412(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTT
SmilChr01G002682 Chr01 NC_080387.1:45035906-45035915promoter 内 633-642 bp - 3359 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 45031437-45032547(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GGATGATTGC
SmilChr02G003906 Chr02 NC_080388.1:61120900-61120909promoter 内 599-608 bp - 3393 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 61124302-61124374(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTT
SmilChr01G001295 Chr01 NC_080387.1:25789871-25789880promoter 内 537-546 bp - 3455 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 25793335-25805075(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTT
SmilChr02G001199 Chr02 NC_080388.1:22133585-22133594promoter 内 509-518 bp + 3483 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 22137077-22137821(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGA
SmilChr02G000950 Chr02 NC_080388.1:16511256-16511265promoter 内 406-415 bp + 3586 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 16514851-16515779(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GGATGATTGC
SmilChr01G000984 Chr01 NC_080387.1:20853260-20853269promoter 内 379-388 bp + 3613 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 20847482-20849647(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTT
SmilChr01G000367 Chr01 NC_080387.1:7613733-7613742promoter 内 265-274 bp - 3727 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 7609473-7610006(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGA
SmilChr01G001134 Chr01 NC_080387.1:23094938-23094947promoter 内 191-200 bp + 3801 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 23098748-23103278(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGA
SmilChr01G001036 Chr01 NC_080387.1:21547579-21547588promoter 内 165-174 bp - 3827 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 21551415-21557729(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTT
SmilChr01G003230 Chr01 NC_080387.1:51080973-51080982promoter 内 139-148 bp - 3853 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 51075306-51077120(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GGATGATTGC
SmilChr01G004782 Chr01 NC_080387.1:66006750-66006759promoter 内 119-128 bp - 3873 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 66010632-66013803(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATAT
SmilChr01G001465 Chr01 NC_080387.1:28456123-28456132promoter 内 72-81 bp + 3920 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 28450022-28452203(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATCC
SmilChr01G003556 Chr01 NC_080387.1:54192044-54192053promoter 内 63-72 bp - 3929 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 54185514-54188115(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGA
SmilChr01G001996 Chr01 NC_080387.1:35424639-35424648promoter 内 55-64 bp + 3937 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 35428585-35432335(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGA
SmilChr01G006017 Chr01 NC_080387.1:75751704-75751713promoter 内 3971-3980 bp + 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 75751734-75759911(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGA
SmilChr01G003976 Chr01 NC_080387.1:58199914-58199923promoter 内 3968-3977 bp - 24 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 58197199-58199890(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGA
SmilChr01G002821 Chr01 NC_080387.1:46769476-46769485promoter 内 3925-3934 bp + 67 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 46765440-46769409(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTT
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SmilChr01G004874 Chr01 NC_080387.1:66837459-66837468promoter 内 3887-3896 bp - 105 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 66837573-66839486(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATAT
SmilChr01G001910 Chr01 NC_080387.1:34230002-34230011promoter 内 3872-3881 bp + 120 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 34230131-34231196(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 ATATGATTGG
SmilChr02G001277 Chr02 NC_080388.1:23426962-23426971promoter 内 3833-3842 bp - 159 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 23422604-23426803(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGA
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SmilChr02G001046 Chr02 NC_080388.1:18513276-18513285promoter 内 3830-3839 bp - 162 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 18509589-18513114(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 ATATGATTGG
SmilChr01G001931 Chr01 NC_080387.1:34472710-34472719promoter 内 3798-3807 bp - 194 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 34472913-34474261(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTT
SmilChr01G003052 Chr01 NC_080387.1:49472447-49472456promoter 内 3795-3804 bp - 197 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 49470488-49472250(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 ATATGATTGG