转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 77 / 128 下载 TSV

上一页 77 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005642 Chr01 NC_080387.1:72850670-72850684promoter 内 3635-3649 bp - 352 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 72849507-72850318(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACATCTCCACCGCCT
SmilChr02G000608 Chr02 NC_080388.1:8877186-8877200promoter 内 3581-3595 bp + 406 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 8871483-8876780(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAGCGGTGGAGGGGT
SmilChr04G000084 Chr04 NC_080390.1:739597-739611promoter 内 3570-3584 bp - 417 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 735192-739180(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTGCCGCCACCGCCC
SmilChr01G000352 Chr01 NC_080387.1:7326966-7326980promoter 内 3480-3494 bp - 507 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 7325434-7326459(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACATCTCCACCGCCT
SmilChr02G002831 Chr02 NC_080388.1:48440665-48440679promoter 内 3453-3467 bp - 534 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 48438113-48440131(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTGCCGCCACCGCTG
SmilChr04G000185 Chr04 NC_080390.1:1641628-1641642promoter 内 3428-3442 bp + 559 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 1635759-1641069(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGTCGA
SmilChr04G000942 Chr04 NC_080390.1:12478680-12478694promoter 内 3379-3393 bp - 608 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 12479302-12480618(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGCCTA
SmilChr04G000943 Chr04 NC_080390.1:12488024-12488038promoter 内 3379-3393 bp - 608 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 12488646-12489962(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGCCTA
SmilChr05G000893 Chr05 NC_080391.1:7065721-7065735promoter 内 3373-3387 bp + 614 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 7062064-7065107(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGTCTG
SmilChr05G001042 Chr05 NC_080391.1:8531291-8531305promoter 内 3355-3369 bp + 632 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 8531937-8532604(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGACACCACCGCCG
SmilChr04G003685 Chr04 NC_080390.1:53266379-53266393promoter 内 3352-3366 bp - 635 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 53267028-53269126(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAAGGGA
SmilChr07G000975 Chr07 NC_080393.1:7091986-7092000promoter 内 3317-3331 bp + 670 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 7085983-7091316(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGCCAC
SmilChr07G000035 Chr07 NC_080393.1:161135-161149promoter 内 3266-3280 bp - 721 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 160343-160414(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCATCACCGCCA
SmilChr08G003350 Chr08 NC_080394.1:34923136-34923150promoter 内 3198-3212 bp + 789 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 34923939-34926749(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCGCCACCGCGC
SmilChr02G002353 Chr02 NC_080388.1:41317767-41317781promoter 内 3180-3194 bp - 807 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 41314921-41316960(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCACCACCACCGCTT
SmilChr02G000946 Chr02 NC_080388.1:16480851-16480865promoter 内 3176-3190 bp - 811 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 16481676-16483898(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCGGTGGCGGCAG
SmilChr05G002127 Chr05 NC_080391.1:22366385-22366399promoter 内 3052-3066 bp + 935 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 22364438-22365450(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGCCTA
SmilChr01G001408 Chr01 NC_080387.1:27677248-27677262promoter 内 3050-3064 bp + 937 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 27673850-27676311(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAAGGGA
SmilChr04G002628 Chr04 NC_080390.1:41690824-41690838promoter 内 2956-2970 bp + 1031 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 41691869-41691942(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCCGCCACCGCAG
SmilChr04G002672 Chr04 NC_080390.1:42118826-42118840promoter 内 2956-2970 bp + 1031 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 42119871-42119944(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCCGCCACCGCAG
SmilChr07G000893 Chr07 NC_080393.1:6417975-6417989promoter 内 2933-2947 bp - 1054 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 6419043-6423948(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTTGCTG
SmilChr02G000265 Chr02 NC_080388.1:3425641-3425655promoter 内 2873-2887 bp - 1114 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 3426769-3427796(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGATGGAGG
SmilChr07G004319 Chr07 NC_080393.1:55741505-55741519promoter 内 2797-2811 bp + 1190 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 55731195-55740315(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGTTTG
SmilChr01G001551 Chr01 NC_080387.1:29495737-29495751promoter 内 2645-2659 bp + 1342 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 29497093-29500181(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CACCATCCACCGCCG
SmilChr07G000461 Chr07 NC_080393.1:3256041-3256055promoter 内 2526-2540 bp + 1461 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 3257516-3260803(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTGCCGCCACCGCCC
SmilChr03G003260 Chr03 NC_080389.1:50497168-50497182promoter 内 2482-2496 bp + 1505 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 50495025-50495663(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAAGGGA
SmilChr01G002867 Chr01 NC_080387.1:47281894-47281908promoter 内 2343-2357 bp + 1644 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 47278591-47280250(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGTTTG
SmilChr08G002222 Chr08 NC_080394.1:20224692-20224706promoter 内 2291-2305 bp + 1696 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 20226402-20227190(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAGCCACCACCGCCG
SmilChr02G005274 Chr02 NC_080388.1:73819978-73819992promoter 内 2236-2250 bp - 1751 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 73813951-73818227(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCCGCCACCGCAG
SmilChr01G003424 Chr01 NC_080387.1:52912568-52912582promoter 内 2214-2228 bp + 1773 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 52908982-52910795(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGACGGTGA
SmilChr04G000293 Chr04 NC_080390.1:2728032-2728046promoter 内 2190-2204 bp - 1797 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 2729843-2733988(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAAGGGA
SmilChr05G000377 Chr05 NC_080391.1:2829789-2829803promoter 内 2166-2180 bp + 1821 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 2831624-2833390(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCATCCACCGCTA
SmilChr03G002472 Chr03 NC_080389.1:39180468-39180482promoter 内 2104-2118 bp - 1883 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 39182365-39183194(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAAGGGA
SmilChr02G001403 Chr02 NC_080388.1:26615756-26615770promoter 内 2077-2091 bp - 1910 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 26617680-26620835(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGATGT
SmilChr04G003684 Chr04 NC_080390.1:53266379-53266393promoter 内 2024-2038 bp - 1963 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 53261147-53264416(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCCCTTCCACCGCCT
SmilChr03G002488 Chr03 NC_080389.1:39556027-39556041promoter 内 1942-1956 bp - 2045 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 39558086-39561065(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ATGCGGTGGTGGTGG
SmilChr04G001164 Chr04 NC_080390.1:17304704-17304718promoter 内 1873-1887 bp - 2114 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 17300097-17302590(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCATCCACCGCCA
SmilChr02G002370 Chr02 NC_080388.1:41501686-41501700promoter 内 1817-1831 bp - 2170 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 41503870-41505828(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGATGAGA
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SmilChr08G000838 Chr08 NC_080394.1:6207543-6207557promoter 内 1521-1535 bp - 2466 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 6200734-6205077(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCACCGTCACCGCCG
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SmilChr04G001331 Chr04 NC_080390.1:21506687-21506701promoter 内 972-986 bp + 3015 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 21509716-21510660(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAGGCGCCACCGCCG
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