转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001252; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025976-RA_Salv SmilChr03G001252 bZIP XP_057802461.1 MP00291 AATGGTCACGTGGCA

可能结合的靶基因

9321 个结合位点 6894 个候选靶基因 第 77 / 138 下载 TSV

上一页 77 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003625 Chr03 NC_080389.1:54918940-54918954promoter 内 505-519 bp + 3482 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 54922436-54923545(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGAGTTTACGTGGCA
SmilChr08G004052 Chr08 NC_080394.1:49029646-49029660promoter 内 347-361 bp - 3640 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 49023975-49026006(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CTATCCTACGTGGCA
SmilChr02G003306 Chr02 NC_080388.1:54332932-54332946promoter 内 330-344 bp - 3657 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 54325880-54329275(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATTGACACGTGGAA
SmilChr05G000154 Chr05 NC_080391.1:1244039-1244053promoter 内 248-262 bp + 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 1247792-1249561(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GAGTCTGACGTGGCT
SmilChr08G004710 Chr08 NC_080394.1:56534960-56534974promoter 内 245-259 bp - 3742 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 56528501-56531218(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGAATTGACGTGGCG
SmilChr08G002851 Chr08 NC_080394.1:28360128-28360142promoter 内 157-171 bp - 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 28353625-28356298(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGAGTTTACGTGGCA
SmilChr05G001111 Chr05 NC_080391.1:9283256-9283270promoter 内 133-147 bp - 3854 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 9276532-9279402(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGAGTTTACGTGGCA
SmilChr04G003036 Chr04 NC_080390.1:46841723-46841737promoter 内 54-68 bp + 3933 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 46845670-46846062(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGAGTTTACGTGGCA
SmilChr02G004842 Chr02 NC_080388.1:70545259-70545273promoter 内 2422-2436 bp + 1565 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 70546838-70550264(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ATGAAACACGTGGCA
SmilChr02G005081 Chr02 NC_080388.1:72436997-72437011promoter 内 1259-1273 bp + 2728 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 72432735-72434269(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGTCCTGA
SmilChr01G005876 Chr01 NC_080387.1:74708745-74708759promoter 内 3594-3608 bp + 393 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 74707107-74708352(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGCCACGTCTTAACC
SmilChr03G002188 Chr03 NC_080389.1:34179216-34179230promoter 内 2319-2333 bp - 1668 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 34180898-34182773(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGTCCTGA
SmilChr08G002450 Chr08 NC_080394.1:23308512-23308526promoter 内 2074-2088 bp + 1913 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 23306497-23306599(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTCAACATT
SmilChr01G000149 Chr01 NC_080387.1:2552904-2552918promoter 内 2065-2079 bp - 1922 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 2554840-2563158(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTATTCCTC
SmilChr05G001149 Chr05 NC_080391.1:9654122-9654136promoter 内 1723-1737 bp + 2264 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 9648488-9651858(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGAGAAAA
SmilChr04G003386 Chr04 NC_080390.1:50422564-50422578promoter 内 1447-1461 bp + 2540 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 50417948-50420024(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGTCCTGA
SmilChr08G004364 Chr08 NC_080394.1:53373526-53373540promoter 内 1354-1368 bp - 2633 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 53368899-53370893(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TCAGGACACGTGGCT
SmilChr01G005877 Chr01 NC_080387.1:74708745-74708759promoter 内 1347-1361 bp + 2640 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 74711399-74715640(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGTTAAGACGTGGCC
SmilChr03G001252 Chr03 NC_080389.1:14441935-14441949promoter 内 1346-1360 bp + 2641 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 14444590-14449243(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AAGTGTGACGTGGCT
SmilChr01G003353 Chr01 NC_080387.1:52280243-52280257promoter 内 1163-1177 bp + 2824 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 52283081-52286271(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TCAGGACACGTGGCT
SmilChr03G003050 Chr03 NC_080389.1:47401017-47401031promoter 内 993-1007 bp + 2994 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 47393487-47398023(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTCCACGTGGCTAAC
SmilChr08G004918 Chr08 NC_080394.1:58124774-58124788promoter 内 822-836 bp - 3165 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 58127953-58129973(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGATGTAT
SmilChr02G004841 Chr02 NC_080388.1:70545259-70545273promoter 内 547-561 bp + 3440 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 70536269-70541819(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGTTTCAT
SmilChr08G001589 Chr08 NC_080394.1:13139614-13139628promoter 内 501-515 bp - 3486 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 13131642-13136128(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGACCTCACGTGGCC
SmilChr08G001601 Chr08 NC_080394.1:13259817-13259831promoter 内 465-479 bp - 3522 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 13251846-13256295(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGACCTCACGTGGCC
SmilChr01G001628 Chr01 NC_080387.1:30346745-30346759promoter 内 3986-4000 bp - 1 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 30341174-30346744(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGGCATCACGTGGCG
SmilChr02G002843 Chr02 NC_080388.1:48574565-48574579promoter 内 3963-3977 bp - 24 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 48574603-48577977(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGGACCT
SmilChr01G001923 Chr01 NC_080387.1:34378099-34378113promoter 内 3950-3964 bp - 37 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 34378150-34381522(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTATTCCTC
SmilChr02G001938 Chr02 NC_080388.1:34831845-34831859promoter 内 3886-3900 bp + 101 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 34831960-34835432(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AACCAACACGTGGCA
SmilChr06G001122 Chr06 NC_080392.1:11290013-11290027promoter 内 3853-3867 bp - 134 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 11288426-11289879(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TAGATTGACGTGGCA
SmilChr07G000079 Chr07 NC_080393.1:379786-379800promoter 内 3852-3866 bp - 135 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 375452-379651(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ATAAAAGACGTGGCA
SmilChr06G001106 Chr06 NC_080392.1:11169895-11169909promoter 内 3847-3861 bp - 140 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 11168014-11169755(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TAGATTGACGTGGCA
SmilChr06G003020 Chr06 NC_080392.1:43063251-43063265promoter 内 3776-3790 bp - 211 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 43058578-43063040(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ACCCGACACGTGGCG
SmilChr03G001052 Chr03 NC_080389.1:12241141-12241155promoter 内 3753-3767 bp + 234 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 12241389-12243025(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GTGTCTGACGTGGCT
SmilChr03G003297 Chr03 NC_080389.1:51096146-51096160promoter 内 3713-3727 bp + 274 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 51096434-51098033(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATGTTGACGTGGCT
SmilChr01G000060 Chr01 NC_080387.1:959593-959607promoter 内 3701-3715 bp + 286 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 957173-959307(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTAAGATAA
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