转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002503; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027448-RA_Salv SmilChr03G002503 MYB XP_057801356.1 MP00482 AAAATATGACCGTTG

可能结合的靶基因

8940 个结合位点 6899 个候选靶基因 第 77 / 138 下载 TSV

上一页 77 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G002674 Chr06 NC_080392.1:38661959-38661973promoter 内 3715-3729 bp - 272 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 38658973-38661687(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATTCATTTACCGTTG
SmilChr04G001104 Chr04 NC_080390.1:15809003-15809017promoter 内 3651-3665 bp - 336 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 15806728-15808667(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTGAGACGACCGTTG
SmilChr04G001585 Chr04 NC_080390.1:26342152-26342166promoter 内 3646-3660 bp - 341 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 26342507-26355706(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAAAAGAGC
SmilChr03G000833 Chr03 NC_080389.1:9558841-9558855promoter 内 3603-3617 bp - 384 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 9556772-9558457(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ACCATCCAACCGTTG
SmilChr07G001252 Chr07 NC_080393.1:9659400-9659414promoter 内 3561-3575 bp + 426 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 9654287-9658974(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGATCTTG
SmilChr01G005544 Chr01 NC_080387.1:72249085-72249099promoter 内 3506-3520 bp - 481 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 72249580-72252845(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTTTATAG
SmilChr06G003204 Chr06 NC_080392.1:44878130-44878144promoter 内 3410-3424 bp + 577 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 44876099-44877553(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTATATATAT
SmilChr04G001275 Chr04 NC_080390.1:20290556-20290570promoter 内 3388-3402 bp + 599 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 20273678-20289957(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCGATGCTC
SmilChr08G000004 Chr08 NC_080394.1:64817-64831promoter 内 3388-3402 bp + 599 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 65430-69058(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTTGCATGACCGTTG
SmilChr02G000445 Chr02 NC_080388.1:5832335-5832349promoter 内 3314-3328 bp + 673 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 5829772-5831662(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAATAGACG
SmilChr03G002024 Chr03 NC_080389.1:30353539-30353553promoter 内 3250-3264 bp + 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 30351231-30352802(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAATAGACG
SmilChr08G000472 Chr08 NC_080394.1:3365992-3366006promoter 内 3243-3257 bp + 744 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 3366750-3370467(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTTTTTGGACCGTTA
SmilChr05G003913 Chr05 NC_080391.1:52857288-52857302promoter 内 3218-3232 bp + 769 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 52855738-52856519(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCGCAAATC
SmilChr07G002771 Chr07 NC_080393.1:27574398-27574412promoter 内 3205-3219 bp + 782 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 27570522-27573616(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCAACAGAG
SmilChr08G004560 Chr08 NC_080394.1:55203158-55203172promoter 内 3118-3132 bp - 869 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 55204041-55209929(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCACCGCCC
SmilChr01G001128 Chr01 NC_080387.1:22888778-22888792promoter 内 3095-3109 bp + 892 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 22887781-22887886(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCGTCTCAA
SmilChr03G002793 Chr03 NC_080389.1:44418050-44418064promoter 内 3075-3089 bp + 912 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 44413509-44417138(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTACCTTCAG
SmilChr06G002887 Chr06 NC_080392.1:41733396-41733410promoter 内 3003-3017 bp - 984 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 41734394-41737301(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCTGGTTAT
SmilChr05G003887 Chr05 NC_080391.1:52615749-52615763promoter 内 2937-2951 bp + 1050 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 52616813-52620940(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GGGCGGTGACCGTTG
SmilChr01G004392 Chr01 NC_080387.1:62094413-62094427promoter 内 2881-2895 bp - 1106 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 62091011-62093307(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TATAGTCTACCGTTG
SmilChr04G001276 Chr04 NC_080390.1:20290556-20290570promoter 内 2862-2876 bp + 1125 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 20291695-20292501(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GAGCATCGACCGTTG
SmilChr01G000817 Chr01 NC_080387.1:17607539-17607553promoter 内 2826-2840 bp + 1161 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 17605350-17606378(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAATAGACG
SmilChr08G001135 Chr08 NC_080394.1:8919146-8919160promoter 内 2680-2694 bp - 1307 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 8920467-8922436(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTTTATAG
SmilChr04G000106 Chr04 NC_080390.1:937484-937498promoter 内 2640-2654 bp - 1347 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 938845-941620(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAGTCTAAT
SmilChr03G001153 Chr03 NC_080389.1:13313628-13313642promoter 内 2635-2649 bp - 1352 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 13308143-13312276(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAGGTGCAACCGTTG
SmilChr03G001226 Chr03 NC_080389.1:14147550-14147564promoter 内 2631-2645 bp + 1356 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 14148920-14152203(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCGAATAGACCGTTG
SmilChr05G001562 Chr05 NC_080391.1:14304145-14304159promoter 内 2615-2629 bp - 1372 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 14300146-14302773(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTTTTGAAACCGTTG
SmilChr08G003816 Chr08 NC_080394.1:44346701-44346715promoter 内 2441-2455 bp + 1546 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 44348261-44353019(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATTTTAAAACCGTTG
SmilChr07G000594 Chr07 NC_080393.1:4061586-4061600promoter 内 2403-2417 bp - 1584 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 4056473-4060002(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GAATCCATACCGTTG
SmilChr07G000246 Chr07 NC_080393.1:1585521-1585535promoter 内 2392-2406 bp - 1595 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 1582773-1583926(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ACTCACTTACCGTTG
SmilChr08G002210 Chr08 NC_080394.1:20074541-20074555promoter 内 2386-2400 bp - 1601 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 20076156-20079410(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTCCTTGCT
SmilChr06G002993 Chr06 NC_080392.1:42773947-42773961promoter 内 2335-2349 bp - 1652 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 42768444-42772295(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTGAAGGTACCGTTG
SmilChr04G000600 Chr04 NC_080390.1:6784216-6784230promoter 内 2301-2315 bp - 1686 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 6779158-6782530(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AATTTACGACCGTTT
SmilChr03G001363 Chr03 NC_080389.1:15984582-15984596promoter 内 2280-2294 bp + 1707 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 15982216-15982875(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTCAAAAC
SmilChr02G002815 Chr02 NC_080388.1:48223789-48223803promoter 内 2265-2279 bp + 1722 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 48217897-48222067(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCACCGCCC
SmilChr02G005050 Chr02 NC_080388.1:72225801-72225815promoter 内 2243-2257 bp + 1744 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 72227559-72227661(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATTAGACTACCGTTG
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SmilChr02G005051 Chr02 NC_080388.1:72225801-72225815promoter 内 2101-2115 bp + 1886 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 72227701-72227787(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATTAGACTACCGTTG
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