转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001269; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019281-RA_Salv SmilChr05G001269 G2-like XP_057765199.1 MP00252 AAAAGAATATTCC

可能结合的靶基因

9780 个结合位点 6478 个候选靶基因 第 78 / 130 下载 TSV

上一页 78 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002892 Chr02 NC_080388.1:49208731-49208743promoter 内 1263-1275 bp + 2726 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 49211469-49213739(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGCAGAATATTTT
SmilChr01G003062 Chr01 NC_080387.1:49502908-49502920promoter 内 1179-1191 bp + 2810 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 49495889-49500098(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCTGCT
SmilChr03G000804 Chr03 NC_080389.1:9202499-9202511promoter 内 1141-1153 bp + 2848 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 9197100-9199651(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCTGCT
SmilChr01G000552 Chr01 NC_080387.1:11496754-11496766promoter 内 1088-1100 bp - 2901 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 11499667-11501535(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCTGCT
SmilChr01G000816 Chr01 NC_080387.1:17605586-17605598promoter 内 1079-1091 bp - 2910 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 17602212-17602676(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAAGGAATATTGG
SmilChr01G001457 Chr01 NC_080387.1:28265832-28265844promoter 内 1055-1067 bp + 2934 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 28268778-28269917(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGCAGAATATTTT
SmilChr02G002933 Chr02 NC_080388.1:49835041-49835053promoter 内 1041-1053 bp - 2948 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 49827147-49832093(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TAGGGAATATTGC
SmilChr01G004350 Chr01 NC_080387.1:61697567-61697579promoter 内 997-1009 bp - 2992 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 61700571-61709022(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCTGCT
SmilChr01G003605 Chr01 NC_080387.1:54588126-54588138promoter 内 987-999 bp + 3002 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 54584642-54585124(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGGATATTCTTAT
SmilChr03G000433 Chr03 NC_080389.1:4683998-4684010promoter 内 975-987 bp + 3014 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 4687024-4693070(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GCAAGAATATTCA
SmilChr02G003800 Chr02 NC_080388.1:59635245-59635257promoter 内 959-971 bp - 3030 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 59631682-59632215(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGCAGAATATTTT
SmilChr01G003700 Chr01 NC_080387.1:55386829-55386841promoter 内 850-862 bp - 3139 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 55374162-55383690(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GCCAGAATATCCG
SmilChr01G002906 Chr01 NC_080387.1:47761252-47761264promoter 内 818-830 bp - 3171 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 47752984-47758081(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGCAGAATATTTT
SmilChr01G000134 Chr01 NC_080387.1:2267447-2267459promoter 内 805-817 bp + 3184 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 2270643-2271913(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAAGAATATATC
SmilChr01G004823 Chr01 NC_080387.1:66402845-66402857promoter 内 796-808 bp - 3193 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 66406050-66412791(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCTGCT
SmilChr02G003631 Chr02 NC_080388.1:57660112-57660124promoter 内 741-753 bp + 3248 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 57650555-57656864(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCTGCT
SmilChr01G005099 Chr01 NC_080387.1:68828972-68828984promoter 内 739-751 bp + 3250 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 68806204-68825722(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAAATATTCGTAA
SmilChr01G001251 Chr01 NC_080387.1:25129962-25129974promoter 内 720-732 bp + 3269 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 25133243-25133875(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGCAGAATATTTT
SmilChr01G006091 Chr01 NC_080387.1:76393823-76393835promoter 内 698-710 bp - 3291 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 76397126-76481394(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCTTTA
SmilChr02G002502 Chr02 NC_080388.1:43515924-43515936promoter 内 683-695 bp - 3306 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 43519242-43523394(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GTAATATTCTCAT
SmilChr01G002939 Chr01 NC_080387.1:48176353-48176365promoter 内 636-648 bp - 3353 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 48165428-48173000(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ACGAGAATATTTC
SmilChr01G004170 Chr01 NC_080387.1:60195173-60195185promoter 内 616-628 bp - 3373 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 60188254-60191800(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGCAGAATATTTT
SmilChr02G001889 Chr02 NC_080388.1:34187423-34187435promoter 内 616-628 bp + 3373 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 34183245-34184050(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCTGCT
SmilChr01G005648 Chr01 NC_080387.1:72880232-72880244promoter 内 591-603 bp - 3398 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 72875921-72876834(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGCAGAATATTTT
SmilChr01G000597 Chr01 NC_080387.1:13027431-13027443promoter 内 513-525 bp - 3476 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 13030919-13035413(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCTGCT
SmilChr01G000979 Chr01 NC_080387.1:20740695-20740707promoter 内 496-508 bp + 3493 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 20744200-20746027(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAAGAATATATC
SmilChr02G005384 Chr02 NC_080388.1:74499509-74499521promoter 内 490-502 bp - 3499 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 74494794-74496010(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AATCGAATATTTT
SmilChr02G003940 Chr02 NC_080388.1:61533700-61533712promoter 内 463-475 bp - 3526 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 61537238-61542890(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCTGCT
SmilChr01G005088 Chr01 NC_080387.1:68753956-68753968promoter 内 450-462 bp - 3539 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 68757507-68758834(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCTGCT
SmilChr03G000269 Chr03 NC_080389.1:3108370-3108382promoter 内 450-462 bp - 3539 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 3100105-3104831(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGCAGAATATTTT
SmilChr01G005926 Chr01 NC_080387.1:75068202-75068214promoter 内 438-450 bp + 3551 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 75063982-75064651(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GATATATTCTTTC
SmilChr02G002891 Chr02 NC_080388.1:49208731-49208743promoter 内 430-442 bp + 3559 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 49204177-49205172(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCTGCT
SmilChr01G000896 Chr01 NC_080387.1:19003677-19003689promoter 内 414-426 bp + 3575 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 19007264-19008454(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGCAGAATATTTT
SmilChr02G005307 Chr02 NC_080388.1:73991261-73991273promoter 内 408-420 bp + 3581 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 73985367-73987680(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAAATATTCGATG
SmilChr02G002543 Chr02 NC_080388.1:44284717-44284729promoter 内 399-411 bp - 3590 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 44288319-44293962(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCTGCT
SmilChr02G002714 Chr02 NC_080388.1:46980201-46980213promoter 内 398-410 bp + 3591 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 46983804-46987494(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGCAGAATATTTT
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