转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003973; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011986-RA_Salv SmilChr04G003973 HD-ZIP XP_057805857.1 MP00013 TAATGATTGG

可能结合的靶基因

9712 个结合位点 5927 个候选靶基因 第 79 / 119 下载 TSV

上一页 79 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004802 Chr01 NC_080387.1:66232734-66232743promoter 内 2253-2262 bp + 1739 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 66234482-66236984(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGA
SmilChr01G000606 Chr01 NC_080387.1:13443298-13443307promoter 内 2250-2259 bp + 1742 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 13445049-13452321(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 ATATGATTGG
SmilChr02G003123 Chr02 NC_080388.1:52230698-52230707promoter 内 2247-2256 bp + 1745 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 52232452-52238966(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 ATATGATTGG
SmilChr02G003063 Chr02 NC_080388.1:51471143-51471152promoter 内 2210-2219 bp - 1782 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 51462837-51469361(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 ATATGATTGG
SmilChr01G000082 Chr01 NC_080387.1:1518269-1518278promoter 内 2203-2212 bp - 1789 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 1520067-1520775(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTT
SmilChr01G004720 Chr01 NC_080387.1:65405845-65405854promoter 内 2199-2208 bp + 1793 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 65399256-65404052(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATAT
SmilChr01G004347 Chr01 NC_080387.1:61613871-61613880promoter 内 2168-2177 bp + 1824 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 61615704-61616943(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGA
SmilChr02G002723 Chr02 NC_080388.1:47084551-47084560promoter 内 2099-2108 bp - 1893 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 47086453-47091132(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTT
SmilChr01G003174 Chr01 NC_080387.1:50543856-50543865promoter 内 2094-2103 bp + 1898 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 50545763-50553870(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 ATATGATTGG
SmilChr01G003322 Chr01 NC_080387.1:51924978-51924987promoter 内 2090-2099 bp - 1902 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 51920813-51923076(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 ATATGATTGG
SmilChr01G002521 Chr01 NC_080387.1:43182640-43182649promoter 内 2049-2058 bp + 1943 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 43184592-43186017(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGA
SmilChr01G002335 Chr01 NC_080387.1:40507454-40507463promoter 内 2025-2034 bp + 1967 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 40504640-40505487(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATAT
SmilChr01G005320 Chr01 NC_080387.1:70430496-70430505promoter 内 2011-2020 bp + 1981 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 70424670-70428515(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATCC
SmilChr01G005317 Chr01 NC_080387.1:70430496-70430505promoter 内 2005-2014 bp + 1987 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 70412045-70428509(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATCC
SmilChr01G001716 Chr01 NC_080387.1:31640201-31640210promoter 内 1987-1996 bp - 2005 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 31635137-31638196(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGA
SmilChr01G001488 Chr01 NC_080387.1:28656350-28656359promoter 内 1983-1992 bp + 2009 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 28658368-28662849(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GGATGATTGC
SmilChr01G002635 Chr01 NC_080387.1:44633203-44633212promoter 内 1977-1986 bp - 2015 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 44635227-44639956(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTT
SmilChr01G000615 Chr01 NC_080387.1:13569593-13569602promoter 内 1950-1959 bp + 2042 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 13571644-13579885(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGA
SmilChr01G000373 Chr01 NC_080387.1:7684174-7684183promoter 内 1948-1957 bp - 2044 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 7686227-7698295(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTT
SmilChr02G002608 Chr02 NC_080388.1:45241872-45241881promoter 内 1921-1930 bp + 2071 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 45237515-45239801(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTT
SmilChr01G003250 Chr01 NC_080387.1:51217455-51217464promoter 内 1900-1909 bp + 2092 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 51219556-51221377(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGA
SmilChr01G002667 Chr01 NC_080387.1:44897098-44897107promoter 内 1864-1873 bp - 2128 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 44886469-44894970(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGA
SmilChr02G003246 Chr02 NC_080388.1:53726429-53726438promoter 内 1860-1869 bp - 2132 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 53714224-53724297(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGA
SmilChr01G005386 Chr01 NC_080387.1:71156232-71156241promoter 内 1859-1868 bp + 2133 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 71158374-71160147(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGA
SmilChr02G001713 Chr02 NC_080388.1:31517807-31517816promoter 内 1853-1862 bp + 2139 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 31519955-31524235(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GGATGATTGC
SmilChr01G001265 Chr01 NC_080387.1:25347869-25347878promoter 内 1829-1838 bp - 2163 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 25343733-25345706(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGA
SmilChr01G003196 Chr01 NC_080387.1:50732314-50732323promoter 内 1813-1822 bp - 2179 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 50723368-50730135(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGA
SmilChr01G004668 Chr01 NC_080387.1:64793913-64793922promoter 内 1791-1800 bp - 2201 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 64789175-64791712(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGA
SmilChr02G000159 Chr02 NC_080388.1:2064238-2064247promoter 内 1770-1779 bp - 2222 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 2061494-2062016(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 ATATGATTGG
SmilChr02G000844 Chr02 NC_080388.1:14332111-14332120promoter 内 1760-1769 bp - 2232 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 14329173-14329879(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGA
SmilChr01G004772 Chr01 NC_080387.1:65911160-65911169promoter 内 1735-1744 bp - 2257 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 65905160-65908903(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 ATATGATTGG
SmilChr01G002088 Chr01 NC_080387.1:36864516-36864525promoter 内 1700-1709 bp - 2292 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 36861484-36862224(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GGATGATTGC
SmilChr02G002065 Chr02 NC_080388.1:37210262-37210271promoter 内 1699-1708 bp - 2293 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 37203806-37207969(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGA
SmilChr01G002902 Chr01 NC_080387.1:47702321-47702330promoter 内 1693-1702 bp - 2299 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 47698916-47700022(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GGATGATTGC
SmilChr02G000783 Chr02 NC_080388.1:12871566-12871575promoter 内 1690-1699 bp - 2302 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 12865618-12869264(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGA
SmilChr01G000845 Chr01 NC_080387.1:18294986-18294995promoter 内 1685-1694 bp - 2307 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 18297302-18299187(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATCC
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