转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004607; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002089-RA_Salv SmilChr02G004607 C2H2 XP_057791470.1 MP00608 AAAAACAGAGCA

可能结合的靶基因

9817 个结合位点 6398 个候选靶基因 第 80 / 128 下载 TSV

上一页 80 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004581 Chr02 NC_080388.1:68304687-68304698promoter 内 3959-3970 bp - 31 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 68300347-68304656(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TAAAACAGAATA
SmilChr02G003026 Chr02 NC_080388.1:50929000-50929011promoter 内 3922-3933 bp + 68 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 50925664-50928932(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGCTCTGTATCT
SmilChr01G004313 Chr01 NC_080387.1:61303294-61303305promoter 内 3915-3926 bp - 75 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 61300692-61303219(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAAAC
SmilChr02G004941 Chr02 NC_080388.1:72349720-72349731promoter 内 3885-3896 bp - 105 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 71365587-72349615(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TAAAACAGAATA
SmilChr01G004734 Chr01 NC_080387.1:65517885-65517896promoter 内 3828-3839 bp - 162 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 65513431-65517723(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TAAAACAGAATA
SmilChr01G001773 Chr01 NC_080387.1:32646899-32646910promoter 内 3742-3753 bp - 248 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 32647158-32649996(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TATTCTGTTTTA
SmilChr02G001562 Chr02 NC_080388.1:28892522-28892533promoter 内 3490-3501 bp + 500 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 28893033-28895362(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAATT
SmilChr01G000477 Chr01 NC_080387.1:9784800-9784811promoter 内 3463-3474 bp + 527 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 9785338-9787272(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTAAACAGAGCA
SmilChr03G001860 Chr03 NC_080389.1:25680852-25680863promoter 内 3380-3391 bp + 610 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 25681473-25688528(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GAGGACAGAGCA
SmilChr03G000842 Chr03 NC_080389.1:9611824-9611835promoter 内 3156-3167 bp - 834 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 9612669-9613799(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTAA
SmilChr01G003026 Chr01 NC_080387.1:49314323-49314334promoter 内 3133-3144 bp + 857 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 49310146-49313466(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AATTCTGTTTTT
SmilChr02G002775 Chr02 NC_080388.1:47813558-47813569promoter 内 3051-3062 bp - 939 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 47814508-47817471(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GTTTCTGTTTTT
SmilChr02G003611 Chr02 NC_080388.1:57366588-57366599promoter 内 2959-2970 bp + 1031 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 57365102-57365557(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AATTCTGTTTTT
SmilChr01G002452 Chr01 NC_080387.1:42124541-42124552promoter 内 2909-2920 bp + 1081 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 42122634-42123460(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GTTTCTGTTTTT
SmilChr02G004866 Chr02 NC_080388.1:70775090-70775101promoter 内 2789-2800 bp + 1201 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 70767168-70773889(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GATTCTGTTTCC
SmilChr01G004349 Chr01 NC_080387.1:61693950-61693961promoter 内 2777-2788 bp - 1213 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 61690687-61692737(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CAATACAGAGCC
SmilChr02G002679 Chr02 NC_080388.1:46380114-46380125promoter 内 2752-2763 bp + 1238 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 46381363-46381773(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TAAAACAGAATA
SmilChr01G002998 Chr01 NC_080387.1:48930775-48930786promoter 内 2625-2636 bp + 1365 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 48927161-48929410(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AATTCTGTTTCT
SmilChr01G001942 Chr01 NC_080387.1:34590352-34590363promoter 内 2504-2515 bp - 1486 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 34591849-34595261(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTAA
SmilChr01G005028 Chr01 NC_080387.1:68237373-68237384promoter 内 2451-2462 bp + 1539 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 68235079-68235834(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTAA
SmilChr02G001284 Chr02 NC_080388.1:23680906-23680917promoter 内 2415-2426 bp + 1575 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 23677852-23679331(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GTTTCTGTTTTT
SmilChr02G002391 Chr02 NC_080388.1:41827629-41827640promoter 内 2361-2372 bp + 1629 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 41829269-41830793(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGAAACAGAATT
SmilChr01G004198 Chr01 NC_080387.1:60451225-60451236promoter 内 2349-2360 bp - 1641 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 60452877-60464940(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GATTCTGTTTTC
SmilChr01G000392 Chr01 NC_080387.1:8061677-8061688promoter 内 2312-2323 bp - 1678 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 8063366-8067583(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTAA
SmilChr01G004056 Chr01 NC_080387.1:58995850-58995861promoter 内 2308-2319 bp - 1682 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 58997543-59001149(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GATTCTGTTTCC
SmilChr03G000931 Chr03 NC_080389.1:10628101-10628112promoter 内 2214-2225 bp + 1776 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 10622838-10626325(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTAA
SmilChr01G004226 Chr01 NC_080387.1:60635967-60635978promoter 内 2026-2037 bp + 1964 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 60631906-60634003(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AATTCTGTTTTT
SmilChr02G000017 Chr02 NC_080388.1:132298-132309promoter 内 2002-2013 bp - 1988 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 128166-130310(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTAAACAGAGCA
SmilChr02G004194 Chr02 NC_080388.1:64278105-64278116promoter 内 1990-2001 bp + 2000 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 64280116-64286842(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAATT
SmilChr01G004240 Chr01 NC_080387.1:60720978-60720989promoter 内 1915-1926 bp - 2075 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 60715424-60718903(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGATACAGAGCA
SmilChr02G001771 Chr02 NC_080388.1:32479398-32479409promoter 内 1896-1907 bp - 2094 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 32472307-32477304(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGAAACAGAATT
SmilChr01G002865 Chr01 NC_080387.1:47259242-47259253promoter 内 1851-1862 bp + 2139 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 47249276-47257103(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GATTCTGTTTCC
SmilChr01G001728 Chr01 NC_080387.1:31831083-31831094promoter 内 1849-1860 bp + 2141 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 31833235-31835884(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGATACAGAGCA
SmilChr03G000932 Chr03 NC_080389.1:10632687-10632698promoter 内 1721-1732 bp + 2269 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 10627442-10630418(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTAA
SmilChr03G001187 Chr03 NC_080389.1:13680026-13680037promoter 内 1707-1718 bp + 2283 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 13655651-13677743(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AATTCTGTTTTT
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