转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000070; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001046-RA_Salv SmilChr04G000070 bHLH XP_057807324.1 MP00034 CCACGTGC

可能结合的靶基因

9929 个结合位点 6653 个候选靶基因 第 80 / 134 下载 TSV

上一页 80 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001623 Chr02 NC_080388.1:30154326-30154333promoter 内 232-239 bp - 3762 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 30158095-30162904(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGA
SmilChr03G001801 Chr03 NC_080389.1:24618275-24618282promoter 内 229-236 bp + 3765 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 24613175-24614510(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGA
SmilChr03G002734 Chr03 NC_080389.1:43437899-43437906promoter 内 223-230 bp + 3771 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 43441677-43449727(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGC
SmilChr02G002245 Chr02 NC_080388.1:39870828-39870835promoter 内 222-229 bp + 3772 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 39864346-39867056(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGT
SmilChr03G000858 Chr03 NC_080389.1:9816842-9816849promoter 内 222-229 bp + 3772 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 9798326-9813070(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGA
SmilChr03G002638 Chr03 NC_080389.1:41968590-41968597promoter 内 216-223 bp - 3778 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 41963633-41964812(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGC
SmilChr01G001743 Chr01 NC_080387.1:32122410-32122417promoter 内 215-222 bp - 3779 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 32118551-32118631(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGC
SmilChr05G000513 Chr05 NC_080391.1:3959498-3959505promoter 内 215-222 bp + 3779 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 3952999-3955719(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGA
SmilChr05G003294 Chr05 NC_080391.1:43100086-43100093promoter 内 213-220 bp - 3781 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 43092449-43096305(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGC
SmilChr04G003760 Chr04 NC_080390.1:53860787-53860794promoter 内 208-215 bp - 3786 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 53854661-53857001(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGC
SmilChr03G002024 Chr03 NC_080389.1:30356590-30356597promoter 内 206-213 bp + 3788 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 30351231-30352802(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGA
SmilChr02G001691 Chr02 NC_080388.1:31192431-31192438promoter 内 201-208 bp - 3793 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 31185986-31188638(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGC
SmilChr04G003154 Chr04 NC_080390.1:48155991-48155998promoter 内 200-207 bp - 3794 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 48148335-48152197(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGC
SmilChr02G004541 Chr02 NC_080388.1:67983496-67983503promoter 内 199-206 bp - 3795 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 67977113-67979701(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGC
SmilChr01G006152 Chr01 NC_080387.1:76966380-76966387promoter 内 198-205 bp - 3796 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 76970183-76971980(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGT
SmilChr03G003157 Chr03 NC_080389.1:48920675-48920682promoter 内 194-201 bp + 3800 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 48915545-48916875(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGA
SmilChr02G001020 Chr02 NC_080388.1:18007563-18007570promoter 内 189-196 bp + 3805 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 18002854-18003758(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGT
SmilChr05G000415 Chr05 NC_080391.1:3142981-3142988promoter 内 186-193 bp + 3808 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 3137229-3139173(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGA
SmilChr05G000644 Chr05 NC_080391.1:4891480-4891487promoter 内 186-193 bp + 3808 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 4885160-4887672(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGA
SmilChr01G006017 Chr01 NC_080387.1:75747916-75747923promoter 内 183-190 bp - 3811 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 75751734-75759911(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGA
SmilChr01G003158 Chr01 NC_080387.1:50420911-50420918promoter 内 182-189 bp - 3812 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 50414386-50417099(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGC
SmilChr01G003823 Chr01 NC_080387.1:56556533-56556540promoter 内 177-184 bp - 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 56560357-56560430(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGT
SmilChr01G005748 Chr01 NC_080387.1:73556881-73556888promoter 内 177-184 bp + 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 73560705-73564959(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGC
SmilChr02G005344 Chr02 NC_080388.1:74267476-74267483promoter 内 177-184 bp - 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 74257641-74263659(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGC
SmilChr02G005346 Chr02 NC_080388.1:74274918-74274925promoter 内 172-179 bp - 3822 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 74278747-74282868(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGA
SmilChr04G003162 Chr04 NC_080390.1:48258430-48258437promoter 内 170-177 bp + 3824 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 48250081-48254606(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGT
SmilChr03G003991 Chr03 NC_080389.1:58949133-58949140promoter 内 168-175 bp - 3826 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 58952966-58956547(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGT
SmilChr04G003712 Chr04 NC_080390.1:53418703-53418710promoter 内 165-172 bp - 3829 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 53422539-53424369(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGT
SmilChr01G000499 Chr01 NC_080387.1:10147522-10147529promoter 内 160-167 bp - 3834 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 10151363-10165383(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGT
SmilChr01G003534 Chr01 NC_080387.1:53973156-53973163promoter 内 158-165 bp - 3836 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 53976999-53978814(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGA
SmilChr02G003087 Chr02 NC_080388.1:51763775-51763782promoter 内 156-163 bp - 3838 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 51758673-51759937(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGC
SmilChr03G002887 Chr03 NC_080389.1:45527165-45527172promoter 内 156-163 bp + 3838 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 45520383-45523327(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGT
SmilChr02G001515 Chr02 NC_080388.1:28266526-28266533promoter 内 150-157 bp + 3844 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 28260562-28262682(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGT
SmilChr01G004394 Chr01 NC_080387.1:62101207-62101214promoter 内 145-152 bp - 3849 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 62105063-62109085(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGA
SmilChr04G002603 Chr04 NC_080390.1:41455709-41455716promoter 内 144-151 bp + 3850 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 41445377-41451859(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGA
SmilChr01G002829 Chr01 NC_080387.1:46883955-46883962promoter 内 142-149 bp + 3852 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 46877748-46880103(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGA
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SmilChr05G001862 Chr05 NC_080391.1:18649369-18649376promoter 内 97-104 bp - 3897 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 18653273-18658004(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGT