转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000157; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006890-RA_Salv SmilChr04G000157 bHLH XP_057807462.1 MP00081 AGCCACGTGA

可能结合的靶基因

9942 个结合位点 6729 个候选靶基因 第 80 / 135 下载 TSV

上一页 80 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004596 Chr01 NC_080387.1:63939757-63939766promoter 内 2777-2786 bp + 1215 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 63940981-63944699(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCCCACGTGT
SmilChr05G000258 Chr05 NC_080391.1:1982352-1982361promoter 内 2664-2673 bp - 1328 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 1983689-1986702(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCG
SmilChr04G003559 Chr04 NC_080390.1:51967290-51967299promoter 内 2625-2634 bp + 1367 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 51968666-51970301(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CGGCACGTGA
SmilChr04G003092 Chr04 NC_080390.1:47562329-47562338promoter 内 2620-2629 bp + 1372 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 47560053-47560957(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCG
SmilChr05G001370 Chr05 NC_080391.1:12200734-12200743promoter 内 2496-2505 bp + 1496 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 12202239-12210504(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCCCACGTGT
SmilChr03G002675 Chr03 NC_080389.1:42464883-42464892promoter 内 2460-2469 bp + 1532 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 42462635-42463351(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCG
SmilChr02G001979 Chr02 NC_080388.1:35730924-35730933promoter 内 2439-2448 bp - 1553 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 35732486-35733390(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCG
SmilChr05G001400 Chr05 NC_080391.1:12589784-12589793promoter 内 2406-2415 bp + 1586 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 12591379-12595302(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CGGCACGTGA
SmilChr05G001679 Chr05 NC_080391.1:15925458-15925467promoter 内 2287-2296 bp - 1705 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 15920526-15923753(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCCCACGTGT
SmilChr04G001731 Chr04 NC_080390.1:28553411-28553420promoter 内 2252-2261 bp - 1740 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 28555160-28558097(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGGG
SmilChr03G002687 Chr03 NC_080389.1:42740958-42740967promoter 内 2153-2162 bp + 1839 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 42738401-42739119(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCG
SmilChr05G002329 Chr05 NC_080391.1:25151638-25151647promoter 内 1955-1964 bp - 2037 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 25142865-25149601(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCCCACGTGT
SmilChr01G003938 Chr01 NC_080387.1:57710766-57710775promoter 内 1868-1877 bp + 2124 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 57706030-57708642(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCG
SmilChr05G000093 Chr05 NC_080391.1:534641-534650promoter 内 1850-1859 bp + 2142 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 536792-539179(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CGGCACGTGA
SmilChr05G000720 Chr05 NC_080391.1:5507856-5507865promoter 内 1840-1849 bp - 2152 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 5503347-5505704(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CGGCACGTGA
SmilChr01G000471 Chr01 NC_080387.1:9610832-9610841promoter 内 1782-1791 bp + 2210 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 9606995-9608622(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGGG
SmilChr01G000676 Chr01 NC_080387.1:14955647-14955656promoter 内 1673-1682 bp + 2319 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 14952555-14953328(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGGG
SmilChr03G003785 Chr03 NC_080389.1:56973083-56973092promoter 内 1615-1624 bp + 2377 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 56965623-56970706(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCG
SmilChr01G000255 Chr01 NC_080387.1:4886317-4886326promoter 内 1593-1602 bp + 2399 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 4888725-4895148(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CGGCACGTGA
SmilChr03G003787 Chr03 NC_080389.1:56973083-56973092promoter 内 1591-1600 bp + 2401 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 56969406-56970682(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCG
SmilChr05G000657 Chr05 NC_080391.1:4946903-4946912promoter 内 1477-1486 bp + 2515 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 4949427-4951871(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CGGCACGTGA
SmilChr03G004652 Chr03 NC_080389.1:64052713-64052722promoter 内 1407-1416 bp - 2585 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 64047639-64050128(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCCCACGTGT
SmilChr01G004587 Chr01 NC_080387.1:63888401-63888410promoter 内 1370-1379 bp + 2622 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 63891032-63891860(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CGGCACGTGA
SmilChr04G001601 Chr04 NC_080390.1:26695921-26695930promoter 内 1139-1148 bp - 2853 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 26688064-26693068(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCCCACGTGT
SmilChr02G003335 Chr02 NC_080388.1:54591112-54591121promoter 内 1128-1137 bp - 2864 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 54593985-54596290(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCG
SmilChr03G002404 Chr03 NC_080389.1:38131319-38131328promoter 内 1102-1111 bp + 2890 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 38126882-38128429(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGGG
SmilChr03G003295 Chr03 NC_080389.1:51074408-51074417promoter 内 938-947 bp + 3054 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 51077471-51078844(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCCCACGTGT
SmilChr02G004272 Chr02 NC_080388.1:64926067-64926076promoter 内 843-852 bp - 3149 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 64921711-64922918(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CGGCACGTGA
SmilChr01G000675 Chr01 NC_080387.1:14955647-14955656promoter 内 831-840 bp + 3161 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 14951533-14952486(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGGG
SmilChr02G003198 Chr02 NC_080388.1:53144635-53144644promoter 内 739-748 bp + 3253 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 53138855-53141382(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCG
SmilChr04G002252 Chr04 NC_080390.1:36490356-36490365promoter 内 718-727 bp - 3274 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 36483905-36487082(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CGGCACGTGA
SmilChr03G001941 Chr03 NC_080389.1:27633739-27633748promoter 内 509-518 bp + 3483 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 27621750-27630256(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCG
SmilChr04G000769 Chr04 NC_080390.1:9426450-9426459promoter 内 494-503 bp - 3498 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 9429957-9431777(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCG
SmilChr05G000656 Chr05 NC_080391.1:4946903-4946912promoter 内 440-449 bp + 3552 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 4942157-4943351(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCG
SmilChr03G002686 Chr03 NC_080389.1:42740958-42740967promoter 内 435-444 bp + 3557 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 42730198-42737401(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCG
SmilChr05G001476 Chr05 NC_080391.1:13535377-13535386promoter 内 414-423 bp - 3578 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 13521324-13531799(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CGGCACGTGA
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