转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004920; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021741-RA_Salv SmilChr01G004920 MYB_related XP_057788125.1 MP00607 TTTAGGTTG

可能结合的靶基因

9718 个结合位点 6362 个候选靶基因 第 81 / 128 下载 TSV

上一页 81 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001502 Chr01 NC_080387.1:28866689-28866697promoter 内 2347-2355 bp - 1646 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 28859946-28865043(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTT
SmilChr02G002877 Chr02 NC_080388.1:49037032-49037040promoter 内 2345-2353 bp - 1648 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 49038688-49045424(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAT
SmilChr02G003109 Chr02 NC_080388.1:52072060-52072068promoter 内 2342-2350 bp - 1651 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 52073719-52074792(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAA
SmilChr02G001729 Chr02 NC_080388.1:31781793-31781801promoter 内 2336-2344 bp + 1657 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 31783458-31786897(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 ATTAGGTTC
SmilChr02G004041 Chr02 NC_080388.1:62727445-62727453promoter 内 2332-2340 bp + 1661 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 62719642-62725784(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAA
SmilChr01G001436 Chr01 NC_080387.1:28032473-28032481promoter 内 2320-2328 bp + 1673 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 28030640-28030800(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAT
SmilChr02G000971 Chr02 NC_080388.1:17010138-17010146promoter 内 2316-2324 bp + 1677 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 17005463-17008461(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAT
SmilChr01G004450 Chr01 NC_080387.1:62625204-62625212promoter 内 2314-2322 bp - 1679 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 62623046-62623525(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTT
SmilChr02G002092 Chr02 NC_080388.1:37555961-37555969promoter 内 2313-2321 bp + 1680 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 37557649-37560198(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 ATTAGGTTC
SmilChr01G001189 Chr01 NC_080387.1:24047616-24047624promoter 内 2311-2319 bp + 1682 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 24044763-24045934(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAA
SmilChr01G004233 Chr01 NC_080387.1:60705828-60705836promoter 内 2299-2307 bp + 1694 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 60701894-60704134(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAA
SmilChr02G001337 Chr02 NC_080388.1:24864916-24864924promoter 内 2295-2303 bp + 1698 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 24861850-24863218(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAA
SmilChr01G001322 Chr01 NC_080387.1:26257822-26257830promoter 内 2287-2295 bp - 1706 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 26259536-26262315(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAT
SmilChr02G000175 Chr02 NC_080388.1:2223309-2223317promoter 内 2281-2289 bp + 1712 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 2225029-2226402(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTT
SmilChr02G000820 Chr02 NC_080388.1:13811064-13811072promoter 内 2279-2287 bp + 1714 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 13795514-13809350(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAT
SmilChr02G001208 Chr02 NC_080388.1:22251051-22251059promoter 内 2278-2286 bp + 1715 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 22245375-22249336(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAA
SmilChr01G003230 Chr01 NC_080387.1:51078843-51078851promoter 内 2270-2278 bp - 1723 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 51075306-51077120(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTT
SmilChr02G000084 Chr02 NC_080388.1:1106343-1106351promoter 内 2267-2275 bp + 1726 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 1108077-1110129(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTT
SmilChr02G001654 Chr02 NC_080388.1:30695211-30695219promoter 内 2261-2269 bp + 1732 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 30689682-30693479(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAA
SmilChr02G000401 Chr02 NC_080388.1:4952877-4952885promoter 内 2260-2268 bp - 1733 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 4954618-4957897(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAT
SmilChr01G004683 Chr01 NC_080387.1:64908607-64908615promoter 内 2243-2251 bp + 1750 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 64910365-64911638(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTT
SmilChr02G003080 Chr02 NC_080388.1:51727652-51727660promoter 内 2243-2251 bp - 1750 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 51724071-51725902(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTT
SmilChr02G002252 Chr02 NC_080388.1:39959917-39959925promoter 内 2234-2242 bp - 1759 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 39961684-39964990(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAA
SmilChr02G001960 Chr02 NC_080388.1:35389190-35389198promoter 内 2229-2237 bp - 1764 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 35386959-35387426(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTT
SmilChr01G001956 Chr01 NC_080387.1:34841468-34841476promoter 内 2212-2220 bp + 1781 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 34837638-34839687(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAA
SmilChr01G005301 Chr01 NC_080387.1:70296575-70296583promoter 内 2210-2218 bp + 1783 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 70298366-70299252(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTT
SmilChr02G003745 Chr02 NC_080388.1:59103265-59103273promoter 内 2206-2214 bp + 1787 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 59100565-59101478(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAA
SmilChr01G005683 Chr01 NC_080387.1:73098799-73098807promoter 内 2187-2195 bp + 1806 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 73096556-73096993(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAA
SmilChr01G004152 Chr01 NC_080387.1:60052406-60052414promoter 内 2175-2183 bp - 1818 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 60045751-60050588(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTT
SmilChr02G001812 Chr02 NC_080388.1:32939010-32939018promoter 内 2173-2181 bp - 1820 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 32933555-32937190(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTT
SmilChr02G005528 Chr02 NC_080388.1:75345183-75345191promoter 内 2168-2176 bp - 1825 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 75347016-75350583(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAT
SmilChr02G004481 Chr02 NC_080388.1:67273620-67273628promoter 内 2161-2169 bp + 1832 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 67268535-67271788(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAA
SmilChr01G000640 Chr01 NC_080387.1:14385778-14385786promoter 内 2159-2167 bp - 1834 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 14381604-14383944(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTT
SmilChr01G004016 Chr01 NC_080387.1:58561565-58561573promoter 内 2154-2162 bp - 1839 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 58558436-58559726(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTT
SmilChr02G003415 Chr02 NC_080388.1:55395468-55395476promoter 内 2149-2157 bp + 1844 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 55397320-55400201(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTT
SmilChr01G004844 Chr01 NC_080387.1:66582786-66582794promoter 内 2146-2154 bp - 1847 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 66584641-66588933(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAA
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