靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr01G004920; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00021741-RA_Salv |
SmilChr01G004920 |
MYB_related | XP_057788125.1 |
MP00607 |
TTTAGGTTG |
9718 个结合位点 6362 个候选靶基因 第 81 / 128 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr01G001502 |
Chr01 | NC_080387.1:28866689-28866697promoter 内 2347-2355 bp |
- | 1646 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 28859946-28865043(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTT |
SmilChr02G002877 |
Chr02 | NC_080388.1:49037032-49037040promoter 内 2345-2353 bp |
- | 1648 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 49038688-49045424(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAT |
SmilChr02G003109 |
Chr02 | NC_080388.1:52072060-52072068promoter 内 2342-2350 bp |
- | 1651 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 52073719-52074792(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
AAACCTAAA |
SmilChr02G001729 |
Chr02 | NC_080388.1:31781793-31781801promoter 内 2336-2344 bp |
+ | 1657 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 31783458-31786897(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
ATTAGGTTC |
SmilChr02G004041 |
Chr02 | NC_080388.1:62727445-62727453promoter 内 2332-2340 bp |
+ | 1661 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 62719642-62725784(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
AAACCTAAA |
SmilChr01G001436 |
Chr01 | NC_080387.1:28032473-28032481promoter 内 2320-2328 bp |
+ | 1673 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 28030640-28030800(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAT |
SmilChr02G000971 |
Chr02 | NC_080388.1:17010138-17010146promoter 内 2316-2324 bp |
+ | 1677 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 17005463-17008461(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAT |
SmilChr01G004450 |
Chr01 | NC_080387.1:62625204-62625212promoter 内 2314-2322 bp |
- | 1679 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 62623046-62623525(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTT |
SmilChr02G002092 |
Chr02 | NC_080388.1:37555961-37555969promoter 内 2313-2321 bp |
+ | 1680 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 37557649-37560198(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
ATTAGGTTC |
SmilChr01G001189 |
Chr01 | NC_080387.1:24047616-24047624promoter 内 2311-2319 bp |
+ | 1682 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 24044763-24045934(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
AAACCTAAA |
SmilChr01G004233 |
Chr01 | NC_080387.1:60705828-60705836promoter 内 2299-2307 bp |
+ | 1694 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 60701894-60704134(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
AAACCTAAA |
SmilChr02G001337 |
Chr02 | NC_080388.1:24864916-24864924promoter 内 2295-2303 bp |
+ | 1698 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 24861850-24863218(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
AAACCTAAA |
SmilChr01G001322 |
Chr01 | NC_080387.1:26257822-26257830promoter 内 2287-2295 bp |
- | 1706 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 26259536-26262315(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAT |
SmilChr02G000175 |
Chr02 | NC_080388.1:2223309-2223317promoter 内 2281-2289 bp |
+ | 1712 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 2225029-2226402(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTT |
SmilChr02G000820 |
Chr02 | NC_080388.1:13811064-13811072promoter 内 2279-2287 bp |
+ | 1714 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 13795514-13809350(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAT |
SmilChr02G001208 |
Chr02 | NC_080388.1:22251051-22251059promoter 内 2278-2286 bp |
+ | 1715 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 22245375-22249336(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
AAACCTAAA |
SmilChr01G003230 |
Chr01 | NC_080387.1:51078843-51078851promoter 内 2270-2278 bp |
- | 1723 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 51075306-51077120(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTT |
SmilChr02G000084 |
Chr02 | NC_080388.1:1106343-1106351promoter 内 2267-2275 bp |
+ | 1726 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 1108077-1110129(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTT |
SmilChr02G001654 |
Chr02 | NC_080388.1:30695211-30695219promoter 内 2261-2269 bp |
+ | 1732 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 30689682-30693479(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
AAACCTAAA |
SmilChr02G000401 |
Chr02 | NC_080388.1:4952877-4952885promoter 内 2260-2268 bp |
- | 1733 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 4954618-4957897(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAT |
SmilChr01G004683 |
Chr01 | NC_080387.1:64908607-64908615promoter 内 2243-2251 bp |
+ | 1750 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 64910365-64911638(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTT |
SmilChr02G003080 |
Chr02 | NC_080388.1:51727652-51727660promoter 内 2243-2251 bp |
- | 1750 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 51724071-51725902(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTT |
SmilChr02G002252 |
Chr02 | NC_080388.1:39959917-39959925promoter 内 2234-2242 bp |
- | 1759 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 39961684-39964990(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
AAACCTAAA |
SmilChr02G001960 |
Chr02 | NC_080388.1:35389190-35389198promoter 内 2229-2237 bp |
- | 1764 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 35386959-35387426(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTT |
SmilChr01G001956 |
Chr01 | NC_080387.1:34841468-34841476promoter 内 2212-2220 bp |
+ | 1781 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 34837638-34839687(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
AAACCTAAA |
SmilChr01G005301 |
Chr01 | NC_080387.1:70296575-70296583promoter 内 2210-2218 bp |
+ | 1783 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 70298366-70299252(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTT |
SmilChr02G003745 |
Chr02 | NC_080388.1:59103265-59103273promoter 内 2206-2214 bp |
+ | 1787 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 59100565-59101478(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
AAACCTAAA |
SmilChr01G005683 |
Chr01 | NC_080387.1:73098799-73098807promoter 内 2187-2195 bp |
+ | 1806 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 73096556-73096993(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
AAACCTAAA |
SmilChr01G004152 |
Chr01 | NC_080387.1:60052406-60052414promoter 内 2175-2183 bp |
- | 1818 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 60045751-60050588(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTT |
SmilChr02G001812 |
Chr02 | NC_080388.1:32939010-32939018promoter 内 2173-2181 bp |
- | 1820 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 32933555-32937190(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTT |
SmilChr02G005528 |
Chr02 | NC_080388.1:75345183-75345191promoter 内 2168-2176 bp |
- | 1825 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 75347016-75350583(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAT |
SmilChr02G004481 |
Chr02 | NC_080388.1:67273620-67273628promoter 内 2161-2169 bp |
+ | 1832 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 67268535-67271788(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
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AAACCTAAA |
SmilChr01G000640 |
Chr01 | NC_080387.1:14385778-14385786promoter 内 2159-2167 bp |
- | 1834 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 14381604-14383944(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
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SmilChr01G004016 |
Chr01 | NC_080387.1:58561565-58561573promoter 内 2154-2162 bp |
- | 1839 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 58558436-58559726(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
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SmilChr02G003415 |
Chr02 | NC_080388.1:55395468-55395476promoter 内 2149-2157 bp |
+ | 1844 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 55397320-55400201(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
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SmilChr01G004844 |
Chr01 | NC_080387.1:66582786-66582794promoter 内 2146-2154 bp |
- | 1847 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 66584641-66588933(+) |
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Chr02 | NC_080388.1:2039086-2039094promoter 内 2145-2153 bp |
+ | 1848 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 2040942-2043017(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
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Chr02 | NC_080388.1:49958169-49958177promoter 内 2139-2147 bp |
- | 1854 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 49949392-49956315(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
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SmilChr01G000247 |
Chr01 | NC_080387.1:4652165-4652173promoter 内 2133-2141 bp |
- | 1860 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 4649148-4650305(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
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Chr01 | NC_080387.1:19074728-19074736promoter 内 2131-2139 bp |
+ | 1862 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 19069717-19072866(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
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Chr01 | NC_080387.1:1939877-1939885promoter 内 2129-2137 bp |
+ | 1864 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 1941749-1946063(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
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+ | 1864 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 73608614-73609997(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
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SmilChr02G003425 |
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- | 1865 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 55455898-55457804(+) |
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+ | 1866 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 18541090-18542998(+) |
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+ | 1870 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 36328049-36329753(+) |
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+ | 1882 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 48000193-48000921(+) |
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SmilChr01G000774 |
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+ | 1887 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 16859469-16862580(-) |
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- | 1888 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 1945526-1946420(+) |
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- | 1894 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 56023758-56025473(-) |
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SmilChr01G002374 |
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- | 1908 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 40960406-40964209(-) |
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