转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004106; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002787-RA_Salv SmilChr05G004106 WRKY XP_057810779.1 MP00260 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9706 个结合位点 5932 个候选靶基因 第 81 / 119 下载 TSV

上一页 81 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G006067 Chr01 NC_080387.1:76076575-76076585promoter 内 3222-3232 bp - 769 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 76077354-76078168(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTGGC
SmilChr01G004110 Chr01 NC_080387.1:59610037-59610047promoter 内 3206-3216 bp + 785 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 59608054-59609252(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTTAA
SmilChr02G002834 Chr02 NC_080388.1:48489402-48489412promoter 内 3192-3202 bp + 799 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 48485441-48488603(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ATTTGACTTGG
SmilChr02G002339 Chr02 NC_080388.1:41098852-41098862promoter 内 3158-3168 bp + 833 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 41092098-41098019(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ATTTGACTTGG
SmilChr01G005683 Chr01 NC_080387.1:73097867-73097877promoter 内 3117-3127 bp - 874 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 73096556-73096993(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ACGAGTCAACA
SmilChr01G004061 Chr01 NC_080387.1:59034333-59034343promoter 内 3113-3123 bp + 878 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 59033060-59033455(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTTAA
SmilChr02G001507 Chr02 NC_080388.1:28094140-28094150promoter 内 3106-3116 bp + 885 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 28091874-28093255(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ATTTGACTTGG
SmilChr02G003469 Chr02 NC_080388.1:56002453-56002463promoter 内 3089-3099 bp - 902 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 55986963-56001551(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CCAAGTCAAAT
SmilChr01G001973 Chr01 NC_080387.1:35112969-35112979promoter 内 2754-2764 bp - 1237 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 35114216-35115779(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGTTGACCACA
SmilChr01G005986 Chr01 NC_080387.1:75489950-75489960promoter 内 2665-2675 bp + 1326 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 75487391-75488624(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTTAA
SmilChr01G001962 Chr01 NC_080387.1:34910330-34910340promoter 内 2659-2669 bp - 1332 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 34911672-34914031(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGTTGACCACA
SmilChr02G002647 Chr02 NC_080388.1:45862389-45862399promoter 内 2646-2656 bp - 1345 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 45863744-45866973(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTAG
SmilChr02G003226 Chr02 NC_080388.1:53518601-53518611promoter 内 2644-2654 bp - 1347 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 53511675-53517254(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTAAGTCAAAC
SmilChr01G000125 Chr01 NC_080387.1:2101066-2101076promoter 内 2637-2647 bp + 1354 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 2098596-2099712(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTAG
SmilChr01G002919 Chr01 NC_080387.1:47912969-47912979promoter 内 2472-2482 bp + 1519 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 47909113-47911450(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTAG
SmilChr01G000246 Chr01 NC_080387.1:4584648-4584658promoter 内 2336-2346 bp + 1655 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 4586313-4590263(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTAAGTCAAAC
SmilChr01G001727 Chr01 NC_080387.1:31815439-31815449promoter 内 2329-2339 bp - 1662 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 31817111-31822515(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ATTTGACTTGG
SmilChr01G004096 Chr01 NC_080387.1:59413295-59413305promoter 内 2138-2148 bp + 1853 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 59415158-59418135(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTAAGTCAACA
SmilChr01G004834 Chr01 NC_080387.1:66474127-66474137promoter 内 2061-2071 bp + 1930 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 66466249-66472197(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTCT
SmilChr02G000795 Chr02 NC_080388.1:13143348-13143358promoter 内 2042-2052 bp - 1949 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 13140986-13141399(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CCAAGTCAATG
SmilChr01G001803 Chr01 NC_080387.1:32956931-32956941promoter 内 1963-1973 bp - 2028 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 32958969-32964067(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ATTTGACTTGG
SmilChr01G001647 Chr01 NC_080387.1:30534610-30534620promoter 内 1939-1949 bp + 2052 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 30530273-30532558(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ATTTGACTTGG
SmilChr01G005067 Chr01 NC_080387.1:68573081-68573091promoter 内 1927-1937 bp - 2064 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 68568047-68571017(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ATCAGTCAACT
SmilChr02G004106 Chr02 NC_080388.1:63363723-63363733promoter 内 1915-1925 bp - 2076 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 63365809-63368238(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTCT
SmilChr01G005527 Chr01 NC_080387.1:72143836-72143846promoter 内 1845-1855 bp + 2146 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 72138861-72141690(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ATTTGACTTGG
SmilChr01G002941 Chr01 NC_080387.1:48187603-48187613promoter 内 1768-1778 bp - 2223 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 48189836-48193856(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTTAA
SmilChr01G001794 Chr01 NC_080387.1:32810792-32810802promoter 内 1757-1767 bp - 2234 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 32813036-32817226(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTAG
SmilChr02G002010 Chr02 NC_080388.1:36234033-36234043promoter 内 1655-1665 bp + 2336 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 36236379-36237725(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGAAGTCAAAC
SmilChr01G000622 Chr01 NC_080387.1:13930363-13930373promoter 内 1463-1473 bp - 2528 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 13932901-13935849(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ATTTGACTTGG
SmilChr02G001308 Chr02 NC_080388.1:24324491-24324501promoter 内 1457-1467 bp + 2534 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 24321407-24321957(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ATTTGACTTGG
SmilChr01G004838 Chr01 NC_080387.1:66523090-66523100promoter 内 1348-1358 bp + 2643 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 66511258-66520447(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTTAA
SmilChr01G000404 Chr01 NC_080387.1:8239091-8239101promoter 内 1316-1326 bp + 2675 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 8235658-8236416(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CATTGACTTGG
SmilChr02G000534 Chr02 NC_080388.1:7366612-7366622promoter 内 1311-1321 bp - 2680 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 7369302-7370581(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTTAA
SmilChr01G000595 Chr01 NC_080387.1:12970308-12970318promoter 内 1310-1320 bp - 2681 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 12972999-12973550(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CATTGACTTGG
SmilChr02G000425 Chr02 NC_080388.1:5429138-5429148promoter 内 1233-1243 bp - 2758 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 5424566-5426380(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ATCAGTCAACT
SmilChr01G003375 Chr01 NC_080387.1:52451464-52451474promoter 内 1182-1192 bp + 2809 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 52444309-52448655(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ATTTGACTTGG
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