转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019539-RA_Salv SmilChr04G003955 ERF XP_057805828.1 MP00120 GATATTGTCGGTGGT

可能结合的靶基因

7514 个结合位点 6144 个候选靶基因 第 82 / 123 下载 TSV

上一页 82 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003787 Chr02 NC_080388.1:59528790-59528804promoter 内 1104-1118 bp - 2883 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 59522829-59525907(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AAAGTCGTCGGTGAG
SmilChr03G002895 Chr03 NC_080389.1:45680337-45680351promoter 内 1102-1116 bp + 2885 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 45672567-45677452(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACGGAACA
SmilChr01G004138 Chr01 NC_080387.1:59885844-59885858promoter 内 1101-1115 bp - 2886 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 59888744-59891578(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGACCGC
SmilChr04G004055 Chr04 NC_080390.1:55716339-55716353promoter 内 1089-1103 bp - 2898 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 55707735-55713441(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCGAACGTCGGTGAT
SmilChr07G004015 Chr07 NC_080393.1:51221950-51221964promoter 内 1065-1079 bp + 2922 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 51224886-51226869(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGTTCCGTCGGTGAT
SmilChr08G002975 Chr08 NC_080394.1:29804751-29804765promoter 内 1040-1054 bp + 2947 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 29789300-29801804(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACTGCTGC
SmilChr03G000417 Chr03 NC_080389.1:4496970-4496984promoter 内 985-999 bp + 3002 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 4499986-4500669(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACGGCTGGCGGTGGT
SmilChr03G002477 Chr03 NC_080389.1:39286077-39286091promoter 内 933-947 bp + 3054 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 39289145-39290449(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTGTTTGTCGGCGGT
SmilChr03G000544 Chr03 NC_080389.1:5903361-5903375promoter 内 926-940 bp - 3061 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 5906436-5914549(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGTCGCGCCC
SmilChr05G000862 Chr05 NC_080391.1:6850739-6850753promoter 内 916-930 bp + 3071 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 6845442-6847668(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACGATTGT
SmilChr06G001314 Chr06 NC_080392.1:13637747-13637761promoter 内 829-843 bp - 3158 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 13633574-13634589(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGTAGGGTCGGTGCT
SmilChr03G004012 Chr03 NC_080389.1:59103444-59103458promoter 内 797-811 bp - 3190 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 59106648-59109420(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TACACCGACGCCTAC
SmilChr01G000693 Chr01 NC_080387.1:15577401-15577415promoter 内 781-795 bp - 3206 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 15565832-15574195(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTCTCTGGCGGTGGT
SmilChr01G003402 Chr01 NC_080387.1:52715562-52715576promoter 内 719-733 bp - 3268 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 52710974-52712294(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGTTACGTCGGTGAT
SmilChr08G003810 Chr08 NC_080394.1:44235440-44235454promoter 内 693-707 bp + 3294 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 44238748-44243112(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTGTCTGTCGGTGAT
SmilChr03G002303 Chr03 NC_080389.1:36261757-36261771promoter 内 654-668 bp + 3333 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 36265104-36267631(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGATCCGTCGGTGAT
SmilChr01G000312 Chr01 NC_080387.1:6030698-6030712promoter 内 640-654 bp - 3347 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 6026254-6027351(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATTACCGTCGGTGAC
SmilChr07G002329 Chr07 NC_080393.1:21593619-21593633promoter 内 591-605 bp + 3396 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 21597029-21597228(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCCTTGTCGGTGAG
SmilChr01G001448 Chr01 NC_080387.1:28184887-28184901promoter 内 510-524 bp - 3477 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 28179537-28181410(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCAGCAGTCGGTGGT
SmilChr06G003196 Chr06 NC_080392.1:44842366-44842380promoter 内 456-470 bp - 3531 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 44837085-44838835(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AAAGTCGTCGGTGAG
SmilChr03G001932 Chr03 NC_080389.1:27148210-27148224promoter 内 452-466 bp - 3535 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 27141191-27144675(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGATCCGTCGGTGAT
SmilChr06G000098 Chr06 NC_080392.1:711181-711195promoter 内 375-389 bp - 3612 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 704306-707569(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGCTTGGTCGGTGGT
SmilChr04G000629 Chr04 NC_080390.1:7156046-7156060promoter 内 373-387 bp + 3614 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 7148506-7152432(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACTACCGACACCTCT
SmilChr02G004549 Chr02 NC_080388.1:68037283-68037297promoter 内 354-368 bp + 3633 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 68031027-68033650(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACTCTGCC
SmilChr01G001202 Chr01 NC_080387.1:24223425-24223439promoter 内 348-362 bp - 3639 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 24217353-24219786(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGTTCCGTCGGTGAT
SmilChr04G000429 Chr04 NC_080390.1:4536361-4536375promoter 内 340-354 bp - 3647 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 4540022-4540933(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGTCGCGCCC
SmilChr07G001950 Chr07 NC_080393.1:16974652-16974666promoter 内 310-324 bp - 3677 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 16978343-16979840(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGTCGCGCCC
SmilChr06G000892 Chr06 NC_080392.1:8421634-8421648promoter 内 266-280 bp - 3721 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 8425369-8426079(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGAAAAC
SmilChr04G003283 Chr04 NC_080390.1:49521510-49521524promoter 内 249-263 bp + 3738 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 49515925-49517772(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACGGAACA
SmilChr03G004411 Chr03 NC_080389.1:62274035-62274049promoter 内 227-241 bp + 3760 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 62277809-62281657(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCTTCGTCGGTGTC
SmilChr07G002109 Chr07 NC_080393.1:19207744-19207758promoter 内 217-231 bp + 3770 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 19201395-19203974(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACAGGAGA
SmilChr08G002976 Chr08 NC_080394.1:29804751-29804765promoter 内 116-130 bp + 3871 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 29808636-29809801(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCAGCAGTCGGTGGT
SmilChr04G002393 Chr04 NC_080390.1:38448752-38448766promoter 内 73-87 bp - 3914 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 38442411-38444838(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGGCTTGGCGGTGGT
SmilChr01G005769 Chr01 NC_080387.1:73765045-73765059promoter 内 65-79 bp - 3922 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 73768981-73771115(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACGAGAAC
SmilChr07G002148 Chr07 NC_080393.1:19658654-19658668promoter 内 44-58 bp - 3943 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 19662611-19664060(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACGAATTT
SmilChr05G002685 Chr05 NC_080391.1:30484556-30484570promoter 内 35-49 bp + 3952 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 30488522-30488929(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGATCCGTCGGTGAT
SmilChr01G001323 Chr01 NC_080387.1:26261246-26261260promoter 内 23-37 bp + 3964 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 26265224-26266468(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CAAGCTGACGGTGGT
SmilChr06G000594 Chr06 NC_080392.1:5112300-5112314promoter 内 17-31 bp - 3970 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 5116284-5118832(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AACACCGACAACTTG
SmilChr07G001527 Chr07 NC_080393.1:12322859-12322873promoter 内 3707-3721 bp + 280 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 12314024-12322579(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACGGCATT
SmilChr07G004116 Chr07 NC_080393.1:52840624-52840638promoter 内 3452-3466 bp + 535 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 52841173-52841943(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGAGACGTCGGTGAG
SmilChr06G000551 Chr06 NC_080392.1:4629544-4629558promoter 内 3188-3202 bp + 799 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 4630357-4632634(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGGTGCGGCGGTGGT
SmilChr01G002721 Chr01 NC_080387.1:45488679-45488693promoter 内 2657-2671 bp - 1330 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 45490023-45490384(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCACCT
SmilChr05G001049 Chr05 NC_080391.1:8694506-8694520promoter 内 2365-2379 bp - 1622 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 8691529-8692884(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCGGCGGCGGTGGT
SmilChr01G002720 Chr01 NC_080387.1:45488679-45488693promoter 内 1989-2003 bp - 1998 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 45484868-45486681(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGGTGCGGCGGTGGT
SmilChr07G001620 Chr07 NC_080393.1:13598735-13598749promoter 内 1754-1768 bp - 2233 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 13600982-13603404(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCGCCGACAAGATC
SmilChr03G002597 Chr03 NC_080389.1:41274787-41274801promoter 内 1406-1420 bp - 2581 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 41262782-41272206(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCGGCGACGGTGGT
SmilChr04G001018 Chr04 NC_080390.1:14188021-14188035promoter 内 1303-1317 bp - 2684 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 14190719-14191526(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACGAAGGA
SmilChr02G000649 Chr02 NC_080388.1:9843584-9843598promoter 内 1022-1036 bp - 2965 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 9836147-9840619(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCTGAGTCGGTGAC
SmilChr06G000549 Chr06 NC_080392.1:4629544-4629558promoter 内 174-188 bp + 3813 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 4611236-4625731(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCACCT
SmilChr03G002550 Chr03 NC_080389.1:40691796-40691810promoter 内 3972-3986 bp - 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 40690547-40691781(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTATATGTCGGTGCT