转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 82 / 164 下载 TSV

上一页 82 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000122 Chr03 NC_080389.1:1322663-1322677promoter 内 2974-2988 bp + 1013 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 1323690-1324707(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTTAGGTAGGTGAT
SmilChr02G004843 Chr02 NC_080388.1:70558991-70559005promoter 内 2963-2977 bp - 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 70552265-70557967(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATATAGGTAGGTAGC
SmilChr08G001341 Chr08 NC_080394.1:10707629-10707643promoter 内 2923-2937 bp - 1064 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 10704333-10706565(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAATTGTTAGGTGAA
SmilChr05G002979 Chr05 NC_080391.1:36329713-36329727promoter 内 2900-2914 bp + 1087 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 36330814-36332477(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGAGAAGTAGGTGTG
SmilChr02G002473 Chr02 NC_080388.1:43115889-43115903promoter 内 2866-2880 bp + 1121 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 43114682-43114768(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTAACATTTA
SmilChr06G003273 Chr06 NC_080392.1:45319089-45319103promoter 内 2823-2837 bp - 1164 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 45320267-45321049(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCAACCTACCGCCAC
SmilChr05G002927 Chr05 NC_080391.1:35271885-35271899promoter 内 2732-2746 bp + 1255 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 35273154-35276170(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAAAGAGTAGGTGAG
SmilChr01G000700 Chr01 NC_080387.1:15693447-15693461promoter 内 2710-2724 bp - 1277 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 15690510-15692170(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTTGGGGTAGGTGGT
SmilChr02G004599 Chr02 NC_080388.1:68516877-68516891promoter 内 2702-2716 bp - 1285 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 68511315-68515592(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCGAGGTAGGTAAA
SmilChr01G005488 Chr01 NC_080387.1:71820457-71820471promoter 内 2694-2708 bp - 1293 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 71821764-71825122(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTAACCTACCCTACT
SmilChr05G002725 Chr05 NC_080391.1:31360075-31360089promoter 内 2686-2700 bp - 1301 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 31352926-31358774(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGGGGGTAGGTTTG
SmilChr06G002554 Chr06 NC_080392.1:36718962-36718976promoter 内 2679-2693 bp - 1308 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 36711723-36717654(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATGTGGTAGGTTGC
SmilChr02G002472 Chr02 NC_080388.1:43115889-43115903promoter 内 2673-2687 bp + 1314 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 43114489-43114575(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTAACATTTA
SmilChr03G002906 Chr03 NC_080389.1:45815433-45815447promoter 内 2536-2550 bp + 1451 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 45809004-45813982(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAAACCTACCAATCC
SmilChr07G004140 Chr07 NC_080393.1:53176661-53176675promoter 内 2518-2532 bp + 1469 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 53178144-53180277(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATTTGGTAGTTAGG
SmilChr06G000685 Chr06 NC_080392.1:6057182-6057196promoter 内 2478-2492 bp + 1509 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 6058705-6061755(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGATTGGTAGGTTTG
SmilChr06G000795 Chr06 NC_080392.1:7474556-7474570promoter 内 2440-2454 bp - 1547 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 7476117-7479126(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCGGACT
SmilChr08G001752 Chr08 NC_080394.1:14730169-14730183promoter 内 2402-2416 bp - 1585 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 14731768-14733744(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGTACCTACCACTAC
SmilChr03G003204 Chr03 NC_080389.1:49586160-49586174promoter 内 2391-2405 bp + 1596 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 49583985-49584564(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAAACCTACCAATCC
SmilChr01G000200 Chr01 NC_080387.1:3439502-3439516promoter 内 2241-2255 bp - 1746 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 3441262-3444125(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAAACCTACCAATCC
SmilChr06G000796 Chr06 NC_080392.1:7474556-7474570promoter 内 2239-2253 bp - 1748 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 7476318-7476410(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCGGACT
SmilChr06G000589 Chr06 NC_080392.1:5074976-5074990promoter 内 2202-2216 bp + 1785 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 5076775-5078108(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGCTTAGTAGGTGGC
SmilChr07G003701 Chr07 NC_080393.1:44641695-44641709promoter 内 2154-2168 bp + 1833 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 44638927-44639862(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACCTTGAT
SmilChr02G002049 Chr02 NC_080388.1:36883492-36883506promoter 内 2117-2131 bp - 1870 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 36879878-36881622(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTCTAGGTAGGTTAG
SmilChr03G003110 Chr03 NC_080389.1:48236360-48236374promoter 内 2001-2015 bp - 1986 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 48232517-48234374(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGATTGGTAGGTTTG
SmilChr05G002553 Chr05 NC_080391.1:28640178-28640192promoter 内 1994-2008 bp + 1993 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 28642185-28645646(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAATTGGTAGTTGAA
SmilChr02G001042 Chr02 NC_080388.1:18493945-18493959promoter 内 1969-1983 bp + 2018 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 18495977-18498415(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCTTGGTAGGTGTC
SmilChr03G002452 Chr03 NC_080389.1:38890312-38890326promoter 内 1926-1940 bp + 2061 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 38888180-38888251(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACTTATTC
SmilChr04G000880 Chr04 NC_080390.1:11197447-11197461promoter 内 1905-1919 bp + 2082 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 11199543-11203389(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTCTAGGTAGGTTAG
SmilChr03G002960 Chr03 NC_080389.1:46362259-46362273promoter 内 1834-1848 bp - 2153 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 46357573-46360106(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGATTGGTAGGTTTG
SmilChr02G004745 Chr02 NC_080388.1:69660820-69660834promoter 内 1762-1776 bp + 2225 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 69663059-69666520(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGGGGGTAGGTTTG
SmilChr03G000414 Chr03 NC_080389.1:4460154-4460168promoter 内 1742-1756 bp + 2245 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 4455027-4457909(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCACCTACCTAAAA
SmilChr07G003370 Chr07 NC_080393.1:36377529-36377543promoter 内 1736-1750 bp - 2251 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 36379794-36381174(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAAACCTACCAATCC
SmilChr08G000673 Chr08 NC_080394.1:4997760-4997774promoter 内 1721-1735 bp + 2266 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 4989685-4995494(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTTGAAC
SmilChr04G000767 Chr04 NC_080390.1:9385056-9385070promoter 内 1716-1730 bp + 2271 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 9387341-9389181(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACGGAGTAGGTGAG
SmilChr06G000797 Chr06 NC_080392.1:7474556-7474570promoter 内 1683-1697 bp - 2304 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 7476874-7476964(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCGGACT
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