转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G003267; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00018221-RA_Salv SmilChr08G003267 MYB XP_057779249.1 MP00406 AAAAAATTAGGTAAA

可能结合的靶基因

9917 个结合位点 7839 个候选靶基因 第 83 / 157 下载 TSV

上一页 83 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003885 Chr02 NC_080388.1:60913691-60913705promoter 内 219-233 bp + 3768 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 60917473-60924780(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATAAAATTAGGTTGT
SmilChr01G005211 Chr01 NC_080387.1:69742577-69742591promoter 内 216-230 bp + 3771 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 69738297-69738806(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ACCACCTAATTAATC
SmilChr05G001566 Chr05 NC_080391.1:14322864-14322878promoter 内 205-219 bp - 3782 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 14326660-14326730(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATACCTAATCTCTC
SmilChr03G001994 Chr03 NC_080389.1:29427018-29427032promoter 内 66-80 bp + 3921 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 29419250-29423097(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TCCACCTAATAATCC
SmilChr04G003155 Chr04 NC_080390.1:48170411-48170425promoter 内 53-67 bp - 3934 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 48161752-48166477(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CGATTATTAGGTGAA
SmilChr01G003637 Chr01 NC_080387.1:54863953-54863967promoter 内 38-52 bp + 3949 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 54867916-54871913(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATCTTGTTAGGTAAA
SmilChr04G000038 Chr04 NC_080390.1:357522-357536promoter 内 1-15 bp - 3986 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 361522-363400(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TACACCTAATTAAAT
SmilChr05G001295 Chr05 NC_080391.1:11138816-11138830promoter 内 2297-2311 bp - 1690 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 6 11127563-11137126(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CCTTAATTAGGTCCG
SmilChr01G000712 Chr01 NC_080387.1:15890929-15890943promoter 内 2171-2185 bp - 1816 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 4 15892759-15905581(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATACCTAAATTTGA
SmilChr02G002206 Chr02 NC_080388.1:39297054-39297068promoter 内 3847-3861 bp - 140 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 39296842-39296914(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CCTTAATTAGGTCCG
SmilChr02G002205 Chr02 NC_080388.1:39297054-39297068promoter 内 3710-3724 bp - 277 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 39292843-39296777(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CCTTAATTAGGTCCG
SmilChr02G001782 Chr02 NC_080388.1:32608579-32608593promoter 内 3165-3179 bp - 822 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 32606308-32607757(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TCAAATTTAGGTATA
SmilChr01G004001 Chr01 NC_080387.1:58409008-58409022promoter 内 2735-2749 bp - 1252 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 58410274-58410891(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TAGACCTAATTAAGA
SmilChr03G000951 Chr03 NC_080389.1:10766784-10766798promoter 内 2102-2116 bp + 1885 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 10768683-10776552(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CCTTAATTAGGTCCG
SmilChr03G000950 Chr03 NC_080389.1:10756019-10756033promoter 内 1979-1993 bp + 2008 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 10758041-10764405(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CCTTAATTAGGTCCG
SmilChr01G004000 Chr01 NC_080387.1:58409008-58409022promoter 内 982-996 bp - 3005 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 58404496-58406003(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TCTTAATTAGGTCTA
SmilChr01G003404 Chr01 NC_080387.1:52717508-52717522promoter 内 3965-3979 bp - 22 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 52717544-52721301(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CTTACCTAACACTAT
SmilChr02G004740 Chr02 NC_080388.1:69620000-69620014promoter 内 3956-3970 bp - 31 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 69619134-69619969(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CACATATTAGGTCTA
SmilChr02G003286 Chr02 NC_080388.1:54151825-54151839promoter 内 3944-3958 bp + 43 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 54149753-54151782(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CAAACCTAATTTCAT
SmilChr02G003320 Chr02 NC_080388.1:54464310-54464324promoter 内 3612-3626 bp + 375 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 54458988-54463935(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATACCTAAATTTGA
SmilChr02G000574 Chr02 NC_080388.1:8130735-8130749promoter 内 3500-3514 bp - 487 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 8131236-8133907(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TTGGCCTAATTTCTT
SmilChr02G001783 Chr02 NC_080388.1:32608579-32608593promoter 内 3485-3499 bp - 502 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 32609095-32611523(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATACCTAAATTTGA
SmilChr01G002622 Chr01 NC_080387.1:44491000-44491014promoter 内 3444-3458 bp - 543 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 44489247-44490457(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GGAAAAGTAGGTAAA
SmilChr03G003982 Chr03 NC_080389.1:58826697-58826711promoter 内 3296-3310 bp - 691 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 58827402-58829961(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATTACCTAACAAGTT
SmilChr04G002745 Chr04 NC_080390.1:43134043-43134057promoter 内 3280-3294 bp - 707 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 43128405-43133336(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AAGAAATTAGGCATC
SmilChr04G000258 Chr04 NC_080390.1:2372326-2372340promoter 内 3113-3127 bp + 874 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 2365289-2371452(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATACCTAAATTTGA
SmilChr04G002746 Chr04 NC_080390.1:43134043-43134057promoter 内 3064-3078 bp - 923 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 43134980-43135051(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GATGCCTAATTTCTT
SmilChr02G001909 Chr02 NC_080388.1:34381132-34381146promoter 内 2829-2843 bp - 1158 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 34382304-34384043(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATACCTAAATTTGA
SmilChr05G001779 Chr05 NC_080391.1:17515492-17515506promoter 内 2498-2512 bp - 1489 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 17516995-17519889(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TGCACCTAATTAGTT
SmilChr02G000408 Chr02 NC_080388.1:5048473-5048487promoter 内 2489-2503 bp - 1498 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 5049985-5053905(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATTACCTAAATTCTC
SmilChr02G000392 Chr02 NC_080388.1:4865605-4865619promoter 内 2370-2384 bp + 1617 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 4860053-4863988(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATTACCTAAATTCTC
SmilChr03G001362 Chr03 NC_080389.1:15979635-15979649promoter 内 2273-2287 bp - 1714 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 15981363-15983113(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CGGACCTAATTAAGG
SmilChr03G001360 Chr03 NC_080389.1:15965048-15965062promoter 内 2272-2286 bp - 1715 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 15966777-15968542(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CGGACCTAATTAAGG
SmilChr03G000304 Chr03 NC_080389.1:3473080-3473094promoter 内 2080-2094 bp - 1907 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 3466537-3471173(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TGAAAATTAGGTTGC
SmilChr01G002004 Chr01 NC_080387.1:35546675-35546689promoter 内 1739-1753 bp + 2248 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 35540745-35544427(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATACCTAAATTTGA
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