转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002743; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022510-RA_Salv SmilChr01G002743 MYB_related XP_057765725.1 MP00565 AACCTTATCCATAAA

可能结合的靶基因

9785 个结合位点 7412 个候选靶基因 第 84 / 149 下载 TSV

上一页 84 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003732 Chr03 NC_080389.1:56355069-56355083promoter 内 3262-3276 bp + 725 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 56355808-56360808(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAGTTTATCCATTAT
SmilChr01G005459 Chr01 NC_080387.1:71614823-71614837promoter 内 3201-3215 bp - 786 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 71609114-71614037(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTTTTATCCAAATT
SmilChr01G002381 Chr01 NC_080387.1:41014036-41014050promoter 内 3099-3113 bp + 888 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 41006914-41013148(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTTGCAGATAAGGTG
SmilChr03G002912 Chr03 NC_080389.1:45868242-45868256promoter 内 2889-2903 bp + 1098 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 45866385-45867144(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAATGGATAATTTT
SmilChr04G000017 Chr04 NC_080390.1:224032-224046promoter 内 2802-2816 bp + 1185 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 225231-226010(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAGGTTATCCAAAAG
SmilChr04G001832 Chr04 NC_080390.1:29877424-29877438promoter 内 2644-2658 bp + 1343 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 29874861-29876081(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GGTGTGGATAACATG
SmilChr02G000198 Chr02 NC_080388.1:2535481-2535495promoter 内 2591-2605 bp - 1396 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 2517107-2534085(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAATTATCCAATTA
SmilChr02G002581 Chr02 NC_080388.1:44865239-44865253promoter 内 2466-2480 bp + 1521 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 44859629-44863718(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTAATGGATAATCTC
SmilChr01G001981 Chr01 NC_080387.1:35202012-35202026promoter 内 2322-2336 bp - 1665 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 35203691-35205227(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTAATGGATATGGTA
SmilChr02G005489 Chr02 NC_080388.1:75071842-75071856promoter 内 2237-2251 bp + 1750 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 75065089-75070092(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GCTTTGGATAAAATT
SmilChr02G004719 Chr02 NC_080388.1:69450552-69450566promoter 内 2067-2081 bp + 1920 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 69448186-69448632(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GGTATGGATAGGATC
SmilChr02G002624 Chr02 NC_080388.1:45564866-45564880promoter 内 1962-1976 bp + 2025 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 45558756-45562841(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTAATGGATAATCTC
SmilChr01G002560 Chr01 NC_080387.1:43738233-43738247promoter 内 1934-1948 bp + 2053 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 43740300-43741517(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTATTATCCACTAT
SmilChr02G001826 Chr02 NC_080388.1:33288090-33288104promoter 内 1386-1400 bp - 2601 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 33284392-33285489(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAATTATCCATTTT
SmilChr03G003533 Chr03 NC_080389.1:53942186-53942200promoter 内 1386-1400 bp - 2601 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 53934900-53939585(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAATTATCCATTAT
SmilChr04G002045 Chr04 NC_080390.1:33192640-33192654promoter 内 1288-1302 bp + 2699 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 33187317-33189941(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATGTGGATAAAACT
SmilChr02G001966 Chr02 NC_080388.1:35592936-35592950promoter 内 1239-1253 bp + 2748 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 35595698-35597599(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CATCCTATCCATAAA
SmilChr02G005537 Chr02 NC_080388.1:75410955-75410969promoter 内 1223-1237 bp + 2764 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 75404654-75408191(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTATGGATGAGATC
SmilChr01G001420 Chr01 NC_080387.1:27800036-27800050promoter 内 1154-1168 bp + 2833 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 27802883-27806003(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATATTATCCATTGA
SmilChr04G001224 Chr04 NC_080390.1:19095597-19095611promoter 内 1042-1056 bp + 2945 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 19098556-19103693(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTTTTATCCAAAAT
SmilChr01G001980 Chr01 NC_080387.1:35202012-35202026promoter 内 874-888 bp - 3113 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 35197190-35198899(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TACCATATCCATTAA
SmilChr04G000016 Chr04 NC_080390.1:224032-224046promoter 内 784-798 bp + 3203 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 220086-220829(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTTTTGGATAACCTA
SmilChr01G004499 Chr01 NC_080387.1:63092491-63092505promoter 内 639-653 bp + 3348 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 63088160-63089143(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAATGGATAATTTT
SmilChr02G004322 Chr02 NC_080388.1:65532763-65532777promoter 内 590-604 bp - 3397 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 65526925-65529366(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAATTATCCATTTT
SmilChr03G000428 Chr03 NC_080389.1:4667998-4668012promoter 内 341-355 bp + 3646 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 4657135-4664352(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTTTGGATAACAAA
SmilChr04G001842 Chr04 NC_080390.1:29950255-29950269promoter 内 250-264 bp + 3737 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 29954006-29954761(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAATTATCCAATTA
SmilChr02G001181 Chr02 NC_080388.1:21699192-21699206promoter 内 40-54 bp + 3947 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 21703153-21705194(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTCTCATCCATATA
SmilChr03G004389 Chr03 NC_080389.1:62089989-62090003promoter 内 3931-3945 bp + 56 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 62087818-62089933(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTTATGGATAGTGAT
SmilChr03G004406 Chr03 NC_080389.1:62226589-62226603promoter 内 3931-3945 bp + 56 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 62224399-62226533(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTTATGGATAGTGAT
SmilChr01G003841 Chr01 NC_080387.1:56748306-56748320promoter 内 3917-3931 bp + 70 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 56746216-56748236(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATCAGGATAAGCTT
SmilChr03G003731 Chr03 NC_080389.1:56355069-56355083promoter 内 3887-3901 bp + 100 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 56344159-56354969(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATAATGGATAAACTT
SmilChr01G000384 Chr01 NC_080387.1:7935232-7935246promoter 内 3821-3835 bp + 166 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 7928976-7935066(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GCAATAGATAAGGTG
SmilChr01G003532 Chr01 NC_080387.1:53947161-53947175promoter 内 3791-3805 bp + 196 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 53935019-53946965(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAGTGGATAATAAT
SmilChr03G004657 Chr03 NC_080389.1:64064883-64064897promoter 内 3757-3771 bp - 230 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 64065127-64066056(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTTTCGGATAAGTAT
SmilChr01G001342 Chr01 NC_080387.1:26681721-26681735promoter 内 3739-3753 bp - 248 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 26681983-26688397(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATTGGGATAAGATT
SmilChr01G003809 Chr01 NC_080387.1:56463552-56463566promoter 内 3708-3722 bp - 279 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 56461262-56463273(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTTTTATCCAAAAT
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SmilChr02G002805 Chr02 NC_080388.1:48123672-48123686promoter 内 3495-3509 bp - 492 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 48124178-48125580(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAATGGATAATTTT
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