转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 84 / 121 下载 TSV

上一页 84 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003846 Chr01 NC_080387.1:56779072-56779086promoter 内 1767-1781 bp + 2220 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 56773403-56776852(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAAGATCTAGATCA
SmilChr04G003788 Chr04 NC_080390.1:54046164-54046178promoter 内 1642-1656 bp - 2345 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 54031212-54043819(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTATCTAGATCTCGC
SmilChr03G003921 Chr03 NC_080389.1:58309124-58309138promoter 内 1639-1653 bp + 2348 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 58306075-58306776(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACAAGATCTACATCT
SmilChr04G000436 Chr04 NC_080390.1:4624926-4624940promoter 内 1632-1646 bp - 2355 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 4619364-4622571(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACCCTAGATCTGCA
SmilChr02G001966 Chr02 NC_080388.1:35593325-35593339promoter 内 1628-1642 bp + 2359 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 35595698-35597599(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CATGACAGATCTGAG
SmilChr03G000693 Chr03 NC_080389.1:7736095-7736109promoter 内 1623-1637 bp + 2364 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 7738473-7743080(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACAATGGGATCTGAA
SmilChr02G002183 Chr02 NC_080388.1:39032694-39032708promoter 内 1595-1609 bp - 2392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 39035100-39037243(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCGAGACTC
SmilChr05G001019 Chr05 NC_080391.1:8361196-8361210promoter 内 1590-1604 bp + 2397 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 8356817-8358799(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTGGATTG
SmilChr04G002578 Chr04 NC_080390.1:41147596-41147610promoter 内 1525-1539 bp + 2462 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 41150072-41155792(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAAATTAGATCTAAA
SmilChr04G000537 Chr04 NC_080390.1:5963211-5963225promoter 内 1518-1532 bp - 2469 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 5965694-5971619(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTGAGATCTAATCAT
SmilChr02G004806 Chr02 NC_080388.1:70233268-70233282promoter 内 1412-1426 bp - 2575 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 70225492-70230693(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACTATTAGATCTCAG
SmilChr02G005305 Chr02 NC_080388.1:73981276-73981290promoter 内 1271-1285 bp + 2716 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 73976678-73978560(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCCACGTTC
SmilChr01G001475 Chr01 NC_080387.1:28533309-28533323promoter 内 1251-1265 bp - 2736 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 28536059-28538387(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGAGATCTAAATAA
SmilChr01G004126 Chr01 NC_080387.1:59753717-59753731promoter 内 1043-1057 bp + 2944 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 59756675-59758001(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAATCTAGATCTTCG
SmilChr05G000444 Chr05 NC_080391.1:3380174-3380188promoter 内 990-1004 bp + 2997 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 3375357-3377177(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACAGATCTAGCTTG
SmilChr02G000221 Chr02 NC_080388.1:2884694-2884708promoter 内 969-983 bp - 3018 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 2879606-2881676(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCTTGTAGATCTGAT
SmilChr03G003890 Chr03 NC_080389.1:57968359-57968373promoter 内 944-958 bp + 3043 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 57964221-57965316(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTCAAGGC
SmilChr01G002149 Chr01 NC_080387.1:37476796-37476810promoter 内 893-907 bp - 3094 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 37479904-37482870(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCAAGATCTAATTGC
SmilChr04G000437 Chr04 NC_080390.1:4624926-4624940promoter 内 893-907 bp - 3094 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 4628034-4669251(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTAGGGTT
SmilChr02G004931 Chr02 NC_080388.1:71312829-71312843promoter 内 813-827 bp + 3174 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 71307922-71309655(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCTAGATCTATATGA
SmilChr03G004275 Chr03 NC_080389.1:61206410-61206424promoter 内 733-747 bp + 3254 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 61201250-61203156(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCCAATAAC
SmilChr03G000157 Chr03 NC_080389.1:1723472-1723486promoter 内 715-729 bp - 3272 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 1713154-1720200(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAAATAGATCTAAA
SmilChr04G003789 Chr04 NC_080390.1:54056377-54056391promoter 内 704-718 bp + 3283 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 54059674-54077830(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGTGTAGATCTTGG
SmilChr02G003274 Chr02 NC_080388.1:54024545-54024559promoter 内 696-710 bp + 3291 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 54018944-54021254(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTACAACA
SmilChr02G003674 Chr02 NC_080388.1:58124470-58124484promoter 内 680-694 bp - 3307 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 58127791-58131837(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCAGATCTAATCAC
SmilChr02G001706 Chr02 NC_080388.1:31379895-31379909promoter 内 676-690 bp + 3311 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 31383220-31389483(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAACTAAATCTGAA
SmilChr04G000720 Chr04 NC_080390.1:8446280-8446294promoter 内 652-666 bp - 3335 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 8440758-8442945(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGGCAGATCTGTG
SmilChr02G001530 Chr02 NC_080388.1:28552413-28552427promoter 内 628-642 bp - 3359 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 28555786-28558459(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCCGCTTTG
SmilChr04G000585 Chr04 NC_080390.1:6494634-6494648promoter 内 606-620 bp - 3381 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 6498029-6499664(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCCCGATGG
SmilChr01G002456 Chr01 NC_080387.1:42188802-42188816promoter 内 574-588 bp + 3413 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 42184695-42185389(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATAGATCTAGAACC
SmilChr03G003532 Chr03 NC_080389.1:53922976-53922990promoter 内 564-578 bp - 3423 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 53918860-53919553(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACCCTAGATCTGCA
SmilChr04G001579 Chr04 NC_080390.1:26250908-26250922promoter 内 563-577 bp + 3424 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 26246440-26247484(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCGAGACTC
SmilChr04G000372 Chr04 NC_080390.1:3759005-3759019promoter 内 539-553 bp + 3448 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 3754391-3755557(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCGAGACTC
SmilChr02G000903 Chr02 NC_080388.1:15571250-15571264promoter 内 508-522 bp + 3479 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 15541002-15567771(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTCAAGGC
SmilChr01G000267 Chr01 NC_080387.1:5139480-5139494promoter 内 492-506 bp - 3495 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 5142989-5143845(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCGAGACTC
SmilChr01G004217 Chr01 NC_080387.1:60572184-60572198promoter 内 468-482 bp + 3519 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 60565055-60568665(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTACGACT
SmilChr03G001847 Chr03 NC_080389.1:25403119-25403133promoter 内 468-482 bp - 3519 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 25406652-25407376(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCGAGACTC
SmilChr03G003083 Chr03 NC_080389.1:47881972-47881986promoter 内 461-475 bp - 3526 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 47877677-47878446(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTCCAAATCTGAA
SmilChr01G005363 Chr01 NC_080387.1:70858194-70858208promoter 内 459-473 bp - 3528 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 70861736-70865267(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTAAGATCTAAATGA
SmilChr03G003084 Chr03 NC_080389.1:47881972-47881986promoter 内 447-461 bp - 3540 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 47885526-47886527(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTGGAATT
SmilChr02G004938 Chr02 NC_080388.1:71338890-71338904promoter 内 335-349 bp - 3652 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 71342556-71350335(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCGAGCTG
SmilChr02G003316 Chr02 NC_080388.1:54415388-54415402promoter 内 325-339 bp + 3662 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 54408101-54411726(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCGGATCTAGTTAT
SmilChr01G001539 Chr01 NC_080387.1:29404820-29404834promoter 内 185-199 bp + 3802 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 29399128-29401018(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTACACAA
SmilChr05G000136 Chr05 NC_080391.1:1102176-1102190promoter 内 172-186 bp - 3815 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 1095388-1098361(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATAATTAGATCTCAT
SmilChr05G000336 Chr05 NC_080391.1:2508274-2508288promoter 内 132-146 bp - 3855 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 2500100-2504419(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCAATTAGATCTTGG
SmilChr02G002214 Chr02 NC_080388.1:39372855-39372869promoter 内 98-112 bp - 3889 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 39376758-39379132(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCGTTTAG
SmilChr02G004935 Chr02 NC_080388.1:71338890-71338904promoter 内 93-107 bp - 3894 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 71328852-71334996(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAGCTCGGATCTGAT
SmilChr04G003149 Chr04 NC_080390.1:48110445-48110459promoter 内 90-104 bp - 3897 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 48114356-48119283(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGAGATCTACTTTC
SmilChr01G005478 Chr01 NC_080387.1:71763155-71763169promoter 内 10-24 bp - 3977 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 71767146-71770548(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CATAGATCTAACTCT
SmilChr02G003941 Chr02 NC_080388.1:61556300-61556314promoter 内 3909-3923 bp - 78 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 4 61556392-61633213(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTGTTGCC