转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004552; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011094-RA_Salv SmilChr01G004552 bZIP XP_057786668.1 MP00409 AATGGACACGTGGCA

可能结合的靶基因

8429 个结合位点 6252 个候选靶基因 第 85 / 126 下载 TSV

上一页 85 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003536 Chr04 NC_080390.1:51724844-51724858promoter 内 3798-3812 bp + 189 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 4 51720969-51724655(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCCACGTGGCGTCC
SmilChr07G000850 Chr07 NC_080393.1:6062684-6062698promoter 内 3514-3528 bp - 473 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 4 6063171-6068599(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCCACGTGGCGTCC
SmilChr01G004973 Chr01 NC_080387.1:67816919-67816933promoter 内 1353-1367 bp - 2634 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 67819567-67820587(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCCACGTGGCGATC
SmilChr01G000916 Chr01 NC_080387.1:19385428-19385442promoter 内 318-332 bp - 3669 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 19372169-19381759(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATAAACGACGTGGCC
SmilChr05G003252 Chr05 NC_080391.1:41920525-41920539promoter 内 170-184 bp - 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 41914380-41916708(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CCGCGCGACGTGGCC
SmilChr03G003336 Chr03 NC_080389.1:51627214-51627228promoter 内 3909-3923 bp + 78 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 51624445-51627136(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCAATAGT
SmilChr01G000798 Chr01 NC_080387.1:17239798-17239812promoter 内 3895-3909 bp - 92 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 17237048-17239706(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTAGCCTACGTGGCA
SmilChr02G001040 Chr02 NC_080388.1:18489166-18489180promoter 内 3331-3345 bp + 656 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 18489836-18489909(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GCGCTCCACGTGGCA
SmilChr07G004522 Chr07 NC_080393.1:57891714-57891728promoter 内 3169-3183 bp + 818 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 57888812-57890896(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCCACGTCGCGCGG
SmilChr01G002944 Chr01 NC_080387.1:48221485-48221499promoter 内 3118-3132 bp - 869 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 48218939-48220616(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGTTTACACGTGTCA
SmilChr08G002769 Chr08 NC_080394.1:27334218-27334232promoter 内 2983-2997 bp - 1004 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 27335236-27339332(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTCAGACAC
SmilChr03G003210 Chr03 NC_080389.1:49696868-49696882promoter 内 2567-2581 bp + 1420 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 49693296-49695448(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCCACGTCGCGCGG
SmilChr01G002232 Chr01 NC_080387.1:38797462-38797476promoter 内 2458-2472 bp - 1529 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 38799005-38801879(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGACACGTGTACTTC
SmilChr01G002216 Chr01 NC_080387.1:38488007-38488021promoter 内 2302-2316 bp - 1685 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 38489706-38492423(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGACACGTGTACTTC
SmilChr03G001550 Chr03 NC_080389.1:19536952-19536966promoter 内 2026-2040 bp + 1961 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 19538927-19540509(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATCAGCCACGTGGCT
SmilChr02G001041 Chr02 NC_080388.1:18489166-18489180promoter 内 1947-1961 bp + 2040 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 18491220-18493750(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GCGCTCCACGTGGCA
SmilChr04G003537 Chr04 NC_080390.1:51727052-51727066promoter 内 1831-1845 bp - 2156 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 51729222-51732261(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCCACGTGGCGTCC
SmilChr01G003887 Chr01 NC_080387.1:57191716-57191730promoter 内 1766-1780 bp - 2221 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 57188378-57189495(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TAAGAACACGTGTCT
SmilChr05G001149 Chr05 NC_080391.1:9654122-9654136promoter 内 1723-1737 bp + 2264 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 9648488-9651858(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGAGAAAA
SmilChr03G002374 Chr03 NC_080389.1:37387088-37387102promoter 内 1683-1697 bp - 2304 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 37374528-37384784(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AAATCTGACGTGGCT
SmilChr05G004179 Chr05 NC_080391.1:55700709-55700723promoter 内 1433-1447 bp - 2554 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 55703277-55705843(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCCACGTGGACCTG
SmilChr03G004430 Chr03 NC_080389.1:62454400-62454414promoter 内 881-895 bp - 3106 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 62457520-62460404(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTAGGCTAA
SmilChr05G004177 Chr05 NC_080391.1:55700709-55700723promoter 内 836-850 bp - 3151 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 55694135-55697558(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CAGGTCCACGTGGCC
SmilChr03G001384 Chr03 NC_080389.1:16365749-16365763promoter 内 679-693 bp - 3308 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 16369071-16369810(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTCAGATTT
SmilChr01G002213 Chr01 NC_080387.1:38488007-38488021promoter 内 599-613 bp - 3388 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 38481612-38484619(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GAAGTACACGTGTCC
SmilChr01G002230 Chr01 NC_080387.1:38797462-38797476promoter 内 599-613 bp - 3388 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 38791046-38794074(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GAAGTACACGTGTCC
SmilChr03G001551 Chr03 NC_080389.1:19536952-19536966promoter 内 425-439 bp + 3562 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 19540528-19540599(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATCAGCCACGTGGCT
SmilChr08G002093 Chr08 NC_080394.1:18827107-18827121promoter 内 3977-3991 bp - 10 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 18826561-18827097(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATTGTCCACGTGGCT
SmilChr03G000680 Chr03 NC_080389.1:7591776-7591790promoter 内 3864-3878 bp + 123 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 7591913-7594348(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TAGGAACACGTGTCT
SmilChr03G000684 Chr03 NC_080389.1:7635095-7635109promoter 内 3864-3878 bp + 123 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 7635232-7652488(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TAGGAACACGTGTCT
SmilChr03G000479 Chr03 NC_080389.1:5088114-5088128promoter 内 3824-3838 bp + 163 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 5085337-5087951(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGTTAAAA
SmilChr08G002540 Chr08 NC_080394.1:24685138-24685152promoter 内 3793-3807 bp + 194 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 24677723-24684944(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGACTTT
SmilChr03G001052 Chr03 NC_080389.1:12241141-12241155promoter 内 3753-3767 bp + 234 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 12241389-12243025(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GTGTCTGACGTGGCT
SmilChr01G000093 Chr01 NC_080387.1:1664769-1664783promoter 内 3714-3728 bp - 273 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 1661439-1664496(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TACAACCACGTGGCG
SmilChr02G001512 Chr02 NC_080388.1:28144441-28144455promoter 内 3674-3688 bp - 313 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 28144768-28222538(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGACTTT
SmilChr01G000049 Chr01 NC_080387.1:769395-769409promoter 内 3647-3661 bp + 340 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 769749-772394(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TACAACCACGTGGCG
SmilChr08G001937 Chr08 NC_080394.1:17000279-17000293promoter 内 3500-3514 bp - 487 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 17000780-17001724(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGTAATTA
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SmilChr05G001230 Chr05 NC_080391.1:10371796-10371810promoter 内 3222-3236 bp + 765 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 10372575-10373620(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGAAATCACGTGGCT
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SmilChr01G005827 Chr01 NC_080387.1:74271144-74271158promoter 内 3040-3054 bp - 947 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 74272105-74275418(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTCAGATTT
SmilChr07G000964 Chr07 NC_080393.1:6955649-6955663promoter 内 3006-3020 bp + 981 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 6953033-6954668(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTAGGCTAA