转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003685; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013928-RA_Salv SmilChr03G003685 ERF XP_057798538.1 MP00558 TTTTGTCGGCAAAGG

可能结合的靶基因

9762 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 85 / 161 下载 TSV

上一页 85 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000677 Chr03 NC_080389.1:7554189-7554203promoter 内 1003-1017 bp - 2984 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 7557187-7558956(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTACCACCGACAAGA
SmilChr05G001032 Chr05 NC_080391.1:8470817-8470831promoter 内 987-1001 bp - 3000 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 8466945-8467817(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTTCGTCGGCAAATA
SmilChr05G000861 Chr05 NC_080391.1:6847178-6847192promoter 内 986-1000 bp - 3001 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 6839776-6844177(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATTTGTCGGCACTGT
SmilChr06G001998 Chr06 NC_080392.1:25515513-25515527promoter 内 962-976 bp - 3025 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 25511895-25512488(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCTTGTCGGCTGAAT
SmilChr08G000979 Chr08 NC_080394.1:7351710-7351724promoter 内 961-975 bp - 3026 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 7345181-7348684(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AATTGTCGGTGGTGT
SmilChr08G003792 Chr08 NC_080394.1:43825410-43825424promoter 内 952-966 bp + 3035 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 43828459-43829330(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TATTGTCGGTGATGA
SmilChr02G005244 Chr02 NC_080388.1:73607990-73608004promoter 内 935-949 bp - 3052 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 73603363-73604938(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGCCGTCGGCAGTCA
SmilChr04G002772 Chr04 NC_080390.1:43505981-43505995promoter 内 916-930 bp - 3071 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 43509066-43512101(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCAAGGCCGACAGCG
SmilChr04G001794 Chr04 NC_080390.1:29405948-29405962promoter 内 898-912 bp - 3089 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 29400577-29402859(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGTAGTCGGCAGCGG
SmilChr08G003992 Chr08 NC_080394.1:48133019-48133033promoter 内 854-868 bp + 3133 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 48136166-48138895(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTCCGTCGGCACCAA
SmilChr02G001307 Chr02 NC_080388.1:24315423-24315437promoter 内 786-800 bp - 3201 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 24318638-24321474(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCATCACCGACAATA
SmilChr07G003559 Chr07 NC_080393.1:41464763-41464777promoter 内 767-781 bp - 3220 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 41467997-41470657(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCATCACCGACAATA
SmilChr06G000581 Chr06 NC_080392.1:4988725-4988739promoter 内 743-757 bp - 3244 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 4981630-4985481(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CACCGTCGGCATGGC
SmilChr03G003956 Chr03 NC_080389.1:58608006-58608020promoter 内 730-744 bp - 3257 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 58598636-58604749(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTTTGTCGGCATCCC
SmilChr05G002106 Chr05 NC_080391.1:22070887-22070901promoter 内 715-729 bp - 3272 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 22065041-22067615(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TATTGTCGGTGATGA
SmilChr02G004682 Chr02 NC_080388.1:69142271-69142285promoter 内 696-710 bp - 3291 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 69138544-69138980(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTCCGTCGGCACAGC
SmilChr08G002476 Chr08 NC_080394.1:23679379-23679393promoter 内 693-707 bp + 3294 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 23682687-23686589(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTGTGTCGGCCCAAG
SmilChr07G000201 Chr07 NC_080393.1:1264856-1264870promoter 内 674-688 bp + 3313 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 1258362-1261543(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCTACACCGACAAAT
SmilChr04G000941 Chr04 NC_080390.1:12410405-12410419promoter 内 667-681 bp - 3320 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 12405617-12407085(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TATTGTCGGTGATGA
SmilChr07G002954 Chr07 NC_080393.1:29989329-29989343promoter 内 632-646 bp - 3355 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 29983060-29985974(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGATGTCGGCGCTCG
SmilChr05G003329 Chr05 NC_080391.1:43682435-43682449promoter 内 620-634 bp - 3367 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 43685816-43687626(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCATCACCGACAATA
SmilChr01G000859 Chr01 NC_080387.1:18504512-18504526promoter 内 614-628 bp + 3373 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 18507899-18512555(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CAACGTCGGCAATGT
SmilChr02G002302 Chr02 NC_080388.1:40615264-40615278promoter 内 506-520 bp + 3481 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 40607092-40611783(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGCTGCCGACTCTT
SmilChr08G000368 Chr08 NC_080394.1:2533086-2533100promoter 内 498-512 bp - 3489 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 2536589-2538992(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTTCCACCGACAATT
SmilChr05G003112 Chr05 NC_080391.1:39649332-39649346promoter 内 431-445 bp + 3556 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 39652902-39655262(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TATTGTCGGTGATGA
SmilChr04G001018 Chr04 NC_080390.1:14187081-14187095promoter 内 363-377 bp - 3624 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 14190719-14191526(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTTTTGCCGACGAGA
SmilChr02G005603 Chr02 NC_080388.1:75732711-75732725promoter 内 359-373 bp + 3628 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 75736353-75739430(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGTTGTCGGTGTTGG
SmilChr03G001349 Chr03 NC_080389.1:15727609-15727623promoter 内 352-366 bp + 3635 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 15731258-15734814(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTTTGTCGGCACACA
SmilChr01G003048 Chr01 NC_080387.1:49447235-49447249promoter 内 333-347 bp + 3654 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 49450903-49452158(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTTTGTCGGCATGCT
SmilChr01G003711 Chr01 NC_080387.1:55455409-55455423promoter 内 308-322 bp - 3679 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 55459102-55462477(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TATTTGCCGACGAAA
SmilChr08G002895 Chr08 NC_080394.1:28835764-28835778promoter 内 307-321 bp + 3680 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 28839458-28849566(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGTTGTCGGCGCGTT
SmilChr02G003188 Chr02 NC_080388.1:53040176-53040190promoter 内 250-264 bp + 3737 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 53043927-53044668(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTTTGTCGGCTGACT
SmilChr08G000554 Chr08 NC_080394.1:4026129-4026143promoter 内 195-209 bp - 3792 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 4014634-4022337(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCATGTCGGCAAATT
SmilChr03G000709 Chr03 NC_080389.1:7889402-7889416promoter 内 189-203 bp - 3798 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 7878409-7885604(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGTTGTCGGTGGCTT
SmilChr03G004225 Chr03 NC_080389.1:60793360-60793374promoter 内 177-191 bp - 3810 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 60797184-60800326(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGTCGGCCGACAGAA
SmilChr01G001466 Chr01 NC_080387.1:28449120-28449134promoter 内 112-126 bp + 3875 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 28453009-28456605(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGTTGTCGGCGTTAA
SmilChr08G000468 Chr08 NC_080394.1:3334012-3334026promoter 内 111-125 bp - 3876 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 3329466-3330136(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATGTGTCGGCATAAT
SmilChr03G004447 Chr03 NC_080389.1:62605765-62605779promoter 内 55-69 bp - 3932 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 62609711-62615303(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTATCACCGACAATA
SmilChr02G005031 Chr02 NC_080388.1:72028870-72028884promoter 内 49-63 bp - 3938 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 72032822-72037578(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCATCACCGACAACA
SmilChr05G003168 Chr05 NC_080391.1:40468678-40468692promoter 内 23-37 bp + 3964 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 40472656-40472736(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGACGTCGGCATCGC
SmilChr05G002165 Chr05 NC_080391.1:22912543-22912557promoter 内 2577-2591 bp - 1410 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 22905228-22911133(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGCCGTCGGCATACG
SmilChr01G003350 Chr01 NC_080387.1:52255600-52255614promoter 内 2075-2089 bp + 1912 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 52257526-52261602(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AAGCGTCGGCAATAA
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SmilChr03G000256 Chr03 NC_080389.1:3004615-3004629promoter 内 3622-3636 bp + 365 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 3004994-3009642(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTTTGTCGGCTTCGC
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SmilChr03G002762 Chr03 NC_080389.1:43928591-43928605promoter 内 2455-2469 bp - 1532 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 43925523-43927059(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTTTGTCGGCCACCT
SmilChr04G003089 Chr04 NC_080390.1:47514100-47514114promoter 内 2118-2132 bp - 1869 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 47515983-47517462(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACCTTACCGACAACT
SmilChr01G001185 Chr01 NC_080387.1:23965143-23965157promoter 内 1718-1732 bp + 2269 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 23967426-23968862(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGATGTCGGCCGACC
SmilChr02G003404 Chr02 NC_080388.1:55217595-55217609promoter 内 1675-1689 bp - 2312 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 55212150-55215283(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTGTGTCGGCCTTGG
SmilChr02G003765 Chr02 NC_080388.1:59350011-59350025promoter 内 1503-1517 bp - 2484 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 59352509-59353943(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGGTGGCCGACAAAA