转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G002048; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00024366-RA_Salv SmilChr06G002048 bHLH XP_057770293.1 MP00035 CCCACGTGC

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 6618 个候选靶基因 第 87 / 133 下载 TSV

上一页 87 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004895 Chr01 NC_080387.1:67033879-67033887promoter 内 3794-3802 bp + 199 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 4 66999498-67033680(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr01G004896 Chr01 NC_080387.1:67034546-67034554promoter 内 3780-3788 bp - 213 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 4 67034767-67037714(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr03G002530 Chr03 NC_080389.1:40367661-40367669promoter 内 3871-3879 bp - 122 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 40367090-40367539(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTCA
SmilChr01G002624 Chr01 NC_080387.1:44511368-44511376promoter 内 3770-3778 bp + 223 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 44508084-44511145(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr03G002789 Chr03 NC_080389.1:44398365-44398373promoter 内 3376-3384 bp - 617 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 44398990-44400916(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GTACGTGGG
SmilChr03G004466 Chr03 NC_080389.1:62718947-62718955promoter 内 3055-3063 bp - 938 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 62719893-62722215(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr02G004850 Chr02 NC_080388.1:70648195-70648203promoter 内 2560-2568 bp - 1433 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 70649636-70654261(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr02G000397 Chr02 NC_080388.1:4913584-4913592promoter 内 2221-2229 bp - 1772 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 4915364-4916889(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr03G002344 Chr03 NC_080389.1:36981034-36981042promoter 内 1279-1287 bp - 2714 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 36977173-36978320(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTCA
SmilChr02G004694 Chr02 NC_080388.1:69285076-69285084promoter 内 1268-1276 bp + 2725 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 69287809-69295931(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTCA
SmilChr03G002693 Chr03 NC_080389.1:42895226-42895234promoter 内 1036-1044 bp - 2957 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 42898191-42899268(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr03G002162 Chr03 NC_080389.1:33657603-33657611promoter 内 3775-3783 bp - 218 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 33654944-33657385(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAC
SmilChr02G004676 Chr02 NC_080388.1:69107710-69107718promoter 内 3699-3707 bp - 294 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 69108012-69110559(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr02G002736 Chr02 NC_080388.1:47299288-47299296promoter 内 3578-3586 bp + 415 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 47299711-47301460(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTCA
SmilChr02G001934 Chr02 NC_080388.1:34759315-34759323promoter 内 3384-3392 bp + 609 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 34757596-34758706(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr03G002641 Chr03 NC_080389.1:42015778-42015786promoter 内 3239-3247 bp - 754 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 42016540-42016929(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr01G000928 Chr01 NC_080387.1:19664587-19664595promoter 内 3193-3201 bp + 800 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 19661589-19663787(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr03G000606 Chr03 NC_080389.1:6694482-6694490promoter 内 3172-3180 bp + 821 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 6692792-6693661(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr03G003585 Chr03 NC_080389.1:54489650-54489658promoter 内 3166-3174 bp + 827 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 54486704-54488823(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr02G002888 Chr02 NC_080388.1:49176960-49176968promoter 内 3043-3051 bp + 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 49173724-49176010(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr03G000599 Chr03 NC_080389.1:6652050-6652058promoter 内 3027-3035 bp + 966 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 6647610-6651084(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr04G001447 Chr04 NC_080390.1:23774128-23774136promoter 内 3016-3024 bp - 977 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 23775113-23780217(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr02G002815 Chr02 NC_080388.1:48223092-48223100promoter 内 2968-2976 bp + 1025 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 48217897-48222067(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr03G004037 Chr03 NC_080389.1:59378751-59378759promoter 内 2791-2799 bp + 1202 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 59379961-59382963(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTCA
SmilChr03G002642 Chr03 NC_080389.1:42015778-42015786promoter 内 2639-2647 bp - 1354 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 42017140-42020606(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr01G005347 Chr01 NC_080387.1:70721468-70721476promoter 内 2426-2434 bp + 1567 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 70715872-70719901(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr04G002454 Chr04 NC_080390.1:39276944-39276952promoter 内 2389-2397 bp - 1604 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 39278556-39280745(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr04G001457 Chr04 NC_080390.1:23980724-23980732promoter 内 2323-2331 bp - 1670 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 23974953-23979054(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTCA
SmilChr01G004269 Chr01 NC_080387.1:60938827-60938835promoter 内 2282-2290 bp + 1711 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 60940546-60943600(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTCA
SmilChr03G002037 Chr03 NC_080389.1:30736496-30736504promoter 内 1828-1836 bp + 2165 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 30730632-30734331(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GTACGTGGG
SmilChr01G002431 Chr01 NC_080387.1:41849572-41849580promoter 内 1739-1747 bp + 2254 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 41845480-41847318(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr02G000820 Chr02 NC_080388.1:13812353-13812361promoter 内 990-998 bp - 3003 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 13795514-13809350(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTCA
SmilChr02G003320 Chr02 NC_080388.1:54466952-54466960promoter 内 976-984 bp - 3017 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 54458988-54463935(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAC
SmilChr02G004897 Chr02 NC_080388.1:70989387-70989395promoter 内 669-677 bp + 3324 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 70984733-70986063(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr02G001287 Chr02 NC_080388.1:23688988-23688996promoter 内 627-635 bp - 3366 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 23692362-23698091(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr01G005348 Chr01 NC_080387.1:70721468-70721476promoter 内 515-523 bp + 3478 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 70724954-70726316(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTCA
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SmilChr01G003823 Chr01 NC_080387.1:56556612-56556620promoter 内 256-264 bp + 3737 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 56560357-56560430(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAC
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SmilChr02G002115 Chr02 NC_080388.1:37906939-37906947promoter 内 3853-3861 bp + 140 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 37907087-37910401(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTCA
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SmilChr03G004205 Chr03 NC_080389.1:60659860-60659868promoter 内 3803-3811 bp + 190 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 60653795-60659670(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG