转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002503; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027448-RA_Salv SmilChr03G002503 MYB XP_057801356.1 MP00482 AAAATATGACCGTTG

可能结合的靶基因

8940 个结合位点 6899 个候选靶基因 第 88 / 138 下载 TSV

上一页 88 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G001590 Chr07 NC_080393.1:13173338-13173352promoter 内 524-538 bp - 3463 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 13168994-13169875(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CACTGTTTACCGTTG
SmilChr02G005506 Chr02 NC_080388.1:75182059-75182073promoter 内 433-447 bp + 3554 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 75185627-75191607(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AATCAAGTACCGTTG
SmilChr07G001273 Chr07 NC_080393.1:9776968-9776982promoter 内 427-441 bp - 3560 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 9780542-9786825(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTACCTTGAT
SmilChr06G000549 Chr06 NC_080392.1:4629333-4629347promoter 内 385-399 bp - 3602 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 4611236-4625731(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTTCTTCGACCGTTG
SmilChr07G001729 Chr07 NC_080393.1:14722251-14722265promoter 内 350-364 bp - 3637 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 14718117-14718614(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CCGACGAGACCGTTG
SmilChr02G004685 Chr02 NC_080388.1:69148660-69148674promoter 内 212-226 bp - 3775 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 69152449-69154089(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAAAACCGT
SmilChr06G003254 Chr06 NC_080392.1:45214481-45214495promoter 内 135-149 bp + 3852 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 45201247-45210629(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTCCAATC
SmilChr03G002987 Chr03 NC_080389.1:46704920-46704934promoter 内 33-47 bp + 3954 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 46695374-46700966(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCGAAGAGG
SmilChr03G002694 Chr03 NC_080389.1:42933809-42933823promoter 内 3632-3646 bp - 355 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 5 42900243-42933454(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATCGTGTAACCGTTG
SmilChr05G002633 Chr05 NC_080391.1:29707567-29707581promoter 内 3632-3646 bp - 355 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 5 29703863-29707212(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATCGTGTAACCGTTG
SmilChr03G001219 Chr03 NC_080389.1:14011553-14011567promoter 内 2510-2524 bp + 1477 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 5 14007534-14010076(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGTGAAAA
SmilChr02G003645 Chr02 NC_080388.1:57823091-57823105promoter 内 3917-3931 bp + 70 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 57804805-57823021(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTACACGAT
SmilChr02G002095 Chr02 NC_080388.1:37609546-37609560promoter 内 3708-3722 bp - 279 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 37609839-37610911(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTATATAA
SmilChr08G000546 Chr08 NC_080394.1:3986100-3986114promoter 内 3702-3716 bp - 285 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 3980065-3985815(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CGCCTTTGACCGTTG
SmilChr08G004823 Chr08 NC_080394.1:57508338-57508352promoter 内 2817-2831 bp - 1170 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 57501834-57507168(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GGGTCGGAACCGTTG
SmilChr02G001452 Chr02 NC_080388.1:27188220-27188234promoter 内 2740-2754 bp + 1247 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 27189481-27190619(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAAGATCTACCGTTG
SmilChr02G005337 Chr02 NC_080388.1:74222094-74222108promoter 内 2292-2306 bp - 1695 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 74216479-74220399(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATCGTGTAACCGTTG
SmilChr03G001614 Chr03 NC_080389.1:20528964-20528978promoter 内 2082-2096 bp - 1905 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 20530883-20533147(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCAAAGTTA
SmilChr07G001373 Chr07 NC_080393.1:10659162-10659176promoter 内 1501-1515 bp + 2486 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 10654924-10656676(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCGTAGCCC
SmilChr05G001914 Chr05 NC_080391.1:19417505-19417519promoter 内 1452-1466 bp + 2535 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 19411569-19414970(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTTCTCTT
SmilChr03G002154 Chr03 NC_080389.1:33504247-33504261promoter 内 1431-1445 bp + 2556 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 33500480-33501691(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTACACGAT
SmilChr08G000006 Chr08 NC_080394.1:86738-86752promoter 内 1271-1285 bp - 2716 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 89468-92992(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTATTATCCT
SmilChr08G004825 Chr08 NC_080394.1:57508338-57508352promoter 内 1057-1071 bp - 2930 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 57511282-57514468(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTCCGACCC
SmilChr01G003867 Chr01 NC_080387.1:56920117-56920131promoter 内 560-574 bp - 3427 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 56913994-56916690(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TCGCAGTAACCGTTG
SmilChr02G002699 Chr02 NC_080388.1:46772208-46772222promoter 内 505-519 bp - 3482 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 46775704-46776824(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTACACGAT
SmilChr06G001630 Chr06 NC_080392.1:18244277-18244291promoter 内 3856-3870 bp - 131 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 18244422-18245951(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTAATGGTC
SmilChr02G002073 Chr02 NC_080388.1:37325789-37325803promoter 内 3834-3848 bp + 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 37325956-37330395(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTGAACGGACCGTTA
SmilChr08G002261 Chr08 NC_080394.1:20875966-20875980promoter 内 3813-3827 bp - 174 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 20876154-20877303(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTAATGGTC
SmilChr08G001115 Chr08 NC_080394.1:8662178-8662192promoter 内 3769-3783 bp - 218 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 8658318-8661960(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATCGTGTAACCGTTG
SmilChr01G003384 Chr01 NC_080387.1:52524870-52524884promoter 内 3767-3781 bp - 220 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 52521412-52524650(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATCGTGTAACCGTTG
SmilChr01G002663 Chr01 NC_080387.1:44872545-44872559promoter 内 3761-3775 bp - 226 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 44870500-44872319(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTTCTCTTACCGTTG
SmilChr08G002315 Chr08 NC_080394.1:21825549-21825563promoter 内 3720-3734 bp - 267 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 21825830-21827874(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTACACGAT
SmilChr05G001571 Chr05 NC_080391.1:14377776-14377790promoter 内 3716-3730 bp - 271 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 14376009-14377505(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATCGTGTAACCGTTG
SmilChr06G000417 Chr06 NC_080392.1:3463655-3463669promoter 内 3626-3640 bp + 361 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 3459757-3463294(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTACACGAT
SmilChr04G003772 Chr04 NC_080390.1:53918727-53918741promoter 内 3568-3582 bp + 419 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 53919160-53925931(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ACTAATATACCGTTG
SmilChr04G000333 Chr04 NC_080390.1:3067978-3067992promoter 内 3526-3540 bp - 461 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 3066259-3067517(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATCGTGTAACCGTTG
SmilChr02G001522 Chr02 NC_080388.1:28352974-28352988promoter 内 3509-3523 bp + 478 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 28350071-28352496(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCGAGTTTG
SmilChr04G003771 Chr04 NC_080390.1:53918727-53918741promoter 内 3493-3507 bp + 494 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 53917165-53918233(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTATATTAGT
SmilChr02G001625 Chr02 NC_080388.1:30171603-30171617promoter 内 3491-3505 bp + 496 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 30172113-30174698(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATCGTGTAACCGTTG
SmilChr05G004379 Chr05 NC_080391.1:57303164-57303178promoter 内 3482-3496 bp + 505 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 57303683-57309397(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATCGTGTAACCGTTG
SmilChr01G005501 Chr01 NC_080387.1:71890902-71890916promoter 内 3470-3484 bp - 517 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 71891433-71893414(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTACACGAT
SmilChr02G001155 Chr02 NC_080388.1:21057728-21057742promoter 内 3456-3470 bp + 531 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 21054991-21057197(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCAACAATC
SmilChr02G001451 Chr02 NC_080388.1:27186056-27186070promoter 内 3432-3446 bp + 555 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 27186625-27188045(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAAGATCTACCGTTG
SmilChr07G000004 Chr07 NC_080393.1:5469-5483promoter 内 3409-3423 bp + 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 6061-6782(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AACAGAGGACCGTTA
SmilChr03G003270 Chr03 NC_080389.1:50647404-50647418promoter 内 3344-3358 bp + 643 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 50645629-50646761(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCATTAAAG
SmilChr06G000705 Chr06 NC_080392.1:6300046-6300060promoter 内 3241-3255 bp - 746 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 6298107-6299300(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TCGTTTGAACCGTTG
SmilChr01G004790 Chr01 NC_080387.1:66119720-66119734promoter 内 3222-3236 bp - 765 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 66120499-66122980(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTACACGAT
SmilChr04G002053 Chr04 NC_080390.1:33260649-33260663promoter 内 3174-3188 bp - 813 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 33258386-33259836(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATTGCGCGACCGTTG
SmilChr03G004639 Chr03 NC_080389.1:63989305-63989319promoter 内 3164-3178 bp - 823 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 63990142-63993226(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGAAAGCT
SmilChr08G000463 Chr08 NC_080394.1:3313022-3313036promoter 内 3131-3145 bp - 856 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 3313892-3316762(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCTTGTCTC