转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 89 / 134 下载 TSV

上一页 89 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000619 Chr02 NC_080388.1:9065239-9065253promoter 内 910-924 bp - 3077 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 9068330-9069128(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAATCATTACAACC
SmilChr02G002366 Chr02 NC_080388.1:41451601-41451615promoter 内 882-896 bp + 3105 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 41454720-41456010(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATGGAAATGATTAA
SmilChr02G000844 Chr02 NC_080388.1:14333002-14333016promoter 内 864-878 bp + 3123 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 14329173-14329879(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTTTATTT
SmilChr03G001015 Chr03 NC_080389.1:11665941-11665955promoter 内 840-854 bp - 3147 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 11669102-11672581(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTTCCTAC
SmilChr01G002790 Chr01 NC_080387.1:46387078-46387092promoter 内 810-824 bp - 3177 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 46390269-46394368(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTGAGTTC
SmilChr02G000891 Chr02 NC_080388.1:15331799-15331813promoter 内 802-816 bp + 3185 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 15334998-15339992(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATATAATGATAAT
SmilChr01G005842 Chr01 NC_080387.1:74418821-74418835promoter 内 736-750 bp + 3251 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 74411756-74415570(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAATCATTGGATAA
SmilChr03G001308 Chr03 NC_080389.1:15366117-15366131promoter 内 725-739 bp + 3262 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 15369393-15370731(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAGTTAATGATGGA
SmilChr02G001569 Chr02 NC_080388.1:29107896-29107910promoter 内 599-613 bp - 3388 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 29100652-29104508(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAAATAATGATAAG
SmilChr01G005258 Chr01 NC_080387.1:70071939-70071953promoter 内 597-611 bp - 3390 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 70075343-70078703(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTATTATT
SmilChr01G001762 Chr01 NC_080387.1:32367945-32367959promoter 内 502-516 bp - 3485 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 32371444-32381250(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTTCCATA
SmilChr01G005321 Chr01 NC_080387.1:70426307-70426321promoter 内 455-469 bp + 3532 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 70429853-70432586(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCCATAATGATTGC
SmilChr02G000230 Chr02 NC_080388.1:2977383-2977397promoter 内 341-355 bp - 3646 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 2981043-2982776(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTCATCATTAATTTG
SmilChr03G000479 Chr03 NC_080389.1:5091652-5091666promoter 内 286-300 bp + 3701 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 5085337-5087951(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTTTATTT
SmilChr02G001609 Chr02 NC_080388.1:29952954-29952968promoter 内 95-109 bp - 3892 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 29956860-29957405(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATCAACTAT
SmilChr03G002829 Chr03 NC_080389.1:44767969-44767983promoter 内 66-80 bp + 3921 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 44763431-44764048(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTTTTATT
SmilChr03G002421 Chr03 NC_080389.1:38432303-38432317promoter 内 50-64 bp - 3937 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 38436254-38437540(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATTATTACTTTA
SmilChr02G002634 Chr02 NC_080388.1:45714126-45714140promoter 内 21-35 bp - 3966 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 45705858-45710160(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGTGGTAATGATTTG
SmilChr01G003701 Chr01 NC_080387.1:55406087-55406101promoter 内 11-25 bp + 3976 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 55396510-55402111(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTGTCAAA
SmilChr03G003134 Chr03 NC_080389.1:48591816-48591830promoter 内 3888-3902 bp - 99 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 3 48580761-48591717(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CAAAGAAATGATTAG
SmilChr01G005777 Chr01 NC_080387.1:73883225-73883239promoter 内 3345-3359 bp - 642 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 3 73883881-73885272(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TACATCATTACCTTA
SmilChr01G002191 Chr01 NC_080387.1:38058955-38058969promoter 内 1490-1504 bp + 2497 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 3 38061466-38062409(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATATTTAATGATTAT
SmilChr01G002215 Chr01 NC_080387.1:38481571-38481585promoter 内 856-870 bp + 3131 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 3 38484716-38489024(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAATTTAATGATGAA
SmilChr01G002231 Chr01 NC_080387.1:38791005-38791019promoter 内 835-849 bp + 3152 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 3 38794171-38798479(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAATTTAATGATGAA
SmilChr01G003050 Chr01 NC_080387.1:49465557-49465571promoter 内 3966-3980 bp - 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 49460707-49465536(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAAAGTAATTATGAA
SmilChr02G000557 Chr02 NC_080388.1:7865781-7865795promoter 内 3590-3604 bp + 397 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 7862719-7865384(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATCATCGCT
SmilChr03G002625 Chr03 NC_080389.1:41650647-41650661promoter 内 3033-3047 bp - 954 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 41651615-41653296(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GACATCATTACAACG
SmilChr02G000255 Chr02 NC_080388.1:3289831-3289845promoter 内 2984-2998 bp + 1003 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 3285444-3288828(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTAGGCAT
SmilChr02G005539 Chr02 NC_080388.1:75417883-75417897promoter 内 2951-2965 bp - 1036 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 75413636-75416847(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATTAATGATGAG
SmilChr02G001753 Chr02 NC_080388.1:32244789-32244803promoter 内 2522-2536 bp + 1465 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 32242239-32243324(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAATCATTTCAATG
SmilChr02G004425 Chr02 NC_080388.1:66584702-66584716promoter 内 2483-2497 bp + 1504 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 66586220-66589870(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAGATAATGATGTC
SmilChr01G004362 Chr01 NC_080387.1:61805418-61805432promoter 内 2381-2395 bp - 1606 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 61807038-61813544(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTAATAAT
SmilChr02G000127 Chr02 NC_080388.1:1738163-1738177promoter 内 2323-2337 bp - 1664 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 1733520-1736499(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGCGATGATGATTAA
SmilChr03G002929 Chr03 NC_080389.1:46047186-46047200promoter 内 2077-2091 bp - 1910 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 46041459-46045276(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATTAATGATGAG
SmilChr01G000091 Chr01 NC_080387.1:1651331-1651345promoter 内 1968-1982 bp + 2019 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 1653364-1654480(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTTGTAATGATAAT
SmilChr03G001621 Chr03 NC_080389.1:20780853-20780867promoter 内 1644-1658 bp + 2343 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 20776699-20778510(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCAATCATTGCGGAC
SmilChr01G005642 Chr01 NC_080387.1:72852745-72852759promoter 内 1560-1574 bp + 2427 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 72849507-72850318(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AACATCATTATCATT
SmilChr02G002231 Chr02 NC_080388.1:39678957-39678971promoter 内 1473-1487 bp + 2514 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 39662614-39676443(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CACATCATTATCTTC
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SmilChr02G002515 Chr02 NC_080388.1:43655783-43655797promoter 内 786-800 bp + 3201 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 43650178-43652582(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATTTCATAC
SmilChr01G005528 Chr01 NC_080387.1:72149034-72149048promoter 内 749-763 bp - 3238 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 72142532-72145796(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATAGTAATGATTTT
SmilChr02G002233 Chr02 NC_080388.1:39678957-39678971promoter 内 357-371 bp + 3630 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 39672671-39675327(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CACATCATTATCTTC
SmilChr01G002192 Chr01 NC_080387.1:38058955-38058969promoter 内 251-265 bp + 3736 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 38062705-38063397(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATATTTAATGATTAT
SmilChr03G000528 Chr03 NC_080389.1:5653321-5653335promoter 内 3949-3963 bp + 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 5651875-5653283(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTTTCTTC
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SmilChr01G002950 Chr01 NC_080387.1:48376579-48376593promoter 内 3863-3877 bp - 124 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 48373487-48376455(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATGCCTAATGATTAA
SmilChr01G000377 Chr01 NC_080387.1:7784133-7784147promoter 内 3836-3850 bp - 151 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 7779879-7783982(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAATTGATGATTAT
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