转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003761; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009735-RA_Salv SmilChr03G003761 WRKY XP_057798625.1 MP00525 AAAGTCAACGC

可能结合的靶基因

9838 个结合位点 7235 个候选靶基因 第 89 / 145 下载 TSV

上一页 89 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005149 Chr02 NC_080388.1:72874902-72874912promoter 内 3792-3802 bp - 199 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 72875111-72879373(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GTGTTGACTCC
SmilChr02G004157 Chr02 NC_080388.1:63893349-63893359promoter 内 3716-3726 bp - 275 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 63888779-63893074(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 ATAGTCAACAG
SmilChr02G001698 Chr02 NC_080388.1:31293410-31293420promoter 内 3621-3631 bp + 370 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 31293790-31297449(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 ATAGTCAACAG
SmilChr01G001790 Chr01 NC_080387.1:32754445-32754455promoter 内 3600-3610 bp + 391 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 32754846-32757805(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GGAGTCAACCT
SmilChr03G000274 Chr03 NC_080389.1:3127134-3127144promoter 内 3484-3494 bp + 507 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 3127651-3128780(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GCAGTCAACTC
SmilChr02G001131 Chr02 NC_080388.1:20456338-20456348promoter 内 3473-3483 bp - 518 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 20456866-20457752(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GTGTTGACTCC
SmilChr02G004525 Chr02 NC_080388.1:67841457-67841467promoter 内 3459-3469 bp + 532 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 67838849-67840925(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AGGTTGACTCC
SmilChr03G004431 Chr03 NC_080389.1:62460300-62460310promoter 内 3443-3453 bp - 548 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 62460858-62462834(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CTGTTGACTAT
SmilChr01G002966 Chr01 NC_080387.1:48555265-48555275promoter 内 3330-3340 bp + 661 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 48552879-48554604(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CTGTTGACTAT
SmilChr03G004719 Chr03 NC_080389.1:64421104-64421114promoter 内 3193-3203 bp - 798 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 64417066-64420306(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 ATAGTCAACAG
SmilChr03G003794 Chr03 NC_080389.1:57031626-57031636promoter 内 3141-3151 bp + 850 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 57032486-57035206(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GGAGTCAACCT
SmilChr03G000795 Chr03 NC_080389.1:9075160-9075170promoter 内 3071-3081 bp - 920 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 9069358-9074240(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GGAGTCAACCT
SmilChr04G001109 Chr04 NC_080390.1:15923176-15923186promoter 内 2946-2956 bp + 1045 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 15924231-15929789(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 ATAGTCAACAG
SmilChr02G004963 Chr02 NC_080388.1:71553899-71553909promoter 内 2860-2870 bp + 1131 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 71547117-71552768(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GTGTTGACTCC
SmilChr03G002132 Chr03 NC_080389.1:33213626-33213636promoter 内 2833-2843 bp + 1158 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 33208351-33212468(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AGGTTGACTCC
SmilChr02G000462 Chr02 NC_080388.1:6206603-6206613promoter 内 2805-2815 bp + 1186 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 6207799-6210362(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 ATAGTCAACAG
SmilChr02G005148 Chr02 NC_080388.1:72874902-72874912promoter 内 2724-2734 bp - 1267 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 72873195-72873635(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GGAGTCAACAC
SmilChr01G000601 Chr01 NC_080387.1:13069807-13069817promoter 内 2697-2707 bp - 1294 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 13065988-13068513(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 ATAGTCAACAG
SmilChr02G000746 Chr02 NC_080388.1:12085968-12085978promoter 内 2663-2673 bp - 1328 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 12082227-12084640(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 ATAGTCAACAG
SmilChr01G003729 Chr01 NC_080387.1:55596751-55596761promoter 内 2447-2457 bp + 1544 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 55598305-55600228(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GGAGTCAACCT
SmilChr04G003706 Chr04 NC_080390.1:53387254-53387264promoter 内 2316-2326 bp - 1675 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 53388939-53390608(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CTGTTGACTAT
SmilChr01G000282 Chr01 NC_080387.1:5534982-5534992promoter 内 2277-2287 bp + 1714 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 5531763-5533268(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AGGTTGACTCC
SmilChr02G004010 Chr02 NC_080388.1:62421067-62421077promoter 内 2251-2261 bp + 1740 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 62422817-62427184(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 ATAGTCAACAG
SmilChr04G003484 Chr04 NC_080390.1:51296239-51296249promoter 内 2066-2076 bp - 1925 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 51293370-51294314(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GCAGTCAACTC
SmilChr01G003105 Chr01 NC_080387.1:49854936-49854946promoter 内 2006-2016 bp + 1985 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 49856931-49862217(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GGAGTCAACAC
SmilChr01G001276 Chr01 NC_080387.1:25494483-25494493promoter 内 1830-1840 bp - 2161 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 25496654-25497888(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CTGTTGACTAT
SmilChr02G001623 Chr02 NC_080388.1:30155915-30155925promoter 内 1821-1831 bp + 2170 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 30158095-30162904(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GGAGTCAACAC
SmilChr02G004964 Chr02 NC_080388.1:71553899-71553909promoter 内 1803-1813 bp + 2188 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 71556097-71562272(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GGAGTCAACAC
SmilChr01G002264 Chr01 NC_080387.1:39440618-39440628promoter 内 1731-1741 bp + 2260 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 39437281-39438358(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CTGTTGACTAT
SmilChr02G003185 Chr02 NC_080388.1:52996329-52996339promoter 内 1538-1548 bp + 2453 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 52998792-53001288(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 ATAGTCAACAG
SmilChr03G002459 Chr03 NC_080389.1:38941297-38941307promoter 内 1464-1474 bp - 2527 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 38935585-38938770(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GGAGTCAACAC
SmilChr03G003393 Chr03 NC_080389.1:52346409-52346419promoter 内 1458-1468 bp + 2533 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 52343803-52343876(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AGGTTGACTCC
SmilChr02G005572 Chr02 NC_080388.1:75600884-75600894promoter 内 1264-1274 bp - 2727 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 75603621-75605872(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AGGTTGACTCC
SmilChr02G001750 Chr02 NC_080388.1:32131994-32132004promoter 内 1220-1230 bp - 2771 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 32127430-32129223(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GCAGTCAACTC
SmilChr01G004398 Chr01 NC_080387.1:62116085-62116095promoter 内 1149-1159 bp + 2842 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 62118937-62120651(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GGAGTCAACCT
SmilChr02G001022 Chr02 NC_080388.1:18093049-18093059promoter 内 1120-1130 bp + 2871 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 18087031-18090178(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AGGTTGACTCC
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SmilChr02G004952 Chr02 NC_080388.1:71479871-71479881promoter 内 629-639 bp - 3362 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 71483243-71487460(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GAGTTGACTGC
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SmilChr02G000102 Chr02 NC_080388.1:1301697-1301707promoter 内 1601-1611 bp - 2390 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 4 1298563-1299307(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 ACAGTCAACCA