转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005012; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013472-RA_Salv SmilChr02G005012 TALE XP_057792191.1 MP00670 AGTGACGGCA

可能结合的靶基因

9906 个结合位点 7758 个候选靶基因 第 9 / 156 下载 TSV

上一页 9 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003495 Chr04 NC_080390.1:51378499-51378508promoter 内 2954-2963 bp + 1038 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 51379546-51383178(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr01G005856 Chr01 NC_080387.1:74490579-74490588promoter 内 2914-2923 bp - 1078 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 74491666-74497993(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCACC
SmilChr01G000580 Chr01 NC_080387.1:12149176-12149185promoter 内 2877-2886 bp - 1115 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 12150300-12153417(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCACC
SmilChr03G004632 Chr03 NC_080389.1:63955569-63955578promoter 内 2848-2857 bp + 1144 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 63956722-63961101(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr02G000085 Chr02 NC_080388.1:1121298-1121307promoter 内 2738-2747 bp - 1254 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 1122561-1123919(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCACC
SmilChr01G005850 Chr01 NC_080387.1:74441416-74441425promoter 内 2663-2672 bp - 1329 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 74438105-74440087(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCC
SmilChr03G000814 Chr03 NC_080389.1:9317647-9317656promoter 内 2583-2592 bp + 1409 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 9309624-9316238(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCACC
SmilChr01G001721 Chr01 NC_080387.1:31683804-31683813promoter 内 2542-2551 bp - 1450 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 31685263-31686471(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCACC
SmilChr04G001802 Chr04 NC_080390.1:29514687-29514696promoter 内 2537-2546 bp - 1455 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 29511660-29513232(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr01G000953 Chr01 NC_080387.1:20170413-20170422promoter 内 2498-2507 bp - 1494 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 20171916-20171987(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCACC
SmilChr01G004332 Chr01 NC_080387.1:61463573-61463582promoter 内 2070-2079 bp + 1922 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 61460341-61461651(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCACC
SmilChr02G001264 Chr02 NC_080388.1:23171541-23171550promoter 内 2058-2067 bp - 1934 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 23173484-23176757(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCACC
SmilChr02G001989 Chr02 NC_080388.1:35943069-35943078promoter 内 2055-2064 bp + 1937 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 35945015-35949222(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr04G004103 Chr04 NC_080390.1:56001590-56001599promoter 内 2053-2062 bp - 1939 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 55993535-55999651(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr01G000613 Chr01 NC_080387.1:13550626-13550635promoter 内 2021-2030 bp - 1971 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 13552606-13552949(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCACC
SmilChr02G004892 Chr02 NC_080388.1:70962639-70962648promoter 内 1970-1979 bp - 2022 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 70959676-70960617(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCC
SmilChr02G005549 Chr02 NC_080388.1:75476992-75477001promoter 内 1969-1978 bp - 2023 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 75470795-75474969(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr03G001998 Chr03 NC_080389.1:29671883-29671892promoter 内 1893-1902 bp + 2099 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 29673991-29677766(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr05G003338 Chr05 NC_080391.1:43831962-43831971promoter 内 1792-1801 bp + 2200 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 43828170-43829762(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCACC
SmilChr01G004280 Chr01 NC_080387.1:61028154-61028163promoter 内 1541-1550 bp - 2451 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 61012454-61025703(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr02G000715 Chr02 NC_080388.1:11522302-11522311promoter 内 1512-1521 bp - 2480 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 11516826-11519822(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr02G004312 Chr02 NC_080388.1:65468636-65468645promoter 内 1345-1354 bp + 2647 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 65471292-65472692(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr02G000863 Chr02 NC_080388.1:14822594-14822603promoter 内 1334-1343 bp - 2658 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 14819324-14819936(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCC
SmilChr04G000400 Chr04 NC_080390.1:4140669-4140678promoter 内 1281-1290 bp - 2711 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 4136911-4137958(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr01G005562 Chr01 NC_080387.1:72433934-72433943promoter 内 1091-1100 bp - 2901 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 72428708-72431033(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr02G004456 Chr02 NC_080388.1:66973143-66973152promoter 内 1084-1093 bp - 2908 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 66976060-66978911(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGCCGTCACC
SmilChr03G002377 Chr03 NC_080389.1:37526820-37526829promoter 内 1060-1069 bp + 2932 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 37520655-37523888(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCACC
SmilChr04G003646 Chr04 NC_080390.1:52978335-52978344promoter 内 1009-1018 bp + 2983 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 52974002-52975352(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCACC
SmilChr04G004068 Chr04 NC_080390.1:55786039-55786048promoter 内 975-984 bp + 3017 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 55789065-55793398(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCC
SmilChr02G000174 Chr02 NC_080388.1:2217899-2217908promoter 内 944-953 bp + 3048 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 2214771-2214851(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCACC
SmilChr02G004894 Chr02 NC_080388.1:70962639-70962648promoter 内 890-899 bp - 3102 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 70965750-70969187(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGCCGTCACC
SmilChr05G003447 Chr05 NC_080391.1:45843962-45843971promoter 内 881-890 bp + 3111 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 45847082-45852499(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr05G000072 Chr05 NC_080391.1:366696-366705promoter 内 810-819 bp - 3182 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 362702-363514(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr05G000636 Chr05 NC_080391.1:4802649-4802658promoter 内 786-795 bp + 3206 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 4805864-4809650(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCC
SmilChr06G001787 Chr06 NC_080392.1:20908047-20908056promoter 内 713-722 bp + 3279 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 20911335-20912833(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr04G002378 Chr04 NC_080390.1:38306690-38306699promoter 内 706-715 bp - 3286 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 38293653-38303404(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCC
SmilChr04G002402 Chr04 NC_080390.1:38553015-38553024promoter 内 654-663 bp + 3338 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 38556362-38559326(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr04G001576 Chr04 NC_080390.1:26186797-26186806promoter 内 627-636 bp - 3365 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 26181239-26183432(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr02G004981 Chr02 NC_080388.1:71692227-71692236promoter 内 580-589 bp - 3412 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 71695648-71700824(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGCCGTCACC
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SmilChr05G001051 Chr05 NC_080391.1:8711075-8711084promoter 内 535-544 bp - 3457 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 8707512-8707618(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCC
SmilChr02G001831 Chr02 NC_080388.1:33327230-33327239promoter 内 524-533 bp + 3468 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 33330707-33330813(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCC
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SmilChr01G003083 Chr01 NC_080387.1:49672332-49672341promoter 内 471-480 bp + 3521 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 49665340-49668811(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCACC
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SmilChr01G003772 Chr01 NC_080387.1:56079207-56079216promoter 内 192-201 bp + 3800 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 56083016-56085836(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr06G001846 Chr06 NC_080392.1:21772089-21772098promoter 内 190-199 bp - 3802 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 21775900-21781580(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCACC
SmilChr05G002722 Chr05 NC_080391.1:31331058-31331067promoter 内 128-137 bp + 3864 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 31326104-31327194(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCACC
SmilChr06G001047 Chr06 NC_080392.1:10352723-10352732promoter 内 113-122 bp - 3879 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 10346112-10348844(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG