转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 90 / 164 下载 TSV

上一页 90 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G004416 Chr03 NC_080389.1:62326547-62326561promoter 内 764-778 bp + 3223 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 62320607-62323324(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACTTCGTT
SmilChr04G000597 Chr04 NC_080390.1:6722620-6722634promoter 内 689-703 bp - 3298 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 6715491-6719322(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAATTGGTAGGTTAA
SmilChr08G001594 Chr08 NC_080394.1:13175278-13175292promoter 内 682-696 bp + 3305 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 13178597-13181066(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAGTGGGTAGGTATA
SmilChr01G005173 Chr01 NC_080387.1:69481710-69481724promoter 内 672-686 bp + 3315 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 69476337-69478395(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCAACTACCAAATA
SmilChr08G001606 Chr08 NC_080394.1:13296644-13296658promoter 内 643-657 bp + 3344 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 13300002-13302311(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAGTGGGTAGGTATA
SmilChr03G002982 Chr03 NC_080389.1:46640017-46640031promoter 内 574-588 bp - 3413 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 46635513-46636604(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATGTTGGTAGGTTTA
SmilChr05G002387 Chr05 NC_080391.1:26319932-26319946promoter 内 555-569 bp + 3432 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 26315937-26316500(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTACCTACCATCCA
SmilChr03G001323 Chr03 NC_080389.1:15466259-15466273promoter 内 506-520 bp + 3481 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 15469754-15470548(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCATGGTAGGTGCA
SmilChr08G002052 Chr08 NC_080394.1:18369508-18369522promoter 内 478-492 bp - 3509 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 18373031-18374559(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAAACCTACCAAACA
SmilChr01G004652 Chr01 NC_080387.1:64633994-64634008promoter 内 453-467 bp - 3534 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 64637542-64637843(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCAACCTACCTGATC
SmilChr07G003631 Chr07 NC_080393.1:42886216-42886230promoter 内 446-460 bp + 3541 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 42889771-42893000(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATTTGGTAGTTGAA
SmilChr08G000628 Chr08 NC_080394.1:4712968-4712982promoter 内 414-428 bp - 3573 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 4675584-4709395(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATGGAGGTAGGTAAT
SmilChr03G001426 Chr03 NC_080389.1:16904588-16904602promoter 内 365-379 bp - 3622 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 16900895-16900966(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCATGGTAGGTGCA
SmilChr04G000579 Chr04 NC_080390.1:6447208-6447222promoter 内 291-305 bp + 3696 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 6441485-6443512(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCAACCTACCCATTT
SmilChr07G000315 Chr07 NC_080393.1:2110910-2110924promoter 内 286-300 bp + 3701 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 2104289-2107209(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACTTCATT
SmilChr01G001561 Chr01 NC_080387.1:29623234-29623248promoter 内 226-240 bp + 3761 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 29627009-29628114(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCAAAGGTAGGTAGA
SmilChr04G001521 Chr04 NC_080390.1:25129423-25129437promoter 内 212-226 bp + 3775 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 25121663-25125648(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTCAAGT
SmilChr01G001617 Chr01 NC_080387.1:30290773-30290787promoter 内 123-137 bp + 3864 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 30283607-30286909(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCAACCTACCAATGA
SmilChr05G004020 Chr05 NC_080391.1:54193491-54193505promoter 内 50-64 bp - 3937 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 54185814-54189554(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGAAGGGTAGGTAAA
SmilChr02G001132 Chr02 NC_080388.1:20461400-20461414promoter 内 3200-3214 bp + 787 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 20462201-20463244(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATGTGGGTAGGTTGC
SmilChr03G002345 Chr03 NC_080389.1:36985158-36985172promoter 内 3092-3106 bp - 895 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 36981758-36984263(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAATCGGTAGGTGTG
SmilChr02G001098 Chr02 NC_080388.1:19799798-19799812promoter 内 3081-3095 bp + 906 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 19800718-19802970(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATAAAGTAGGTGAA
SmilChr02G000836 Chr02 NC_080388.1:14198486-14198500promoter 内 2931-2945 bp - 1056 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 14194506-14197430(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATAAAGTAGGTGAA
SmilChr01G003922 Chr01 NC_080387.1:57477189-57477203promoter 内 2350-2364 bp - 1637 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 57478840-57479592(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATACCTACCACTAA
SmilChr03G001254 Chr03 NC_080389.1:14470642-14470656promoter 内 2188-2202 bp - 1799 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 14461786-14468843(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAAAAGGTAGGTTGA
SmilChr07G003581 Chr07 NC_080393.1:41857567-41857581promoter 内 1824-1838 bp + 2163 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 41853247-41855404(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTAACCTACCATTTT
SmilChr05G000289 Chr05 NC_080391.1:2217513-2217527promoter 内 1754-1768 bp - 2233 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 2219760-2223757(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CATACCTACCCTATC
SmilChr04G000824 Chr04 NC_080390.1:10344709-10344723promoter 内 1252-1266 bp + 2735 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 10332171-10341974(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CATACCTACCTATGC
SmilChr01G004767 Chr01 NC_080387.1:65850090-65850104promoter 内 874-888 bp + 3113 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 65853217-65854059(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAAAAGGTAGGTAGC
SmilChr02G000838 Chr02 NC_080388.1:14210558-14210572promoter 内 833-847 bp - 3154 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 14204480-14207404(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGAGTAGTAGGTGCA
SmilChr01G003923 Chr01 NC_080387.1:57477189-57477203promoter 内 805-819 bp - 3182 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 57480385-57485705(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATACCTACCACTAA
SmilChr02G001647 Chr02 NC_080388.1:30573073-30573087promoter 内 476-490 bp + 3511 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 30568957-30569562(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAAACCTACCTTCTT
SmilChr04G002167 Chr04 NC_080390.1:34959497-34959511promoter 内 311-325 bp + 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 34950420-34955821(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCAACTACCAATGA
SmilChr03G000846 Chr03 NC_080389.1:9648249-9648263promoter 内 151-165 bp + 3836 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 9652099-9653931(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTTGGGTAGGTTAA
SmilChr02G003639 Chr02 NC_080388.1:57746559-57746573promoter 内 3962-3976 bp + 25 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 57745816-57746534(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGCACCTACTTCCAC
SmilChr06G000928 Chr06 NC_080392.1:8820374-8820388promoter 内 3911-3925 bp - 76 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 8816608-8820298(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCTTGAGTAGGTGAG
SmilChr06G002806 Chr06 NC_080392.1:40756173-40756187promoter 内 3898-3912 bp - 89 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 40756276-40760131(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTTACTC
SmilChr07G002641 Chr07 NC_080393.1:25565708-25565722promoter 内 3898-3912 bp - 89 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 25565811-25567329(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCAACCTACCACTAT
SmilChr01G005731 Chr01 NC_080387.1:73446873-73446887promoter 内 3828-3842 bp - 159 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 73447046-73458878(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTACCTACCTACTT
SmilChr06G001764 Chr06 NC_080392.1:20619488-20619502promoter 内 3821-3835 bp + 166 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 20619668-20622559(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTAGAGTAGGTGAG
SmilChr01G004785 Chr01 NC_080387.1:66061988-66062002promoter 内 3678-3692 bp - 309 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 66062311-66064074(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAAACCTACCAATTT
SmilChr02G004519 Chr02 NC_080388.1:67710959-67710973promoter 内 3672-3686 bp + 315 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 67710207-67710644(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCGAAT
SmilChr01G005769 Chr01 NC_080387.1:73768543-73768557promoter 内 3563-3577 bp + 424 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 73768981-73771115(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATATGTTAGGTGAA
SmilChr01G003672 Chr01 NC_080387.1:55161044-55161058promoter 内 3426-3440 bp - 561 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 55155753-55160483(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACATGTTAGGTGAG
SmilChr02G005191 Chr02 NC_080388.1:73198757-73198771promoter 内 3342-3356 bp - 645 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 73199416-73201412(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTAACTCACA
SmilChr02G003204 Chr02 NC_080388.1:53183230-53183244promoter 内 3299-3313 bp + 688 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 53180172-53182542(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCACCTACCCACGG
SmilChr01G005306 Chr01 NC_080387.1:70324078-70324092promoter 内 3296-3310 bp + 691 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 70324783-70325698(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGCCTAGTAGGTGGA
SmilChr02G000191 Chr02 NC_080388.1:2403433-2403447promoter 内 3288-3302 bp + 699 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 2400809-2402734(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTTACTT
SmilChr02G002380 Chr02 NC_080388.1:41709051-41709065promoter 内 3038-3052 bp + 949 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 41706311-41708102(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGCACCTACCAAATT
SmilChr04G002726 Chr04 NC_080390.1:42875561-42875575promoter 内 3011-3025 bp + 976 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 42876551-42880067(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAAAAAGTAGGTGGA